Bacterial Rieske‐type aromatic ring‐hydroxylating oxygenases (RHOs) constitute a large family of enzymes, primarily involved in bioremediation of diverse aromatic compounds in the environment. In the present study, we have designed a manually curated database, Ring‐Hydroxylating Oxygenase database (RHObase), which provides comprehensive information on all biochemically characterized bacterial RHOs. It consists of ∼ 1000 entries including 196 oxygenase α‐subunits, 153 oxygenase β‐subunits, 92 ferredoxins and 110 reductases, distributed among 131 different bacterial strains implementing a total of 318 oxygenation reactions. For each protein, users can get detailed information about its structure and conserved domain(s) with motif signature. RHObase allows users to search a query, based on organism, oxygenase, substrate, or protein structure. In addition, this resource provides analysis tools to perform blast search against RHObase for prediction of putative substrate(s) for the query oxygenase and its phylogenetic affiliation. Furthermore, there is an integrated cheminformatics tool to search for structurally similar compound(s) in the database vis‐a‐vis RHO(s) capable of transforming those compound(s). Resources in the RHObase and multiple search/display options therein are intended to provide oxygenase‐related requisite information to researchers, especially working in the field of environmental microbiology and biocatalysis to attain difficult chemistry of biotechnological importance.

中文翻译：

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环氧化加氧酶数据库：细菌芳香环加氧氧化酶数据库，用于芳香族化合物的生物修复和生物催化处理。

细菌Rieske型芳香环羟化加氧酶（RHO）构成了一个大的酶家族，主要参与环境中各种芳香化合物的生物修复。在本研究中，我们设计了一个手动管理的数据库，即环氧化加氧酶数据库（RHObase），该数据库提供了有关所有具有生化特性的细菌RHO的全面信息。它由约1000个条目组成，包括196个加氧酶α-亚基，153个加氧酶β-亚基，92个铁氧还蛋白和110个还原酶，分布在131个不同的细菌菌株中，总共进行了318个氧合反应。对于每种蛋白质，用户可以获取有关其结构和带有基序签名的保守域的详细信息。RHObase允许用户根据生物，加氧酶，底物或蛋白质结构搜索查询。此外，此资源提供了针对RHObase进行爆炸搜索的分析工具，用于预测查询的加氧酶及其系统发生隶属关系的推定底物。此外，还有一个集成的化学信息学工具，可在数据库中搜索能够转化这些化合物的RHO，以查找结构相似的化合物。RHObase中的资源及其中的多个搜索/显示选项旨在为研究人员提供与加氧酶相关的必要信息，尤其是在环境微生物学和生物催化领域中进行研究，以实现具有重要生物化学意义的化学难题。有一个集成的化学信息学工具，可以在数据库中搜索能够转化那些化合物的结构相似化合物。RHObase中的资源及其中的多个搜索/显示选项旨在为研究人员提供与加氧酶相关的必要信息，尤其是在环境微生物学和生物催化领域中进行研究，以实现具有重要生物化学意义的化学难题。有一个集成的化学信息学工具可在数据库中搜索能够转化那些化合物的RHO的结构相似化合物。RHObase中的资源及其中的多个搜索/显示选项旨在为研究人员提供与加氧酶相关的必要信息，尤其是在环境微生物学和生物催化领域中进行研究，以实现具有重要生物化学意义的化学难题。