The gastrointestinal (GI) tract of vertebrates is inhabited by a vast array of organisms, i.e., the microbiota and macrobiota. The former is composed largely of commensal microorganisms, which play vital roles in host nutrition and maintenance of energy balance, in addition to supporting the development and function of the vertebrate immune system. By contrast, the macrobiota includes parasitic helminths, which are mostly considered detrimental to host health via a range of pathogenic effects that depend on parasite size, location in the GI tract, burden of infection, metabolic activity, and interactions with the host immune system. Sharing the same environment within the vertebrate host, the GI microbiota and parasitic helminths interact with each other, and the results of such interactions may impact, directly or indirectly, on host health and homeostasis. The complex relationships occurring between parasitic helminths and microbiota have long been neglected; however, recent studies point towards a role for these interactions in the overall pathophysiology of helminth disease, as well as in parasite-mediated suppression of inflammation. Whilst several discrepancies in qualitative and quantitative modifications in gut microbiota composition have been described based on host and helminth species under investigation, we argue that attention should be paid to the systems biology of the gut compartment under consideration, as variations in the abundances of the same population of bacteria inhabiting different niches of the GI tract may result in varying functional consequences for host physiology.

脊椎动物的胃肠道（GI）居住着各种各样的生物，即微生物群和大型菌群。前者主要由共生微生物组成，除了支持脊椎动物免疫系统的发育和功能外，它们还对宿主营养和维持能量平衡起着至关重要的作用。相比之下，大型生物群包括寄生虫蠕虫，这些寄生虫通常被认为会通过一系列致病作用而损害宿主健康，这些致病作用取决于寄生虫的大小，在胃肠道中的位置，感染负担，代谢活性以及与宿主免疫系统的相互作用。GI菌群和寄生蠕虫在脊椎动物宿主内共享相同的环境，因此它们之间的相互作用可能会直接或间接地影响到，对宿主的健康和体内平衡。寄生蠕虫和微生物群之间的复杂关系早已被忽略；然而，最近的研究指出这些相互作用在蠕虫病的整体病理生理以及寄生虫介导的炎症抑制中的作用。尽管已根据所研究的宿主和蠕虫物种描述了肠道菌群组成的定性和定量修改方面的差异，但我们认为应注意所考虑的肠道隔室的系统生物学，因为同一物种的丰度变化居住在胃肠道不同壁ni中的细菌种群可能对宿主生理产生不同的功能后果。寄生蠕虫和微生物群之间复杂的关系早已被人们所忽略；然而，最近的研究指出这些相互作用在蠕虫病的整体病理生理以及寄生虫介导的炎症抑制中的作用。尽管已根据所研究的宿主和蠕虫物种描述了肠道菌群组成的定性和定量修改方面的一些差异，但我们认为应注意所考虑的肠道隔室的系统生物学，因为同一物种的丰度变化居住在胃肠道不同壁ni中的细菌种群可能对宿主生理产生不同的功能后果。寄生蠕虫和微生物群之间复杂的关系早已被人们所忽略；然而，最近的研究指出这些相互作用在蠕虫病的整体病理生理以及寄生虫介导的炎症抑制中的作用。尽管已根据所研究的宿主和蠕虫物种描述了肠道菌群组成的定性和定量修改方面的一些差异，但我们认为应注意所考虑的肠道隔室的系统生物学，因为同一物种的丰度变化居住在胃肠道不同壁ni中的细菌种群可能对宿主生理产生不同的功能后果。最近的研究指出这些相互作用在蠕虫病的整体病理生理以及寄生虫介导的炎症抑制中的作用。尽管已根据所研究的宿主和蠕虫物种描述了肠道菌群组成的定性和定量修改方面的一些差异，但我们认为应注意所考虑的肠道隔室的系统生物学，因为同一物种的丰度变化居住在胃肠道不同生态位的细菌种群可能对宿主生理产生不同的功能后果。最近的研究指出这些相互作用在蠕虫病的整体病理生理以及寄生虫介导的炎症抑制中的作用。尽管已根据所研究的宿主和蠕虫物种描述了肠道菌群组成的定性和定量修改方面的一些差异，但我们认为应注意所考虑的肠道隔室的系统生物学，因为同一物种的丰度变化居住在胃肠道不同壁ni中的细菌种群可能对宿主生理产生不同的功能后果。