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The Modified Gap Excess Ratio (GER*) and the Stratigraphic Congruence of Dinosaur Phylogenies
Systematic Biology ( IF 6.1 ) Pub Date : 2008-12-01 , DOI: 10.1080/10635150802570809
Matthew A Wills 1 , Paul M Barrett , Julia F Heathcote
Affiliation  

Palaeontologists routinely map their cladograms onto what is known of the fossil record. Where sister taxa first appear as fossils at different times, a ghost range is inferred to bridge the gap between these dates. Some measure of the total extent of ghost ranges across the tree underlies several indices of cladistic/stratigraphic congruence. We investigate this congruence for 19 independent, published cladograms of major dinosaur groups and report exceptional agreement between the phylogenetic and stratigraphic patterns, evidenced by sums of ghost ranges near the theoretical minima. This implies that both phylogenetic and stratigraphic data reflect faithfully the evolutionary history of dinosaurs, at least for the taxa included in this study. We formally propose modifications to an existing index of congruence (the gap excess ratio; GER), designed to remove a bias in the range of values possible with trees of different shapes. We also propose a more informative index of congruence--GER*--that takes account of the underlying distribution of sums of ghost ranges possible when permuting stratigraphic range data across the tree. Finally, we incorporate data on the range of possible first occurrence dates into our estimates of congruence, extending a procedure originally implemented with the modified Manhattan stratigraphic measure and GER to our new indices. Most dinosaur data sets maintain extremely high congruence despite such modifications.

中文翻译:

修正的间隙超量比 (GER*) 和恐龙系统发育的地层一致性

古生物学家经常将他们的分支图绘制到已知的化石记录上。姊妹类群在不同时间首次以化石形式出现的地方,推断出一个幽灵范围来弥合这些日期之间的差距。树上重影范围总范围的一些测量是几个分支/地层一致性指数的基础。我们调查了 19 个独立的、已发表的主要恐龙群的进化枝图的一致性,并报告了系统发育和地层模式之间的异常一致,这由理论最小值附近的鬼范围总和证明。这意味着系统发育和地层数据都忠实地反映了恐龙的进化历史,至少对于本研究中包含的分类群而言。我们正式提议修改现有的一致性指数(差距超额比率;GER),旨在消除不同形状树可能的值范围内的偏差。我们还提出了一个更具信息性的一致性指数——GER*——它考虑了在树上排列地层范围数据时可能的重影范围总和的潜在分布。最后,我们将可能首次出现日期范围的数据纳入我们的一致性估计中,将最初使用修改后的曼哈顿地层测量和 GER 实施的程序扩展到我们的新指数。尽管有这样的修改,大多数恐龙数据集仍保持极高的一致性。我们还提出了一个更具信息性的一致性指数——GER*——它考虑了在树上排列地层范围数据时可能的重影范围总和的潜在分布。最后,我们将可能首次出现日期范围的数据纳入我们的一致性估计中,将最初使用修改后的曼哈顿地层测量和 GER 实施的程序扩展到我们的新指数。尽管有这样的修改,大多数恐龙数据集仍保持极高的一致性。我们还提出了一个更具信息性的一致性指数——GER*——它考虑了在树上排列地层范围数据时可能的重影范围总和的潜在分布。最后,我们将可能首次出现日期范围的数据纳入我们的一致性估计中,将最初使用修改后的曼哈顿地层测量和 GER 实施的程序扩展到我们的新指数。尽管有这样的修改,大多数恐龙数据集仍保持极高的一致性。
更新日期:2008-12-01
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