Petunia plants are used for urban landscaping in many parts of the world, including South Korea. In this study, we aimed to investigate the occurrence of petunia vein clearing virus (PVCV) infection in petunia plants in Seoul, South Korea. PVCV was detected from 23 of 79 petunia samples collected from Seoul. We obtained the complete genome sequences of the Korean isolates in this study (called PVCV-Kr, Kr2, and Kr3), which were compared with the genome sequence of the USA isolate of the virus (PVCV-USA). The genomic DNA of the three PVCV isolates was found to comprise 7210-7267 nucleotides (nts), which is 4-15 nts longer than the PVCV-USA genome. The genomes of the Kr and Kr2 isolates encode a large polyprotein of 252 kDa (2180 amino acids (aa)). The genome of the Kr3 isolate encodes a large polyprotein of 255 kDa (2203 aa). The polyprotein has six protein domains: a movement protein (MP; 72 aa), a coiled-coil domain (CC; 33 aa), an RNA-binding domain (RB; 18 aa), a protease (PR; 21 aa), a reverse transcriptase (RT; 196 aa), and an RNase H (RH; 121 aa). The large polyprotein and six domains of the three isolates showed 93.9-100.0% sequence homology with those of PVCV-USA. Furthermore, the polymerase polyprotein gene (PR, RT, and RH) of the four PVCV isolates containing the USA isolate grouped with those of Rice tungro bacilliform virus and Soybean chlorotic mottle virus, which belong to the same family (Caulimoviridae). Our findings suggested that the Korean isolates represent a new isolate of PVCV. To our knowledge, this is the first report of PVCV detection in South Korea.

中文翻译：

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韩国和美国的矮牵牛静脉清洁病毒分离株的遗传差异。

矮牵牛植物被用于世界许多地区的城市美化，包括韩国。在这项研究中，我们旨在调查在韩国首尔的矮牵牛植物中矮牵牛静脉清洁病毒（PVCV）感染的发生。从首尔收集的79株矮牵牛样品中有23株检测到PVCV。我们在这项研究中获得了韩国分离株的完整基因组序列（称为PVCV-Kr，Kr2和Kr3），并将其与该病毒的美国分离株（PVCV-USA）的基因组序列进行了比较。发现这三个PVCV分离株的基因组DNA包含7210-7267个核苷酸（nts），比PVCV-USA基因组长4-15 nts。Kr和Kr2分离物的基因组编码一个252 kDa的大多蛋白（2180个氨基酸（aa））。Kr3分离物的基因组编码一个255 kDa（2203 aa）的大蛋白。该多蛋白具有六个蛋白结构域：运动蛋白（MP; 72aa），卷曲螺旋结构域（CC; 33aa），RNA结合结构域（RB; 18aa），蛋白酶（PR; 21aa），逆转录酶（RT; 196 aa）和RNase H（RH; 121 aa）。三个分离株的大蛋白和六个结构域与PVCV-USA的序列同源性为93.9-100.0％。此外，包含美国分离株的四个PVCV分离株的聚合酶多蛋白基因（PR，RT和RH）与水稻通格杆菌病毒和大豆绿斑驳斑驳病毒属于同一家族（花椰菜科）。我们的发现表明，韩国分离株代表了新的PVCV分离株。据我们所知，这是韩国首次检测PVCV。RNA结合结构域（RB； 18aa），蛋白酶（PR； 21aa），逆转录酶（RT； 196aa）和RNase H（RH； 121aa）。三个分离株的大蛋白和六个结构域与PVCV-USA的序列同源性为93.9-100.0％。此外，包含美国分离株的四个PVCV分离株的聚合酶多蛋白基因（PR，RT和RH）与水稻通格杆菌病毒和大豆绿斑驳斑驳病毒属于同一家族（花椰菜科）。我们的发现表明，韩国分离株代表了新的PVCV分离株。据我们所知，这是韩国首次检测PVCV。RNA结合结构域（RB； 18aa），蛋白酶（PR； 21aa），逆转录酶（RT； 196aa）和RNase H（RH； 121aa）。三个分离株的大蛋白和六个结构域与PVCV-USA的序列同源性为93.9-100.0％。此外，包含美国分离株的四个PVCV分离株的聚合酶多蛋白基因（PR，RT和RH）与水稻通格杆菌病毒和大豆绿斑驳斑驳病毒属于同一家族（花椰菜科）。我们的发现表明，韩国分离株代表了新的PVCV分离株。据我们所知，这是韩国首次检测PVCV。与PVCV-USA的序列同源性为0％。此外，包含美国分离株的四个PVCV分离株的聚合酶多蛋白基因（PR，RT和RH）与水稻通格杆菌病毒和大豆绿斑驳斑驳病毒属于同一家族（花椰菜科）。我们的发现表明，韩国分离株代表了新的PVCV分离株。据我们所知，这是韩国首次检测PVCV。与PVCV-USA的序列同源性为0％。此外，包含美国分离株的四个PVCV分离株的聚合酶多蛋白基因（PR，RT和RH）与水稻通格杆菌病毒和大豆绿斑驳斑驳病毒属于同一家族（花椰菜科）。我们的发现表明，韩国分离株代表了新的PVCV分离株。据我们所知，这是韩国首次检测PVCV。