Pomegranate (Punica granatum L.) is one of the oldest known edible fruits. It has grown in popularity and is a profitable fruit crop due to its attractive features including a bright red appearance and its biological activities. Scientific exploration of the genetics and evolution of these beneficial traits has been hampered by limited genomic information. In this study, we sequenced the complete chloroplast (cp) genome of the native P. granatum (cultivar Helow) cultivated in the mountains of Jabal Al-Akhdar, Oman. The results revealed a P. granatum cp genome length of 158,630 bp, characterized by a relatively conserved structure containing 2 inverted repeat regions of 25,466 bp, an 18,686 bp small single copy regions, and an 89,015 bp large single copy region. The 86 protein-coding genes included 37 transfer RNA genes and 8 ribosomal RNA genes. Comparison of the P. granatum whole cp genome with seven Lagerstroemia species revealed an overall high degree of sequence similarity with divergence among intergenic spacers. The location, distribution, and divergence of repeat sequences and shared genes of the Punica and Lagerstroemia species were highly similar. Analyses of nucleotide substitution, insertion/deletions, and highly variable regions in these cp genomes identified potential plastid markers for taxonomic and phylogenetic studies in Myrtales. A phylogenetic study of the cp genomes and 76 shared coding regions generated similar cladograms. The complete cp genome of P. granatum will aid in taxonomical studies of the family Lythraceae.

中文翻译：

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首次报道了来自阿曼 Jabal Al-Akhdar 的石榴（品种 Helow）的叶绿体基因组序列：与紫薇的系统发育比较分类

石榴 (Punica granatum L.) 是已知最古老的可食用水果之一。由于其吸引人的特征（包括鲜红色外观和生物活性），它越来越受欢迎并且是一种有利可图的水果作物。有限的基因组信息阻碍了对这些有益性状的遗传学和进化的科学探索。在这项研究中，我们对在阿曼 Jabal Al-Akhdar 山区种植的天然 P. granatum（栽培品种 Helow）的完整叶绿体 (cp) 基因组进行了测序。结果表明，P. granatum cp 基因组长度为 158,630 bp，其特征在于相对保守的结构，其中包含 2 个 25,466 bp 的反向重复区域、一个 18,686 bp 的小单拷贝区域和一个 89,015 bp 的大单拷贝区域。86个蛋白质编码基因包括37个转移RNA基因和8个核糖体RNA基因。P. granatum 全 cp 基因组与七个紫薇物种的比较揭示了整体高度的序列相似性和基因间间隔区之间的差异。Punica 和 Lagerstroemia 物种的重复序列和共享基因的位置、分布和差异高度相似。对这些 cp 基因组中的核苷酸替换、插入/缺失和高度可变区域的分析确定了用于桃金娘分类学和系统发育研究的潜在质体标记。cp 基因组和 76 个共享编码区的系统发育研究产生了相似的分支图。P. granatum 的完整 cp 基因组将有助于 Lythraceae 科的分类学研究。granatum 全 cp 基因组与七个紫薇物种揭示了整体高度的序列相似性和基因间间隔区之间的差异。Punica 和 Lagerstroemia 物种的重复序列和共享基因的位置、分布和差异高度相似。对这些 cp 基因组中的核苷酸替换、插入/缺失和高度可变区域的分析确定了用于桃金娘分类学和系统发育研究的潜在质体标记。cp 基因组和 76 个共享编码区的系统发育研究产生了相似的分支图。P. granatum 的完整 cp 基因组将有助于 Lythraceae 科的分类学研究。granatum 全 cp 基因组与七个紫薇物种揭示了整体高度的序列相似性和基因间间隔区之间的差异。Punica 和 Lagerstroemia 物种的重复序列和共享基因的位置、分布和差异高度相似。对这些 cp 基因组中的核苷酸替换、插入/缺失和高度可变区域的分析确定了用于桃金娘分类学和系统发育研究的潜在质体标记。cp 基因组和 76 个共享编码区的系统发育研究产生了相似的分支图。P. granatum 的完整 cp 基因组将有助于 Lythraceae 科的分类学研究。对这些 cp 基因组中的核苷酸替换、插入/缺失和高度可变区域的分析确定了用于桃金娘分类学和系统发育研究的潜在质体标记。cp 基因组和 76 个共享编码区的系统发育研究产生了相似的分支图。P. granatum 的完整 cp 基因组将有助于 Lythraceae 科的分类学研究。对这些 cp 基因组中的核苷酸替换、插入/缺失和高度可变区域的分析确定了用于桃金娘分类学和系统发育研究的潜在质体标记。cp 基因组和 76 个共享编码区的系统发育研究产生了相似的分支图。P. granatum 的完整 cp 基因组将有助于 Lythraceae 科的分类学研究。