Viruses with the morphological and biochemical characteristics of the family Paramyxoviridae (paramyxoviruses) have been isolated from adult salmon returning to rivers along the Pacific coast of North America since 1982. These Pacific salmon paramyxoviruses (PSPV), which have mainly been isolated from Chinook salmon Oncorhynchus tshawytscha, grow slowly in established fish cell lines and have not been associated with disease. Genetic analysis of a 505-base-pair region of the polymerase gene from 47 PSPV isolates produced 17 nucleotide sequence types that could be grouped into two major sublineages, designated A and B. The two independently co-circulating sublineages differed by 12.1-13.9% at the nucleotide level but by only 1.2% at the amino acid level. Isolates of PSPV from adult Pacific salmon returning to rivers from Alaska to California over a 25-year period showed little evidence of geographic or temporal grouping. Phylogenetic analyses revealed that these paramyxoviruses of Pacific salmon were most closely related to the Atlantic salmon paramyxovirus (ASPV) from Norway, having a maximum nucleotide diversity of 26.1% and an amino acid diversity of 19.0%. When compared with homologous sequences of other paramyxoviruses, PSPV and ASPV were sufficiently distinct to suggest that they are not clearly members of any of the established genera in the family Paramyxoviridae. In the course of this study, a polymerase chain reaction assay was developed that can be used for confirmatory identification of PSPV.

中文翻译：

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太平洋鲑鱼副粘病毒分离株的遗传分析揭示了两个独立的共同循环谱系

自 1982 年以来，已从返回北美太平洋沿岸河流的成年鲑鱼中分离到具有副粘病毒科 (paramyxoviruses) 形态和生化特征的病毒。 这些太平洋鲑鱼副粘病毒 (PSPV) 主要从奇努克鲑鱼 Oncorhynchus 中分离tshawytscha 在已建立的鱼细胞系中生长缓慢，并且与疾病无关。对来自 47 个 PSPV 分离株的聚合酶基因的 505 个碱基对区域的遗传分析产生了 17 种核苷酸序列类型，这些序列类型可以分为两个主要亚系，命名为 A 和 B。两个独立的共同循环亚系相差 12.1-13.9%在核苷酸水平上，但在氨基酸水平上只有 1.2%。在 25 年的时间里，从阿拉斯加到加利福尼亚的河流中返回的成年太平洋鲑鱼的 PSPV 分离株几乎没有显示出地理或时间分组的证据。系统发育分析表明，太平洋鲑鱼的这些副粘病毒与来自挪威的大西洋鲑副粘病毒 (ASPV) 的亲缘关系最密切，最大核苷酸多样性为 26.1%，氨基酸多样性为 19.0%。与其他副粘病毒的同源序列相比，PSPV 和 ASPV 明显不同，表明它们不是副粘病毒科任何已建立属的明确成员。在本研究过程中，开发了一种聚合酶链反应测定法，可用于确认性鉴定 PSPV。系统发育分析表明，太平洋鲑鱼的这些副粘病毒与来自挪威的大西洋鲑副粘病毒 (ASPV) 的亲缘关系最密切，最大核苷酸多样性为 26.1%，氨基酸多样性为 19.0%。与其他副粘病毒的同源序列相比，PSPV 和 ASPV 明显不同，表明它们不是副粘病毒科任何已建立属的明确成员。在本研究过程中，开发了一种聚合酶链反应测定法，可用于确认性鉴定 PSPV。系统发育分析表明，太平洋鲑鱼的这些副粘病毒与来自挪威的大西洋鲑副粘病毒 (ASPV) 的亲缘关系最密切，最大核苷酸多样性为 26.1%，氨基酸多样性为 19.0%。与其他副粘病毒的同源序列相比，PSPV 和 ASPV 明显不同，表明它们不是副粘病毒科任何已建立属的明确成员。在本研究过程中，开发了一种聚合酶链反应测定法，可用于确认性鉴定 PSPV。与其他副粘病毒的同源序列相比，PSPV 和 ASPV 明显不同，表明它们不是副粘病毒科任何已建立属的明确成员。在本研究过程中，开发了一种聚合酶链反应测定法，可用于确认性鉴定 PSPV。与其他副粘病毒的同源序列相比，PSPV 和 ASPV 明显不同，表明它们不是副粘病毒科任何已建立属的明确成员。在本研究过程中，开发了一种聚合酶链反应测定法，可用于确认性鉴定 PSPV。