Southeast Asian rainforests at upper hill elevations are increasingly vulnerable to degradation because most lowland forest areas have been converted to different land uses. As such, understanding the genetics of upper hill species is becoming more crucial for their future management and conservation. Shoreaplatyclados is an important, widespread upper hill dipterocarp in Malaysia. To elucidate the genetic structure of S. platyclados and ultimately provide guidelines for a conservation strategy for this species, we carried out a comprehensive study of the genetic diversity and demographic history of S. platyclados. Twenty-seven populations of S. platyclados across its range in Malaysia were genotyped at 15 polymorphic microsatellite loci and sequenced at seven noncoding chloroplast DNA (cpDNA) regions. A total of 303 alleles were derived from the microsatellite loci, and 29 haplotypes were identified based on 2892 bp of concatenated cpDNA sequences. The populations showed moderately high genetic diversity (mean HE = 0.680 for microsatellite gene diversity and HT = 0.650 for total haplotype diversity) and low genetic differentiation (FST = 0.060). Bayesian clustering divided the studied populations into two groups corresponding to western and eastern Malaysia. Bottleneck analysis did not detect any recent bottleneck events. Extended Bayesian skyline analyses showed a model of constant size for the past population history of this species. Based on our findings, priority areas for in situ and ex situ conservation and a minimum population size are recommended for the sustainable utilization of S. platyclados.

中文翻译：

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上山龙脑香（Shorea platyclados）的遗传多样性和人口统计历史：对保护的影响

位于高山海拔的东南亚热带雨林越来越容易退化，因为大多数低地森林地区已转变为不同的土地用途。因此，了解上山物种的遗传学对于它们未来的管理和保护变得越来越重要。Shoreaplatyclados 是马来西亚重要的、分布广泛的上山龙脑香属植物。为了阐明 S. platyclados 的遗传结构并最终为该物种的保护策略提供指导，我们对 S. platyclados 的遗传多样性和人口历史进行了全面研究。在马来西亚的 15 个多态性微卫星位点对 27 个 S. platyclados 种群进行了基因分型，并在 7 个非编码叶绿体 DNA (cpDNA) 区域进行了测序。微卫星位点共有303个等位基因，基于2892 bp的cpDNA串联序列鉴定了29个单倍型。种群显示出中等高度的遗传多样性（微卫星基因多样性的平均 HE = 0.680，总单倍型多样性的平均 HE = 0.650）和低遗传分化（FST = 0.060）。贝叶斯聚类将研究人群分为对应于马来西亚西部和东部的两组。瓶颈分析未检测到任何最近的瓶颈事件。扩展贝叶斯天际线分析显示了该物种过去种群历史的恒定大小模型。根据我们的研究结果，建议优先考虑原地和异地保护以及最小种群规模，以可持续利用 S. platyclados。基于 2892 bp 的串联 cpDNA 序列鉴定了 29 个单倍型。种群显示出中等高度的遗传多样性（微卫星基因多样性的平均 HE = 0.680，总单倍型多样性的平均 HE = 0.650）和低遗传分化（FST = 0.060）。贝叶斯聚类将研究人群分为对应于马来西亚西部和东部的两组。瓶颈分析未检测到任何最近的瓶颈事件。扩展贝叶斯天际线分析显示了该物种过去种群历史的恒定大小模型。根据我们的研究结果，建议优先考虑原地和异地保护以及最小种群规模，以可持续利用 S. platyclados。基于 2892 bp 的串联 cpDNA 序列鉴定了 29 个单倍型。种群显示出中等高度的遗传多样性（微卫星基因多样性的平均 HE = 0.680，总单倍型多样性的平均 HE = 0.650）和低遗传分化（FST = 0.060）。贝叶斯聚类将研究人群分为对应于马来西亚西部和东部的两组。瓶颈分析未检测到任何最近的瓶颈事件。扩展贝叶斯天际线分析显示了该物种过去种群历史的恒定大小模型。根据我们的研究结果，建议优先考虑原地和异地保护以及最小种群规模，以实现 S. platyclados 的可持续利用。种群显示出中等高度的遗传多样性（微卫星基因多样性的平均 HE = 0.680，总单倍型多样性的平均 HE = 0.650）和低遗传分化（FST = 0.060）。贝叶斯聚类将研究人群分为对应于马来西亚西部和东部的两组。瓶颈分析未检测到任何最近的瓶颈事件。扩展贝叶斯天际线分析显示了该物种过去种群历史的恒定大小模型。根据我们的研究结果，建议优先考虑原地和异地保护以及最小种群规模，以可持续利用 S. platyclados。种群显示出中等高度的遗传多样性（微卫星基因多样性的平均 HE = 0.680，总单倍型多样性的平均 HE = 0.650）和低遗传分化（FST = 0.060）。贝叶斯聚类将研究人群分为对应于马来西亚西部和东部的两组。瓶颈分析未检测到任何最近的瓶颈事件。扩展贝叶斯天际线分析显示了该物种过去种群历史的恒定大小模型。根据我们的研究结果，建议优先考虑原地和异地保护以及最小种群规模，以可持续利用 S. platyclados。贝叶斯聚类将研究人群分为对应于马来西亚西部和东部的两组。瓶颈分析未检测到任何最近的瓶颈事件。扩展贝叶斯天际线分析显示了该物种过去种群历史的恒定大小模型。根据我们的研究结果，建议优先考虑原地和异地保护以及最小种群规模，以可持续利用 S. platyclados。贝叶斯聚类将研究人群分为对应于马来西亚西部和东部的两组。瓶颈分析未检测到任何最近的瓶颈事件。扩展贝叶斯天际线分析显示了该物种过去种群历史的恒定大小模型。根据我们的研究结果，建议优先考虑原地和异地保护以及最小种群规模，以实现 S. platyclados 的可持续利用。