BackgroundThe Suwan population is a well-known maize germplasm that has greatly contributed to the development of maize breeding in tropical and subtropical regions, especially in southern China. Inbred lines derived from the Suwan population always contain stronger resistance and extensive adaptability in different environments. To evaluate the genetic character of inbred lines derived from the Suwan population, a panel including 226 inbred line derived from the Suwan population and temperate resources was assembled and genotyped by using MaizeSNP50 BeadChip, which contained 56,110 genome-wide single nucleotide polymorphism (SNP) markers. This panel contained 98 temperate inbred line and 128 lines derived from the Suwan population.ResultsThe results showed that high genetic diversity was found, with PIC and GD to be 0.67 and 0.60, respectively. In addition, two novel subgroups were identified, with representative inbred lines as HCL645 and Ki32, respectively. One acknowledged heterotic group of Iowa Stiff Stalk Synthetic (SS) was also identified in this study. This study can provide some additional scientific evidence for heterotic group division and use in maize. Additionally, lower linkage disequilibrium (LD) levels and weaker genetic relationships were found, with an average LD level of 41.15 kb that varied from 3.5 to 96 kb. A total of 82.8% of paired relative kinships ranged from 0.05 to 0.28.ConclusionsThese results would not only facilitate maize breeding practices in tropical and subtropical regions, but also revealed that this panel can be used in dissecting the genetic basis of complex quantitative traits’ variations by using genome-wide association studies (GWAS).

中文翻译：

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苏皖种群与温带资源玉米种质的遗传特征

背景苏皖种群是著名的玉米种质资源，对热带、亚热带地区特别是南方地区玉米育种的发展做出了巨大贡献。来自苏皖种群的自交系在不同环境中总是具有较强的抗性和广泛的适应性。为了评估来自苏皖种群的自交系的遗传特征，使用包含 56,110 个全基因组单核苷酸多态性 (SNP) 标记的 MaizeSNP50 BeadChip 组装和基因分型来自苏皖种群和温带资源的 226 个自交系。 . 该面板包含98个温带自交系和128个来自苏皖群体的系。结果结果表明，遗传多样性较高，PIC和GD分别为0.67和0.60。此外，还鉴定了两个新的亚群，具有代表性的近交系分别为 HCL645 和 Ki32。在这项研究中还发现了一个公认的爱荷华州硬茎合成物 (SS) 的杂种优势。本研究可为杂种优势群划分和在玉米中的应用提供一些额外的科学依据。此外，发现较低的连锁不平衡 (LD) 水平和较弱的遗传关系，平均 LD 水平为 41.15 kb，从 3.5 到 96 kb 不等。共有 82.8% 的配对相对亲缘关系在 0.05 到 0.28 之间。结论这些结果不仅有助于热带和亚热带地区的玉米育种实践，而且表明该面板可用于剖析复杂数量性状变异的遗传基础通过使用全基因组关联研究（GWAS）。确定了两个新的亚群，具有代表性的近交系分别为 HCL645 和 Ki32。在这项研究中还发现了一个公认的爱荷华州硬茎合成物 (SS) 的杂种优势。本研究可为杂种优势群划分和在玉米中的应用提供一些额外的科学依据。此外，发现较低的连锁不平衡 (LD) 水平和较弱的遗传关系，平均 LD 水平为 41.15 kb，从 3.5 到 96 kb 不等。共有 82.8% 的配对相对亲缘关系在 0.05 到 0.28 之间。结论这些结果不仅有助于热带和亚热带地区的玉米育种实践，而且表明该面板可用于剖析复杂数量性状变异的遗传基础通过使用全基因组关联研究（GWAS）。确定了两个新的亚群，具有代表性的近交系分别为 HCL645 和 Ki32。在这项研究中还发现了一个公认的爱荷华州硬茎合成物 (SS) 的杂种优势。本研究可为杂种优势群划分和在玉米中的应用提供一些额外的科学依据。此外，发现较低的连锁不平衡 (LD) 水平和较弱的遗传关系，平均 LD 水平为 41.15 kb，从 3.5 到 96 kb 不等。共有 82.8% 的配对相对亲缘关系在 0.05 到 0.28 之间。结论这些结果不仅有助于热带和亚热带地区的玉米育种实践，而且表明该面板可用于剖析复杂数量性状变异的遗传基础通过使用全基因组关联研究（GWAS）。