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Mollusc shells as metagenomic archives: The true treasure is the chest itself.
Molecular Ecology Resources ( IF 5.5 ) Pub Date : 2017-10-17 , DOI: 10.1111/1755-0998.12716
Marie-Agnès Coutellec 1
Affiliation  

Mollusc shells, beyond the treasure of information inherently conveyed through their morphology and chemical composition also have the capacity to preserve DNA sequences over the long term in their inner structure. This has been clearly demonstrated for the first time in the study published in this issue of Molecular Ecology Resources by Der Sarkissian et al. (). With a methodology specifically dedicated to ancient DNA and solid matrices, the authors were able to successfully extract and amplify DNA from marine shells spanning the last 7,000 years. Furthermore, using metagenomic analyses, they could identify important factors affecting DNA recovery. Using reference genomes and sequences in a targeted approach to assign high-throughput sequencing reads, the authors revealed both the presence of endogenous mollusc DNA and a potent pathogen of Manilla clam. Collectively, the results presented in this study open extremely promising research avenues, from palaeogenomics and evolutionary biology to ecological genomics at population and community levels, as well as the opportunity to fine-tune diagnostic tools for conservation and aquaculture purposes. Last but not least, this study also offers exciting perspectives in epigenomics and the evolution of regulatory processes in the context of adaptation to global change. It can be easily expected that the approach developed by Der Sarkissian et al. () will be pursued and extensively investigated in the near future by the scientific community interested in these issues.

中文翻译:

软体动物的外壳作为宏基因组学档案:真正的宝藏是胸部本身。

软体动物的贝壳,除了通过形态和化学成分固有地传达的信息宝藏外,还具有在其内部结构中长期保存DNA序列的能力。Der Sarkissian等人在本期《分子生态资源》上发表的研究首次明确证明了这一点。()。利用专门针对古代DNA和固体基质的方法,作者能够成功地从过去7,000年的海洋贝壳中提取和扩增DNA。此外,使用宏基因组分析,他们可以确定影响DNA回收的重要因素。使用目标基因组中的参考基因组和序列来分配高通量测序读数,这组作者揭示了内源性软体动物DNA的存在和马尼拉蛤的强效病原体。总体而言,本研究提出的结果开辟了非常有前途的研究途径,从古基因组学和进化生物学到人口和社区水平的生态基因组学,以及为保护和水产养殖目的微调诊断工具的机会。最后但并非最不重要的一点是,这项研究还为表观基因组学和适应全球变化的环境下监管过程的发展提供了令人兴奋的观点。可以很容易地想到Der Sarkissian等人开发的方法。()在不久的将来将由对这些问题感兴趣的科学界追求并进行广泛的调查。这项研究提出的结果为从人口和社区层面的古基因组学和进化生物学到生态基因组学开辟了非常有前途的研究途径,并提供了微调用于保护和水产养殖目的的诊断工具的机会。最后但并非最不重要的一点是,这项研究还为表观基因组学和适应全球变化的环境下监管过程的发展提供了令人兴奋的观点。可以很容易地想到Der Sarkissian等人开发的方法。()在不久的将来将由对这些问题感兴趣的科学界进行追踪和广泛调查。这项研究提出的结果为从人口和社区层面的古基因组学和进化生物学到生态基因组学开辟了非常有前途的研究途径,并提供了微调用于保护和水产养殖目的的诊断工具的机会。最后但并非最不重要的一点是,这项研究还为表观基因组学和适应全球变化的环境下监管过程的发展提供了令人兴奋的观点。可以很容易地想到Der Sarkissian等人开发的方法。()在不久的将来将由对这些问题感兴趣的科学界追求并进行广泛的调查。以及为保护和水产养殖目的微调诊断工具的机会。最后但并非最不重要的一点是,这项研究还为表观基因组学和适应全球变化的环境下监管过程的发展提供了令人兴奋的观点。可以很容易地想到Der Sarkissian等人开发的方法。()在不久的将来将由对这些问题感兴趣的科学界追求并进行广泛的调查。以及为保护和水产养殖目的微调诊断工具的机会。最后但并非最不重要的一点是,这项研究还为表观基因组学和适应全球变化的环境下监管过程的发展提供了令人兴奋的观点。可以很容易地想到Der Sarkissian等人开发的方法。()在不久的将来将由对这些问题感兴趣的科学界追求并进行广泛的调查。
更新日期:2019-11-01
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