Theoretically, crystals with supercells exist at a unique crossroads where they can be considered as either a large unit cell with closely spaced reflections in reciprocal space or a higher dimensional superspace with a modulation that is commensurate with the supercell. In the latter case, the structure would be defined as an average structure with functions representing a modulation to determine the atomic location in 3D space. Here, a model protein structure and simulated diffraction data were used to investigate the possibility of solving a real incommensurately modulated protein crystal using a supercell approximation. In this way, the answer was known and the refinement method could be tested. Firstly, an average structure was solved by using the `main' reflections, which represent the subset of the reflections that belong to the subcell and in general are more intense than the `satellite' reflections. The average structure was then expanded to create a supercell and refined using all of the reflections. Surprisingly, the refined solution did not match the expected solution, even though the statistics were excellent. Interestingly, the corresponding superspace group had multiple 3D daughter supercell space groups as possibilities, and it was one of the alternate daughter space groups that the refinement locked in on. The lessons learned here will be applied to a real incommensurately modulated profilin-actin crystal that has the same superspace group.

中文翻译：

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Supercell的改进：一个警示故事。

从理论上讲，具有超晶胞的晶体存在于独特的十字路口，在这里它们可以被认为是在倒易空间中具有紧密间隔反射的大型晶胞，或者是具有与该超晶胞相对应的调制的高维超空间。在后一种情况下，该结构将定义为具有表示表示确定3D空间中原子位置的调制的函数的平均结构。在这里，使用模型蛋白质结构和模拟衍射数据来研究使用超级细胞近似法求解真正无比例调节的蛋白质晶体的可能性。这样，答案是已知的，并且可以测试改进方法。首先，通过使用“主”反射来解决平均结构，代表子细胞的反射子集通常比“卫星”反射更强烈。然后扩展平均结构以创建超级单元，并使用所有反射进行精炼。令人惊讶的是，即使统计数据非常出色，精炼解决方案也不符合预期解决方案。有趣的是，相应的超空间组具有多个3D子超单元空间组作为可能性，并且它是精化锁定的替代子空间组之一。在这里学到的教训将应用于具有相同超空间群的真实无比例调制的脯氨蛋白-肌动蛋白晶体。然后扩展平均结构以创建超级单元，并使用所有反射进行精炼。令人惊讶的是，即使统计数据非常出色，精炼解决方案也不符合预期解决方案。有趣的是，相应的超空间组具有多个3D子超单元空间组作为可能，并且它是细化锁定的替代子空间组之一。在这里学到的教训将应用于具有相同超空间群的真实无比例调制的脯氨蛋白-肌动蛋白晶体。然后扩展平均结构以创建超级单元，并使用所有反射进行精炼。令人惊讶的是，即使统计数据非常出色，精炼解决方案也不符合预期解决方案。有趣的是，相应的超空间组具有多个3D子超单元空间组作为可能，并且它是细化锁定的替代子空间组之一。在这里学到的教训将应用于具有相同超空间群的真实无比例调制的脯氨蛋白-肌动蛋白晶体。精炼锁定的是替代子空间组之一。在这里学到的教训将应用于具有相同超空间群的真实无比例调制的脯氨蛋白-肌动蛋白晶体。精炼锁定的是替代子空间组之一。在这里学到的教训将应用于具有相同超空间群的真实无比例调制的脯氨蛋白-肌动蛋白晶体。