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TissueCoCoPUTs: Novel Human Tissue-Specific Codon and Codon-Pair Usage Tables Based on Differential Tissue Gene Expression.
Journal of Molecular Biology ( IF 4.7 ) Pub Date : 2020-01-23 , DOI: 10.1016/j.jmb.2020.01.011 Jacob Kames 1 , Aikaterini Alexaki 1 , David D Holcomb 1 , Luis V Santana-Quintero 2 , John C Athey 1 , Nobuko Hamasaki-Katagiri 1 , Upendra Katneni 1 , Anton Golikov 2 , Juan C Ibla 3 , Haim Bar 4 , Chava Kimchi-Sarfaty 1
Journal of Molecular Biology ( IF 4.7 ) Pub Date : 2020-01-23 , DOI: 10.1016/j.jmb.2020.01.011 Jacob Kames 1 , Aikaterini Alexaki 1 , David D Holcomb 1 , Luis V Santana-Quintero 2 , John C Athey 1 , Nobuko Hamasaki-Katagiri 1 , Upendra Katneni 1 , Anton Golikov 2 , Juan C Ibla 3 , Haim Bar 4 , Chava Kimchi-Sarfaty 1
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Protein expression in multicellular organisms varies widely across tissues. Codon usage in the transcriptome of each tissue is derived from genomic codon usage and the relative expression level of each gene. We created a comprehensive computational resource that houses tissue-specific codon, codon-pair, and dinucleotide usage data for 51 Homo sapiens tissues (TissueCoCoPUTs: https://hive.biochemistry.gwu.edu/review/tissue_codon), using transcriptome data from the Broad Institute Genotype-Tissue Expression (GTEx) portal. Distances between tissue-specific codon and codon-pair frequencies were used to generate a dendrogram based on the unique patterns of codon and codon-pair usage in each tissue that are clearly distinct from the genomic distribution. This novel resource may be useful in unraveling the relationship between codon usage and tRNA abundance, which could be critical in determining translation kinetics and efficiency across tissues. Areas of investigation such as biotherapeutic development, tissue-specific genetic engineering, and genetic disease prediction will greatly benefit from this resource.
中文翻译：
TissueCoCoPUTs：基于差异组织基因表达的新型人类特定组织密码子和密码子对使用表。
多细胞生物中的蛋白质表达在不同组织之间差异很大。每个组织的转录组中的密码子使用均来自基因组密码子使用和每个基因的相对表达水平。我们使用来自转录组的数据创建了一个综合的计算资源，其中包含51个智人组织（TissueCoCoPUTs：https://hive.biochemistry.gwu.edu/review/tissue_codon）的组织特异性密码子，密码子对和二核苷酸使用数据。 Broad Institute基因型组织表达（GTEx）门户。基于每个组织中明显不同于基因组分布的独特密码子和密码子对使用方式，使用组织特异性密码子和密码子对频率之间的距离生成树状图。这种新颖的资源可能有助于揭示密码子使用与tRNA丰度之间的关系，这对于确定翻译动力学和组织间效率至关重要。生物资源开发，组织特异性基因工程和遗传疾病预测等研究领域将从该资源中受益匪浅。
更新日期：2020-01-23
中文翻译：
TissueCoCoPUTs：基于差异组织基因表达的新型人类特定组织密码子和密码子对使用表。
多细胞生物中的蛋白质表达在不同组织之间差异很大。每个组织的转录组中的密码子使用均来自基因组密码子使用和每个基因的相对表达水平。我们使用来自转录组的数据创建了一个综合的计算资源，其中包含51个智人组织（TissueCoCoPUTs：https://hive.biochemistry.gwu.edu/review/tissue_codon）的组织特异性密码子，密码子对和二核苷酸使用数据。 Broad Institute基因型组织表达（GTEx）门户。基于每个组织中明显不同于基因组分布的独特密码子和密码子对使用方式，使用组织特异性密码子和密码子对频率之间的距离生成树状图。这种新颖的资源可能有助于揭示密码子使用与tRNA丰度之间的关系，这对于确定翻译动力学和组织间效率至关重要。生物资源开发，组织特异性基因工程和遗传疾病预测等研究领域将从该资源中受益匪浅。
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