Real time quantitative PCR (qPCR) is the method of choice for miRNA expression studies. For relative quantification of miRNAs, normalization to proper reference genes is mandatory. Currently, no validated reference genes for miRNA qPCR in prostate cancer are available. In this study, the expression of four putative reference genes (hsa-miR-16, hsa-miR-130b, RNU6-2, SNORD7) was examined with regard to their use as normalizer. After SNORD7 was already shown an inappropriate reference gene in preliminary experiments using total RNA pools, we studied the expression of the putative reference genes in tissue and normal adjacent tissue sample pairs from 76 men with untreated prostate carcinoma collected after radical prostatectomy. hsa-miR-130b and RNU6-2 showed no significantly different expression between the matched malignant and non-malignant tissue samples, whereas hsa-miR-16 was significantly underexpressed in malignant tissue. Softwares geNorm and Normfinder predicted hsa- miR-130b and the geometric mean of hsa-miR-130b and RNU6-2 as the most stable reference genes. Normalization of the four miRNAs hsa-miR-96, hsa- miR-125b, hsa-miR-205, and hsa-miR-375, which were previously shown to be regulated, shows that normalization to hsa-mir-16 can lead to biased results. We recommend using hsa-miR-130b or the geometric mean of hsa-miR-130b and small RNA RNU6-2 for normalization in miRNA expression studies of prostate cancer.

中文翻译：

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适用于前列腺癌中 miRNA 表达相对定量的参考基因。

实时定量 PCR (qPCR) 是 miRNA 表达研究的首选方法。对于 miRNA 的相对定量，必须对适当的参考基因进行标准化。目前，尚无经验证的前列腺癌 miRNA qPCR 参考基因可用。在这项研究中，检查了四种推定的参考基因（hsa-miR-16、hsa-miR-130b、RNU6-2、SNORD7）的表达作为标准化的用途。在使用总 RNA 库的初步实验中，SNORD7 已经显示出不适当的参考基因后，我们研究了来自 76 名未经治疗的前列腺癌男性在根治性前列腺切除术后收集的组织和正常相邻组织样本对中推定的参考基因的表达。hsa-miR-130b 和 RNU6-2 在匹配的恶性和非恶性组织样本之间的表达没有显着差异，而 hsa-miR-16 在恶性组织中显着低表达。软件 geNorm 和 Normfinder 预测 hsa-miR-130b 以及 hsa-miR-130b 和 RNU6-2 的几何平均值是最稳定的参考基因。四种 miRNA 的标准化 hsa-miR-96、hsa-miR-125b、hsa-miR-205 和 hsa-miR-375 以前被证明是受调节的，表明对 hsa-mir-16 的标准化可以导致有偏见的结果。我们建议在前列腺癌的 miRNA 表达研究中使用 hsa-miR-130b 或 hsa-miR-130b 和小 RNA RNU6-2 的几何平均值进行标准化。软件 geNorm 和 Normfinder 预测 hsa-miR-130b 以及 hsa-miR-130b 和 RNU6-2 的几何平均值是最稳定的参考基因。四种 miRNA 的标准化 hsa-miR-96、hsa-miR-125b、hsa-miR-205 和 hsa-miR-375 以前被证明是受调节的，表明对 hsa-mir-16 的标准化可以导致有偏见的结果。我们建议在前列腺癌的 miRNA 表达研究中使用 hsa-miR-130b 或 hsa-miR-130b 和小 RNA RNU6-2 的几何平均值进行标准化。软件 geNorm 和 Normfinder 预测 hsa-miR-130b 以及 hsa-miR-130b 和 RNU6-2 的几何平均值是最稳定的参考基因。四种 miRNA 的标准化 hsa-miR-96、hsa-miR-125b、hsa-miR-205 和 hsa-miR-375 以前被证明是受调节的，表明对 hsa-mir-16 的标准化可以导致有偏见的结果。我们建议在前列腺癌的 miRNA 表达研究中使用 hsa-miR-130b 或 hsa-miR-130b 和小 RNA RNU6-2 的几何平均值进行标准化。