The homeobox genes comprise a large and diverse gene superfamily, many of which encode transcription factors with pivotal roles in the embryonic development of animals. We searched the assembled draft genome sequence of an amphioxus, Branchiostoma floridae, for genes possessing homeobox sequences. Phylogenetic analysis was used to divide these into gene families and classes. The 133 amphioxus homeobox genes comprise 60 ANTP class genes, 29 PRD genes (excluding Pon and Pax1/9), nine TALE genes, seven POU genes, seven LIM genes, five ZF genes, four CUT genes, four HNF genes, three SINE genes, one CERS gene, one PROS gene, and three unclassified genes. Ten of the 11 homeobox gene classes are less diverse in amphioxus than humans, as a result of gene duplication on the vertebrate lineage. Amphioxus possesses at least one member for all of the 96 homeobox gene families inferred to be present in the common ancestor of chordates, including representatives of the Msxlx, Bari, Abox, Nk7, Ro, and Repo gene families that have been lost from tunicates and vertebrates. We find duplication of several homeobox genes in the cephalochordate lineage (Mnx, Evx, Emx, Vent, Nk1, Nedx, Uncx, Lhx2/9, Hmbox, Pou3, and Irx) and several divergent genes that probably originated by extensive sequence divergence (Hx, Ankx, Lcx, Acut, Atale, Azfh, Ahbx, Muxa, Muxb, Aprd1-6, and Ahnf). The analysis reveals not only the repertoire of amphioxus homeobox genes but also gives insight into the evolution of chordate homeobox genes.

中文翻译：

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佛罗里达条口螈基因组同源异型盒基因的综合调查与分类[J].

同源盒基因包含一个庞大而多样的基因超家族，其中许多基因编码在动物胚胎发育中起关键作用的转录因子。我们搜索了具有同源框序列的基因的两栖类的组装的基因组草图，Branchiostoma floridae。系统发育分析用于将它们分为基因家族和类。133个安条鱼同源盒基因包括60个ANTP类基因、29个PRD基因（不包括Pon和Pax1/9）、9个TALE基因、7个POU基因、7个LIM基因、5个ZF基因、4个CUT基因、4个HNF基因、3个SINE基因、一个 CERS 基因、一个 PROS 基因和三个未分类的基因。由于脊椎动物谱系上的基因重复，11 个同源盒基因类别中的 10 个在两栖类动物中的多样性低于人类。Amphioxus 拥有推断存在于脊索动物共同祖先中的所有 96 个同源框基因家族中的至少一个成员，包括 Msxlx、Bari、Abox、Nk7、Ro 和 Repo 基因家族的代表，这些家族已从被囊动物和脊椎动物。我们在头脊索动物谱系（Mnx、Evx、Emx、Vent、Nk1、Nedx、Uncx、Lhx2/9、Hmbox、Pou3 和 Irx）中发现了几个同源框基因的重复，以及几个可能源自广泛序列差异的发散基因（Hx 、Ankx、Lcx、Acut、Atale、Azfh、Ahbx、Muxa、Muxb、Aprd1-6 和 Ahnf）。该分析不仅揭示了 amphioxus 同源盒基因的所有组成部分，而且还揭示了脊索动物同源盒基因的进化。从被囊动物和脊椎动物中丢失的 Ro 和 Repo 基因家族。我们在头脊索动物谱系（Mnx、Evx、Emx、Vent、Nk1、Nedx、Uncx、Lhx2/9、Hmbox、Pou3 和 Irx）中发现了几个同源框基因的重复，以及几个可能源自广泛序列差异的发散基因（Hx 、Ankx、Lcx、Acut、Atale、Azfh、Ahbx、Muxa、Muxb、Aprd1-6 和 Ahnf）。该分析不仅揭示了 amphioxus 同源盒基因的所有组成部分，而且还揭示了脊索动物同源盒基因的进化。从被囊动物和脊椎动物中丢失的 Ro 和 Repo 基因家族。我们在头脊索动物谱系（Mnx、Evx、Emx、Vent、Nk1、Nedx、Uncx、Lhx2/9、Hmbox、Pou3 和 Irx）中发现了几个同源框基因的重复，以及几个可能源自广泛序列差异的发散基因（Hx 、Ankx、Lcx、Acut、Atale、Azfh、Ahbx、Muxa、Muxb、Aprd1-6 和 Ahnf）。该分析不仅揭示了 amphioxus 同源盒基因的所有组成部分，而且还揭示了脊索动物同源盒基因的进化。Atale、Azfh、Ahbx、Muxa、Muxb、Aprd1-6 和 Ahnf）。该分析不仅揭示了 amphioxus 同源盒基因的所有组成部分，而且还揭示了脊索动物同源盒基因的进化。Atale、Azfh、Ahbx、Muxa、Muxb、Aprd1-6 和 Ahnf）。该分析不仅揭示了 amphioxus 同源盒基因的所有组成部分，而且还揭示了脊索动物同源盒基因的进化。