Amoebae-resistant microorganisms exhibit a specific lifestyle. Unlike allopatric specialized intracellular pathogens, they have not specialized because they infect the amoebae via amoebal attack and present a sympatric lifestyle with species from different phyla. In this review, we compare the genomes from bacteria (Legionella pneumophila, Legionella drancourtii, Candidatus'Protochlamydia amoebophila,' Rickettsia bellii, Candidatus'Amoebophilus asiaticus') and a virus (mimivirus) that multiply naturally in amoebae. The objective is to highlight the genomic traits characterizing these microorganisms and their niche by comparison with other specialized pathogens. The genome of intra-amoebal microorganisms is significantly larger than that of their relatives, contradicting the genome reduction theory mostly accepted for intracellular pathogens. This is probably due to the fact that they are not specialized and therefore maintain their genome size. Moreover, the presence of many horizontally transferred genes and mobilomes in their genomes suggests that these microorganisms acquired genetic material from their neighbors and amoebal host, thus increasing their genome size. Important features involved in gene transfer and pathogenicity were thus acquired. These characteristics suggest that amoebae constitute a gene melting pot, allowing diverse microorganisms to evolve by the same pathway characterized by gene acquisition, and then either adapt to the intra-amoebal lifestyle or create new pathogens.

中文翻译：

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对生活在变形虫中的微生物进行的基因组分析揭示了进化的熔炉。

耐变形虫的微生物表现出特定的生活方式。与异源性特殊细胞内病原体不同，它们之所以没有特殊性，是因为它们通过变形虫感染变形虫，并呈现出同门异种的同胞生活方式。在这篇综述中，我们比较了细菌（肺炎军团杆菌，嗜血军团杆菌，念珠菌'Protochlamydia amoebophila，'Rickettsia bellii'，念珠菌'Amoebophilus asiaticus'）和在变形虫中自然繁殖的病毒（mimivirus）的基因组。目的是通过与其他专门病原体进行比较，突出显示表征这些微生物及其生态位的基因组特征。猿内微生物的基因组明显大于其亲属的基因组，与细胞内病原体普遍接受的基因组减少理论相矛盾。这可能是由于它们不是专门的，因此可以维持其基因组大小。而且，在其基因组中存在许多水平转移的基因和运动组，这表明这些微生物从其邻居和变形虫宿主获得遗传物质，从而增加了它们的基因组大小。因此获得了涉及基因转移和致病性的重要特征。这些特征表明，变形虫构成了一个基因熔炉，使各种微生物可以通过以基因获取为特征的同一途径进化，然后适应于山羊体内的生活方式或产生新的病原体。这可能是由于它们不是专门的，因此可以维持其基因组大小。而且，在其基因组中存在许多水平转移的基因和运动组，这表明这些微生物从其邻居和变形虫宿主获得遗传物质，从而增加了它们的基因组大小。因此获得了涉及基因转移和致病性的重要特征。这些特征表明变形虫构成了一个基因熔炉，允许多种微生物通过以基因获取为特征的同一途径进化，然后适应于山羊体内的生活方式或产生新的病原体。这可能是由于它们不是专门的，因此可以维持其基因组大小。而且，在其基因组中存在许多水平转移的基因和运动组，这表明这些微生物从其邻居和变形虫宿主获得遗传物质，从而增加了它们的基因组大小。因此获得了涉及基因转移和致病性的重要特征。这些特征表明，变形虫构成了一个基因熔炉，使各种微生物可以通过以基因获取为特征的同一途径进化，然后适应于山羊体内的生活方式或产生新的病原体。基因组中存在许多水平转移的基因和运动集，这表明这些微生物从其邻居和变形虫宿主那里获取了遗传物质，从而增加了它们的基因组大小。因此获得了涉及基因转移和致病性的重要特征。这些特征表明，变形虫构成了一个基因熔炉，使各种微生物可以通过以基因获取为特征的同一途径进化，然后适应于山羊体内的生活方式或产生新的病原体。基因组中存在许多水平转移的基因和运动集，这表明这些微生物从邻居和变形虫宿主那里获取了遗传物质，从而增加了基因组的大小。因此获得了涉及基因转移和致病性的重要特征。这些特征表明，变形虫构成了一个基因熔炉，使各种微生物可以通过以基因获取为特征的同一途径进化，然后适应于山羊体内的生活方式或产生新的病原体。