The Hawai'ian honeycreepers (drepanids) are a classic example of adaptive radiation: they adapted to a variety of novel dietary niches, evolving a wide range of bill morphologies. Here we investigated genomic diversity, demographic history, and genes involved in bill morphology phenotypes in 2 honeycreepers: the 'akiapōlā'au (Hemignathus wilsoni) and the Hawai'i 'amakihi (Chlorodrepanis virens). The 'akiapōlā'au is an endangered island endemic, filling the "woodpecker" niche by using a unique bill morphology, while the Hawai'i 'amakihi is a dietary generalist common on the islands of Hawai'i and Maui. We de novo sequenced the 'akiapōlā'au genome and compared it to the previously sequenced 'amakihi genome. The 'akiapōlā'au is far less heterozygous and has a smaller effective population size than the 'amakihi, which matches expectations due to its smaller census population and restricted ecological niche. Our investigation revealed genomic islands of divergence, which may be involved in the honeycreeper radiation. Within these islands of divergence, we identified candidate genes (including DLK1, FOXB1, KIF6, MAML3, PHF20, RBP1, and TIMM17A) that may play a role in honeycreeper adaptations. The gene DLK1, previously shown to influence Darwin's finch bill size, may be related to honeycreeper bill morphology evolution, while the functions of the other candidates remain unknown.

中文翻译：

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两种生态上不同的夏威夷蜜饯的适应性辐射基因组学：'akiapōlā'au 和夏威夷'amakihi

Hawai'ian Honeycreepers (drepanids) 是适应性辐射的一个经典例子：它们适应了各种新的饮食环境，进化出各种各样的喙形态。在这里，我们调查了基因组多样性、人口统计历史和涉及 2 种蜜饯的喙形态表型的基因：'akiapōlā'au (Hemignathus wilsoni) 和夏威夷'amakihi (Chlorodrepanis virens)。'akiapōlā'au 是一种濒临灭绝的岛屿特有种，使用独特的喙形态填补了“啄木鸟”的栖息地，而夏威夷的 'amakihi 是夏威夷和毛伊岛上常见的饮食通才。我们从头对 'akiapōlā'au 基因组进行了测序，并将其与之前测序的 'amakihi 基因组进行了比较。'akiapōlā' 与 'amakihi 相比，au 的杂合性要低得多，有效种群规模也更小，由于其人口普查人口较少且生态位有限，因此符合预期。我们的调查揭示了基因组的分歧岛，这可能与蜜饯辐射有关。在这些分歧岛中，我们确定了可能在蜜饯适应中发挥作用的候选基因（包括 DLK1、FOXB1、KIF6、MAML3、PHF20、RBP1 和 TIMM17A）。DLK1 基因，以前被证明会影响达尔文雀喙大小，可能与蜜饯喙形态进化有关，而其他候选者的功能仍然未知。我们的调查揭示了基因组的分歧岛，这可能与蜜饯辐射有关。在这些分歧岛中，我们确定了可能在蜜饯适应中发挥作用的候选基因（包括 DLK1、FOXB1、KIF6、MAML3、PHF20、RBP1 和 TIMM17A）。DLK1 基因，以前被证明会影响达尔文雀喙大小，可能与蜜饯喙形态进化有关，而其他候选者的功能仍然未知。我们的调查揭示了基因组的分歧岛，这可能与蜜饯辐射有关。在这些分歧岛中，我们确定了可能在蜜饯适应中发挥作用的候选基因（包括 DLK1、FOXB1、KIF6、MAML3、PHF20、RBP1 和 TIMM17A）。DLK1 基因，以前被证明会影响达尔文雀喙大小，可能与蜜饯喙形态进化有关，而其他候选者的功能仍然未知。