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PlotTwist: A web app for plotting and annotating continuous data.
PLOS Biology ( IF 7.8 ) Pub Date : 2020-01-13 , DOI: 10.1371/journal.pbio.3000581 Joachim Goedhart 1
PLOS Biology ( IF 7.8 ) Pub Date : 2020-01-13 , DOI: 10.1371/journal.pbio.3000581 Joachim Goedhart 1
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Experimental data can broadly be divided in discrete or continuous data. Continuous data are obtained from measurements that are performed as a function of another quantitative variable, e.g., time, length, concentration, or wavelength. The results from these types of experiments are often used to generate plots that visualize the measured variable on a continuous, quantitative scale. To simplify state-of-the-art data visualization and annotation of data from such experiments, an open-source tool was created with R/shiny that does not require coding skills to operate it. The freely available web app accepts wide (spreadsheet) and tidy data and offers a range of options to normalize the data. The data from individual objects can be shown in 3 different ways: (1) lines with unique colors, (2) small multiples, and (3) heatmap-style display. Next to this, the mean can be displayed with a 95% confidence interval for the visual comparison of different conditions. Several color-blind-friendly palettes are available to label the data and/or statistics. The plots can be annotated with graphical features and/or text to indicate any perturbations that are relevant. All user-defined settings can be stored for reproducibility of the data visualization. The app is dubbed PlotTwist and runs locally or online: https://huygens.science.uva.nl/PlotTwist.
中文翻译：
PlotTwist：用于绘制和注释连续数据的 Web 应用程序。
实验数据大致可分为离散数据或连续数据。连续数据是从作为另一个定量变量（例如时间、长度、浓度或波长）的函数执行的测量中获得的。这些类型的实验的结果通常用于生成图表，以连续、定量的方式可视化测量变量。为了简化此类实验中最先进的数据可视化和数据注释，我们使用 R/shiny 创建了一个开源工具，无需编码技能即可操作。免费提供的网络应用程序接受广泛（电子表格）和整洁的数据，并提供一系列选项来标准化数据。来自各个对象的数据可以通过 3 种不同的方式显示：(1) 具有独特颜色的线条，(2) 小倍数，以及 (3) 热图样式显示。接下来，可以以 95% 置信区间显示平均值，以便对不同条件进行视觉比较。有几种色盲友好的调色板可用于标记数据和/或统计数据。可以用图形特征和/或文本对图进行注释以指示任何相关的扰动。可以存储所有用户定义的设置，以实现数据可视化的可重复性。该应用程序被称为 PlotTwist，可在本地或在线运行：https://huygens.science.uva.nl/PlotTwist。
更新日期：2020-02-03
中文翻译：
PlotTwist：用于绘制和注释连续数据的 Web 应用程序。
实验数据大致可分为离散数据或连续数据。连续数据是从作为另一个定量变量（例如时间、长度、浓度或波长）的函数执行的测量中获得的。这些类型的实验的结果通常用于生成图表，以连续、定量的方式可视化测量变量。为了简化此类实验中最先进的数据可视化和数据注释，我们使用 R/shiny 创建了一个开源工具，无需编码技能即可操作。免费提供的网络应用程序接受广泛（电子表格）和整洁的数据，并提供一系列选项来标准化数据。来自各个对象的数据可以通过 3 种不同的方式显示：(1) 具有独特颜色的线条，(2) 小倍数，以及 (3) 热图样式显示。接下来，可以以 95% 置信区间显示平均值，以便对不同条件进行视觉比较。有几种色盲友好的调色板可用于标记数据和/或统计数据。可以用图形特征和/或文本对图进行注释以指示任何相关的扰动。可以存储所有用户定义的设置，以实现数据可视化的可重复性。该应用程序被称为 PlotTwist，可在本地或在线运行：https://huygens.science.uva.nl/PlotTwist。
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