BACKGROUND RUNX1 gene, a master regulator of the hematopoietic process, participates in pathological conditions as a partner for several genes in chromosomal translocations. One of the most frequent chromosomal translocations found in acute myeloid leukemia patients is the t(8;21), in which RUNX1 and ETO genes recombine. In RUNX1 gene, the DNA double-strand breaks that originate the t(8;21) are generated in the intron 5, specifically within three regions designated as BCR1, BCR2, and BCR3. To date, what determines that these regions are more susceptible to DNA double-strand breaks is not completely clear. In this report, we characterized RUNX1 intron 5, by analyzing DNase-seq and ChIP-seq data, available in the ENCODE Project server, to evaluate DNaseI hypersensitivity and the presence of the epigenetic mark H3K4me3 in 124 and 51 cell types, respectively. RESULTS Our results show that intron 5 exhibits an epigenetic mark distribution similar to known promoter regions. Moreover, using the online tool YAPP and available CAGE data from the ENCODE Project server, we identified several putative transcription start sites within intron 5 in regions BCR2 and BCR3. Finally, available EST data was analyzed, identifying a novel uncharacterized long non-coding RNA, which is expressed in hematopoietic cell lines as shown by RT-PCR. Our data suggests that the core promoter of the novel long non-coding RNA locates within the region BCR3. CONCLUSION We identified a novel long non-coding RNA within RUNX1 intron 5, transcribed from a promoter located in the region BCR3, one of the chromosomal breakpoints of RUNX1 gene.

中文翻译：

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在RUNX1内含子5中鉴定新型长非编码RNA。

背景技术RUNX1基因是造血过程的主要调控因子，作为染色体易位中多个基因的伴侣参与病理条件。在急性髓细胞性白血病患者中发现的最常见的染色体易位之一是t（8; 21），其中RUNX1和ETO基因重组。在RUNX1基因中，在内含子5中，特别是在称为BCR1，BCR2和BCR3的三个区域内，产生了引发t（8; 21）的DNA双链断裂。迄今为止，确定这些区域更容易受到DNA双链断裂影响的原因尚不完全清楚。在此报告中，我们通过分析ENCODE Project服务器中可用的DNase-seq和ChIP-seq数据来表征RUNX1内含子5，以评估DNaseI超敏性以及表观遗传标记H3K4me3在124和51种细胞中的存在，分别。结果我们的结果表明内含子5表现出与已知启动子区域相似的表观遗传标记分布。此外，使用在线工具YAPP和来自ENCODE Project服务器的可用CAGE数据，我们在BCR2和BCR3区域内含子5内鉴定了几个推定的转录起始位点。最后，分析了可用的EST数据，鉴定了一种新的未表征的长非编码RNA，该RNA在造血细胞系中表达，如RT-PCR所示。我们的数据表明，新型长非编码RNA的核心启动子位于BCR3区域内。结论我们在RUNX1内含子5中鉴定了一个新的长非编码RNA，该RNA是由位于BCR3区域的启动子转录而成的，BCR3是RUNX1基因的染色体断裂点之一。结果我们的结果表明内含子5表现出与已知启动子区域相似的表观遗传标记分布。此外，使用在线工具YAPP和来自ENCODE Project服务器的可用CAGE数据，我们在BCR2和BCR3区域内含子5内鉴定了几个推定的转录起始位点。最后，分析了可用的EST数据，鉴定了一种新的未表征的长非编码RNA，该RNA在造血细胞系中表达，如RT-PCR所示。我们的数据表明，新型长非编码RNA的核心启动子位于BCR3区域内。结论我们在RUNX1内含子5中鉴定了一个新的长非编码RNA，该RNA是由位于BCR3区域的启动子转录而成的，BCR3是RUNX1基因的染色体断裂点之一。结果我们的结果表明内含子5表现出与已知启动子区域相似的表观遗传标记分布。此外，使用在线工具YAPP和来自ENCODE Project服务器的可用CAGE数据，我们在BCR2和BCR3区域内含子5内鉴定了几个推定的转录起始位点。最后，分析了可用的EST数据，鉴定了一种新的未表征的长非编码RNA，该RNA在造血细胞系中表达，如RT-PCR所示。我们的数据表明，新型长非编码RNA的核心启动子位于BCR3区域内。结论我们在RUNX1内含子5中鉴定了一个新的长非编码RNA，该RNA是由位于BCR3区域的启动子转录而成的，BCR3是RUNX1基因的染色体断裂点之一。使用在线工具YAPP和来自ENCODE Project服务器的可用CAGE数据，我们在BCR2和BCR3区域的内含子5内鉴定了几个推定的转录起始位点。最后，分析了可用的EST数据，鉴定了一种新的未表征的长非编码RNA，该RNA在造血细胞系中表达，如RT-PCR所示。我们的数据表明，新型长非编码RNA的核心启动子位于BCR3区域内。结论我们在RUNX1内含子5中鉴定了一个新的长非编码RNA，该RNA是由位于BCR3区域的启动子转录而成的，BCR3是RUNX1基因的染色体断裂点之一。使用在线工具YAPP和来自ENCODE Project服务器的可用CAGE数据，我们在BCR2和BCR3区域的内含子5内鉴定了几个推定的转录起始位点。最后，分析了可用的EST数据，鉴定了一种新的未表征的长非编码RNA，该RNA在造血细胞系中表达，如RT-PCR所示。我们的数据表明，新型长非编码RNA的核心启动子位于BCR3区域内。结论我们在RUNX1内含子5中鉴定了一个新的长非编码RNA，该RNA是由位于BCR3区域的启动子转录而成的，BCR3是RUNX1基因的染色体断裂点之一。鉴定了一种新型的未表征的长非编码RNA，该RNA在造血细胞系中表达，如RT-PCR所示。我们的数据表明，新型长非编码RNA的核心启动子位于BCR3区域内。结论我们在RUNX1内含子5中鉴定了一个新的长非编码RNA，该RNA是由位于BCR3区域的启动子转录而成的，BCR3是RUNX1基因的染色体断裂点之一。鉴定了一种新型的未表征的长非编码RNA，该RNA在造血细胞系中表达，如RT-PCR所示。我们的数据表明，新型长非编码RNA的核心启动子位于BCR3区域内。结论我们在RUNX1内含子5中鉴定了一个新的长非编码RNA，该RNA是由位于BCR3区域的启动子转录而成的，BCR3是RUNX1基因的染色体断裂点之一。