Background Group A rotaviruses are the major causative agents of pediatric gastroenteritis worldwide. Several studies have reported the predominance of G4P[6] rotavirus genotypes in Korean neonates, which is uncommon in other countries. Therefore, the purposes of this study were to determine the genotype constellations of complete genomes of G4P[6] rotavirus strains isolated from Korean neonates using next-generation sequencing, to compare these sequences with other G4P[6] strains in other countries, and to determine the reason for the predominance of G4P[6] genotypes in Korean neonates. Results Twenty rotavirus G4P[6] strains, isolated from January 2013 to January 2016, were selected for whole-genome sequencing. Eleven rotavirus genes were amplified using specific primer sets, and sequencing was carried out using an Ion S5 XL next-generation sequencing platform. Genotypes of each gene were determined, and phylogenetic analyses were performed to investigate genetic distances between genes of rotaviruses in this study and those of other rotavirus G4P[6] strains whose whole-genome sequences were previously published. All 20 rotavirus strains in this study had the same genotype: G4-P[6]-I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1, representing the Wa-like genotype constellation. BLAST searches of 20 G4P[6] rotavirus strains revealed that all G4 sequences in this study showed the highest nucleotide identity to G4 sequences of G4P[6] rotavirus strains isolated in Korea in 2008 (GenBank accession number: FJ603447). Additionally, P[6] gene sequences in this study showed the highest nucleotide identity to P[6] sequences of G4P[6] strains detected in Korea in 2002 (AY158093). Phylogenetic and nucleotide sequence analyses showed that G4P[6] strains in this study and previously reported G4P[6] strains in Korea were mostly detected in neonates and had similar G4 and P[6] sequences compared with other G4P[6] strains detected in other countries. Conclusions This study showed that the whole-genome constellation of rotavirus G4P[6] strains from Korean neonates resembled a Wa-like genotype constellation. Additionally, rotavirus genotypes detected in Korean neonates had unique P[6] sequences, which may be the cause of Korean neonatal rotavirus infection.

中文翻译：

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从韩国新生儿中分离出的轮状病毒 G4P[6] 株的全基因组分析：韩国新生儿与轮状病毒 P[6] 基因型的关联。

背景 A 组轮状病毒是全世界儿童胃肠炎的主要病原体。几项研究报告了 G4P[6] 轮状病毒基因型在韩国新生儿中的优势，这在其他国家并不常见。因此，本研究的目的是确定使用下一代测序从韩国新生儿中分离出的 G4P[6] 轮状病毒株的完整基因组的基因型星座，并将这些序列与其他国家的其他 G4P[6] 株进行比较，并确定韩国新生儿中 G4P[6] 基因型占优势的原因。结果 选择2013年1月至2016年1月分离的20株轮状病毒G4P[6]株进行全基因组测序。使用特定的引物组扩增了 11 个轮状病毒基因，使用 Ion S5 XL 新一代测序平台进行测序。确定了每个基因的基因型，并进行了系统发育分析，以研究本研究中轮状病毒基因与之前发表全基因组序列的其他轮状病毒 G4P[6] 株的基因之间的遗传距离。本研究中所有20株轮状病毒株均具有相同的基因型：G4-P[6]-I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1，代表Wa样基因型星座。对 20 种 G4P[6] 轮状病毒株的 BLAST 搜索显示，本研究中的所有 G4 序列与 2008 年在韩国分离的 G4P[6] 轮状病毒株的 G4 序列显示出最高的核苷酸同一性（GenBank 登录号：FJ603447）。此外，本研究中的 P[6] 基因序列与 2002 年在韩国检测到的 G4P[6] 菌株 (AY158093) 的 P[6] 序列的核苷酸同一性最高。系统发育和核苷酸序列分析表明，本研究中的 G4P[6] 菌株和之前报道的韩国 G4P[6] 菌株主要在新生儿中检测到，并且与在该研究中检测到的其他 G4P[6] 菌株相比具有相似的 G4 和 P[6] 序列其他国家。结论 本研究表明，来自韩国新生儿的轮状病毒 G4P[6] 株的全基因组群类似于 Wa 样基因型群。此外，在韩国新生儿中检测到的轮状病毒基因型具有独特的P[6]序列，这可能是韩国新生儿轮状病毒感染的原因。系统发育和核苷酸序列分析表明，本研究中的 G4P[6] 菌株和之前报道的韩国 G4P[6] 菌株主要在新生儿中检测到，并且与在该研究中检测到的其他 G4P[6] 菌株相比具有相似的 G4 和 P[6] 序列其他国家。结论 本研究表明，来自韩国新生儿的轮状病毒 G4P[6] 株的全基因组群类似于 Wa 样基因型群。此外，在韩国新生儿中检测到的轮状病毒基因型具有独特的P[6]序列，这可能是韩国新生儿轮状病毒感染的原因。系统发育和核苷酸序列分析表明，本研究中的 G4P[6] 菌株和之前报道的韩国 G4P[6] 菌株主要在新生儿中检测到，并且与在该研究中检测到的其他 G4P[6] 菌株相比具有相似的 G4 和 P[6] 序列其他国家。结论 本研究表明，来自韩国新生儿的轮状病毒 G4P[6] 株的全基因组群类似于 Wa 样基因型群。此外，在韩国新生儿中检测到的轮状病毒基因型具有独特的P[6]序列，这可能是韩国新生儿轮状病毒感染的原因。结论 本研究表明，来自韩国新生儿的轮状病毒 G4P[6] 株的全基因组群类似于 Wa 样基因型群。此外，在韩国新生儿中检测到的轮状病毒基因型具有独特的P[6]序列，这可能是韩国新生儿轮状病毒感染的原因。结论 本研究表明，来自韩国新生儿的轮状病毒 G4P[6] 株的全基因组群类似于 Wa 样基因型群。此外，在韩国新生儿中检测到的轮状病毒基因型具有独特的P[6]序列，这可能是韩国新生儿轮状病毒感染的原因。