MicrobiomeAnalyst is an easy-to-use, web-based platform for comprehensive analysis of common data outputs generated from current microbiome studies. It enables researchers and clinicians with little or no bioinformatics training to explore a wide variety of well-established methods for microbiome data processing, statistical analysis, functional profiling and comparison with public datasets or known microbial signatures. MicrobiomeAnalyst currently contains four modules: Marker-gene Data Profiling (MDP), Shotgun Data Profiling (SDP), Projection with Public Data (PPD), and Taxon Set Enrichment Analysis (TSEA). This protocol will first introduce the MDP module by providing a step-wise description of how to prepare, process and normalize data; perform community profiling; identify important features; and conduct correlation and classification analysis. We will then demonstrate how to perform predictive functional profiling and introduce several unique features of the SDP module for functional analysis. The last two sections will describe the key steps involved in using the PPD and TSEA modules for meta-analysis and visual exploration of the results. In summary, MicrobiomeAnalyst offers a one-stop shop that enables microbiome researchers to thoroughly explore their preprocessed microbiome data via intuitive web interfaces. The complete protocol can be executed in ~70 min.

MicrobiomeAnalyst 是一个易于使用的基于网络的平台，用于对当前微生物组研究产生的常见数据输出进行综合分析。它使几乎没有或没有接受过生物信息学培训的研究人员和临床医生能够探索各种成熟的微生物组数据处理、统计分析、功能分析以及与公共数据集或已知微生物特征进行比较的方法。MicrobiomeAnalyst 目前包含四个模块：标记基因数据分析 (MDP)、Shotgun 数据分析 (SDP)、公共数据投影 (PPD) 和分类集富集分析 (TSEA)。该协议将首先通过提供如何准备、处理和规范化数据的逐步描述来介绍 MDP 模块；进行社区分析；识别重要特征；并进行相关性和分类分析。然后，我们将演示如何执行预测功能分析，并介绍 SDP 模块的几个独特功能以进行功能分析。最后两节将描述使用 PPD 和 TSEA 模块对结果进行荟萃分析和可视化探索所涉及的关键步骤。总之，MicrobiomeAnalyst 提供一站式服务，使微生物组研究人员能够通过直观的 Web 界面彻底探索他们预处理的微生物组数据。完整的协议可以在 ~ 70 分钟内执行。最后两节将描述使用 PPD 和 TSEA 模块对结果进行荟萃分析和可视化探索所涉及的关键步骤。总之，MicrobiomeAnalyst 提供一站式服务，使微生物组研究人员能够通过直观的 Web 界面彻底探索他们预处理的微生物组数据。完整的协议可以在 ~ 70 分钟内执行。最后两节将描述使用 PPD 和 TSEA 模块对结果进行荟萃分析和可视化探索所涉及的关键步骤。总之，MicrobiomeAnalyst 提供一站式服务，使微生物组研究人员能够通过直观的 Web 界面彻底探索他们预处理的微生物组数据。完整的协议可以在 ~ 70 分钟内执行。