Background/Aims: Beckwith-Wiedemann syndrome (BWS) is a congenital overgrowth disorder predisposing to tumorigenesis caused by abnormal expression or function of imprinted genes of the chromosome 11p15.5 imprinting gene cluster. This real-time PCR-based assay determines the methylation status of a selected CpG island and has been proposed for use in high-throughput methylation analysis. Methods: Here, we use quantitative analysis of methylated alleles (QAMA) for the detection of methylation status of the KCNQ10T1 gene, in a region immediately upstream of the transcription initiation site, and the CTCF binding site 6, located approximately 2 kb upstream of the SmaI site currently used for clinical laboratory testing. We assayed a series of controls and patients diagnosed with BWS at two different loci at 11p15.5 to assess the diagnostic yield of QAMA PCR for clinical laboratory testing. Results: These results compare favorably with methylation-specific multiple ligation probe amplification (MS-MLPA) analysis at both differentially methylated region (DMR)1 and DMR2. There are several advantages of the QAMA PCR over MS-MLPA. The QAMA PCR is less labor-intensive and therefore more cost-effective and does not require dedicated analysis software. A second advantage is that the assay is amenable to high-throughput analysis. Conclusions: The small sample size reflects the rare nature of this epigenetic disorder, and the range of ages was quite wide, as was the degree of disease severity. Therefore, further validation with larger cohorts is warranted.

中文翻译：

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甲基化等位基因实时 PCR 和甲基化特异性 MLPA 定量分析在贝克威斯-威德曼综合征分子诊断中的比较

背景/目的：Beckwith-Wiedemann 综合征 (BWS) 是一种先天性过度生长疾病，由染色体 11p15.5 印记基因簇的印记基因的异常表达或功能引起，易导致肿瘤发生。这种基于实时 PCR 的检测可确定所选 CpG 岛的甲基化状态，并已建议用于高通量甲基化分析。方法：在这里，我们使用甲基化等位基因 (QAMA) 的定量分析来检测 KCNQ10T1 基因的甲基化状态，位于转录起始位点上游的区域，以及位于转录起始位点上游约 2 kb 的 CTCF 结合位点 6。目前用于临床实验室测试的 SmaI 站点。我们在 11p15 的两个不同位点检测了一系列对照和诊断为 BWS 的患者。5 评估用于临床实验室检测的 QAMA PCR 的诊断率。结果：这些结果与甲基化特异性多重连接探针扩增 (MS-MLPA) 分析在差异甲基化区域 (DMR)1 和 DMR2 上的表现相得益彰。与 MS-MLPA 相比，QAMA PCR 有几个优点。QAMA PCR 的劳动强度较低，因此更具成本效益，并且不需要专门的分析软件。第二个优点是该测定适合高通量分析。结论：样本量小反映了这种表观遗传病的罕见性质，年龄范围相当广泛，疾病严重程度也是如此。因此，有必要对更大的队列进行进一步验证。这些结果在差异甲基化区域 (DMR)1 和 DMR2 处与甲基化特异性多重连接探针扩增 (MS-MLPA) 分析相比具有优势。与 MS-MLPA 相比，QAMA PCR 有几个优点。QAMA PCR 的劳动强度较低，因此更具成本效益，并且不需要专门的分析软件。第二个优点是该测定适合高通量分析。结论：样本量小反映了这种表观遗传病的罕见性质，年龄范围相当广泛，疾病严重程度也是如此。因此，有必要对更大的队列进行进一步验证。这些结果在差异甲基化区域 (DMR)1 和 DMR2 处与甲基化特异性多重连接探针扩增 (MS-MLPA) 分析相比具有优势。与 MS-MLPA 相比，QAMA PCR 有几个优点。QAMA PCR 的劳动强度较低，因此更具成本效益，并且不需要专门的分析软件。第二个优点是该测定适合高通量分析。结论：样本量小反映了这种表观遗传病的罕见性质，年龄范围相当广泛，疾病严重程度也是如此。因此，有必要对更大的队列进行进一步验证。QAMA PCR 的劳动强度较低，因此更具成本效益，并且不需要专门的分析软件。第二个优点是该测定适合高通量分析。结论：样本量小反映了这种表观遗传病的罕见性质，年龄范围相当广泛，疾病严重程度也是如此。因此，有必要对更大的队列进行进一步验证。QAMA PCR 的劳动强度较低，因此更具成本效益，并且不需要专门的分析软件。第二个优点是该测定适合高通量分析。结论：样本量小反映了这种表观遗传病的罕见性质，年龄范围相当广泛，疾病严重程度也是如此。因此，有必要对更大的队列进行进一步验证。