The genomes of classical inbred mouse strains include genes derived from all three major subspecies of the house mouse, Mus musculus. We recently posited that genetic diversity in the immunoglobulin heavy chain (IGH) gene loci of C57BL/6 and BALB/c mice reflects differences in subspecies origin. To investigate this hypothesis, we conducted high-throughput sequencing of IGH gene rearrangements to document IGH variable (IGHV), joining (IGHJ) and diversity (IGHD) genes in four inbred wild-derived mouse strains (CAST/EiJ, LEWES/EiJ, MSM/MsJ and PWD/PhJ) and a single disease model strain (NOD/ShiLtJ), collectively representing genetic backgrounds of several major mouse subspecies. A total of 341 germline IGHV sequences were inferred in the wild-derived strains, including 247 not curated in the international ImMunoGeneTics information system. By contrast, 83/84 inferred NOD IGHV genes had previously been observed in C57BL/6 mice. Variability among the strains examined was observed for only a single IGHJ gene, involving a description of a novel allele. By contrast, unexpected variation was found in the IGHD gene loci, with four previously unreported IGHD gene sequences being documented. Very few IGHV sequences of C57BL/6 and BALB/c mice were shared with strains representing major subspecies, suggesting that their IGH loci may be complex mosaics of genes of disparate origins. This suggests a similar level of diversity is likely present in the IGH loci of other classical inbred strains. This must now be documented if we are to properly understand interstrain variation in models of antibody-mediated disease.

中文翻译：

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野生和经典近交小鼠品系中免疫球蛋白IGHV，IGHD和IGHJ基因的比较。

经典近交小鼠品系的基因组包括源自家鼠的三个主要亚种Mus musculus的基因。我们最近提出，C57BL / 6和BALB / c小鼠的免疫球蛋白重链（IGH）基因位点的遗传多样性反映了亚种起源的差异。为了研究这一假设，我们对IGH基因重排进行了高通量测序，以记录四种自交系野生小鼠品系（CAST / EiJ，LEWES / EiJ，IGHJ，IGHJ）和多样性（IGHD）基因MSM / MsJ和PWD / PhJ）和单一疾病模型株（NOD / ShiLtJ），共同代表几种主要小鼠亚种的遗传背景。在野生来源菌株中推断出总共341条IGHV序列，包括国际ImMunoGeneTics信息系统未策划的247条。相比之下，以前在C57BL / 6小鼠中观察到83/84个NOD IGHV基因。仅对单个IGHJ基因观察到了所检查菌株之间的差异，其中涉及新等位基因的描述。相比之下，在IGHD基因位点中发现了意想不到的变异，有四个以前未报道的IGHD基因序列被记录下来。C57BL / 6和BALB / c小鼠的IGHV序列很少与代表主要亚种的菌株共享，这表明它们的IGH基因座可能是不同来源基因的复杂嵌合体。这表明在其他经典近交系的IGH基因座中可能存在相似水平的多样性。如果我们要正确理解抗体介导的疾病模型中的株间变异，则必须对此进行记录。仅对单个IGHJ基因观察到了所检查菌株之间的差异，其中涉及新等位基因的描述。相比之下，在IGHD基因位点中发现了意想不到的变异，有四个以前未报道的IGHD基因序列被记录下来。C57BL / 6和BALB / c小鼠的IGHV序列很少与代表主要亚种的菌株共享，这表明它们的IGH基因座可能是不同来源基因的复杂嵌合体。这表明在其他经典近交系的IGH基因座中可能存在相似水平的多样性。如果我们要正确理解抗体介导的疾病模型中的株间变异，则必须对此进行记录。仅对单个IGHJ基因观察到了所检查菌株之间的差异，其中涉及对新等位基因的描述。相比之下，在IGHD基因位点中发现了意想不到的变异，有四个以前未报道的IGHD基因序列被记录下来。C57BL / 6和BALB / c小鼠的IGHV序列很少与代表主要亚种的菌株共享，这表明它们的IGH基因座可能是不同来源基因的复杂嵌合体。这表明在其他经典近交系的IGH基因座中可能存在相似水平的多样性。如果我们要正确理解抗体介导的疾病模型中的株间变异，则必须对此进行记录。在IGHD基因位点中发现了意想不到的变异，有四个以前未报道的IGHD基因序列被记录下来。C57BL / 6和BALB / c小鼠的IGHV序列很少与代表主要亚种的菌株共享，这表明它们的IGH基因座可能是不同来源基因的复杂嵌合体。这表明在其他经典近交系的IGH基因座中可能存在相似水平的多样性。如果我们要正确理解抗体介导的疾病模型中的株间变异，则必须对此进行记录。在IGHD基因位点中发现了意想不到的变异，有四个以前未报道的IGHD基因序列被记录下来。C57BL / 6和BALB / c小鼠的IGHV序列很少与代表主要亚种的菌株共享，这表明它们的IGH基因座可能是不同来源基因的复杂嵌合体。这表明在其他经典近交系的IGH基因座中可能存在相似水平的多样性。如果我们要正确理解抗体介导的疾病模型中的株间变异，则必须对此进行记录。这表明在其他经典近交系的IGH基因座中可能存在相似水平的多样性。如果我们要正确理解抗体介导的疾病模型中的株间变异，则必须对此进行记录。这表明在其他经典近交系的IGH基因座中可能存在相似水平的多样性。如果我们要正确理解抗体介导的疾病模型中的株间变异，则必须对此进行记录。