BackgroundPathogenic variants in BRCA1 and BRCA2 cause hereditary breast and ovarian cancer. Screening of these genes has become easily accessible in diagnostic laboratories. Sequencing and copy number analyses are used to detect pathogenic variants, but also lead to identification of variants of unknown clinical significance (VUS). If the effect of a VUS can be clarified, it has direct consequence for the clinical management of the patient and family members. A splicing assay is one of several tools that might help in the classification of VUS. We therefore established mRNA analyses for BRCA1 and BRCA2 in the diagnostic laboratory in 2015. We hereby report the results of mRNA analysis variants in BRCA1 and BRCA2 after three years.MethodsVariants predicted to alter splicing and variants within the canonical splice sites were selected for splicing analyses. Splicing assays were performed by reverse transcription-PCR of patient RNA. A biallalic expression analysis was carried out whenever possible.ResultsTwenty-five variants in BRCA1 and BRCA2 were analyzed by splicing assays; nine showed altered transcripts and 16 showed normal splicing patterns. The two novel pathogenic variants in BRCA1 c.4484 + 3 A > C and c.5407–10G > A were characterized.ConclusionsWe conclude that mRNA analyses are useful in characterization of variants that may affect splicing. The results can guide classification of variants from unknown clinical significance to pathogenic or benign in a diagnostic laboratory, and thus be of direct clinical importance.

中文翻译：

---

BRCA1 和 BRCA2 变体的诊断性 mRNA 剪接试验确定了两种新的致病性剪接畸变

背景 BRCA1 和 BRCA2 的致病性变异导致遗传性乳腺癌和卵巢癌。这些基因的筛选在诊断实验室中变得很容易。测序和拷贝数分析用于检测致病变异，但也导致识别临床意义未知 (VUS) 的变异。如果能够明确 VUS 的效果，将对患者和家属的临床管理产生直接影响。剪接分析是可能有助于 VUS 分类的几种工具之一。因此，我们于 2015 年在诊断实验室建立了 BRCA1 和 BRCA2 的 mRNA 分析。我们在此报告三年后 BRCA1 和 BRCA2 中的 mRNA 分析变体的结果。方法选择预测改变剪接的变异体和规范剪接位点内的变异体进行剪接分析。通过患者 RNA 的逆转录-PCR 进行剪接测定。尽可能进行双基因表达分析。结果通过剪接试验分析了 BRCA1 和 BRCA2 中的 25 个变体；9 个显示改变的转录本，16 个显示正常的剪接模式。对 BRCA1 c.4484 + 3 A > C 和 c.5407–10G > A 中的两种新型致病变异进行了表征。结论我们得出结论，mRNA 分析可用于表征可能影响剪接的变异。结果可以指导诊断实验室中从未知临床意义到致病或良性变异的分类，因此具有直接的临床意义。通过患者 RNA 的逆转录-PCR 进行剪接测定。尽可能进行双基因表达分析。结果通过剪接试验分析了 BRCA1 和 BRCA2 中的 25 个变体；9 个显示改变的转录本，16 个显示正常的剪接模式。对 BRCA1 c.4484 + 3 A > C 和 c.5407–10G > A 中的两种新型致病变异进行了表征。结论我们得出结论，mRNA 分析可用于表征可能影响剪接的变异。结果可以指导诊断实验室中从未知临床意义到致病或良性变异的分类，因此具有直接的临床意义。通过患者 RNA 的逆转录-PCR 进行剪接测定。尽可能进行双基因表达分析。结果通过剪接试验分析了 BRCA1 和 BRCA2 中的 25 个变体；9 个显示改变的转录本，16 个显示正常的剪接模式。对 BRCA1 c.4484 + 3 A > C 和 c.5407–10G > A 中的两种新型致病变异进行了表征。结论我们得出结论，mRNA 分析可用于表征可能影响剪接的变异。结果可以指导诊断实验室中从未知临床意义到致病或良性变异的分类，因此具有直接的临床意义。结果通过剪接法分析了BRCA1和BRCA2中的25个变异体；9 个显示改变的转录本，16 个显示正常的剪接模式。对 BRCA1 c.4484 + 3 A > C 和 c.5407–10G > A 中的两种新型致病变异进行了表征。结论我们得出结论，mRNA 分析可用于表征可能影响剪接的变异。结果可以指导诊断实验室中从未知临床意义到致病或良性变异的分类，因此具有直接的临床意义。结果通过剪接法分析了BRCA1和BRCA2中的25个变异体；9 个显示改变的转录本，16 个显示正常的剪接模式。对 BRCA1 c.4484 + 3 A > C 和 c.5407–10G > A 中的两种新型致病变异进行了表征。结论我们得出结论，mRNA 分析可用于表征可能影响剪接的变异。结果可以指导诊断实验室中从未知临床意义到致病或良性变异的分类，因此具有直接的临床意义。