In this paper we propose the Maximal Average Shift (MAS) algorithm that finds a pattern scan order that maximizes the average shift length. We also present two extensions of MAS: one improves the scan speed of MAS by using the scan result of the previous window, and the other improves the running time of MAS by using q-grams. These algorithms show better average performances in scan speed than previous string matching algorithms for DNA sequences.

中文翻译：

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DNA序列的快速字符串匹配

在本文中，我们提出了最大平均移位（MAS）算法，该算法可找到使平均移位长度最大化的模式扫描顺序。我们还提出了MAS的两个扩展：一个是通过使用前一个窗口的扫描结果来提高MAS的扫描速度，另一个是通过使用q -grams来提高MAS的运行时间。与以前的DNA序列字符串匹配算法相比，这些算法在扫描速度上显示出更好的平均性能。