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Laboratory information management system for membrane protein structure initiative--from gene to crystal.
Molecular Membrane Biology Pub Date : 2008-11-11 , DOI: 10.1080/09687680802511766
Petr V Troshin 1 , Chris Morris , Stephen M Prince , Miroslav Z Papiz
Affiliation  

Membrane Protein Structure Initiative (MPSI) exploits laboratory competencies to work collaboratively and distribute work among the different sites. This is possible as protein structure determination requires a series of steps, starting with target selection, through cloning, expression, purification, crystallization and finally structure determination. Distributed sites create a unique set of challenges for integrating and passing on information on the progress of targets. This role is played by the Protein Information Management System (PIMS), which is a laboratory information management system (LIMS), serving as a hub for MPSI, allowing collaborative structural proteomics to be carried out in a distributed fashion. It holds key information on the progress of cloning, expression, purification and crystallization of proteins. PIMS is employed to track the status of protein targets and to manage constructs, primers, experiments, protocols, sample locations and their detailed histories: thus playing a key role in MPSI data exchange. It also serves as the centre of a federation of interoperable information resources such as local laboratory information systems and international archival resources, like PDB or NCBI. During the challenging task of PIMS integration, within the MPSI, we discovered a number of prerequisites for successful PIMS integration. In this article we share our experiences and provide invaluable insights into the process of LIMS adaptation. This information should be of interest to partners who are thinking about using LIMS as a data centre for their collaborative efforts.

中文翻译:

用于膜蛋白结构主动性的实验室信息管理系统-从基因到晶体。

膜蛋白结构计划(MPSI)利用实验室能力进行协作,并在不同地点之间分配工作。这是可能的,因为蛋白质结构确定需要一系列步骤,从目标选择开始,通过克隆,表达,纯化,结晶以及最终结构确定。分布式站点在集成和传递有关目标进度的信息时会遇到一系列独特的挑战。蛋白质信息管理系统(PIMS)是实验室信息管理系统(LIMS),它是MPSI的枢纽,可以通过分布式方式进行协作结构蛋白质组学,从而发挥这一作用。它包含有关蛋白质的克隆,表达,纯化和结晶进展的关键信息。PIMS用于跟踪蛋白质靶标的状态并管理构建体,引物,实验,方案,样品位置及其详细历史记录:从而在MPSI数据交换中发挥关键作用。它也是可互操作信息资源(例如本地实验室信息系统)和国际档案资源(例如PDB或NCBI)联合的中心。在MPSI内完成PIMS集成的艰巨任务期间,我们发现了成功进行PIMS集成的许多先决条件。在本文中,我们分享我们的经验,并提供有关LIMS适应过程的宝贵见解。对于正在考虑将LIMS作为数据中心进行合作的合作伙伴,此信息应该是感兴趣的。实验,协议,样品位置及其详细历史记录:因此在MPSI数据交换中起着关键作用。它也是可互操作信息资源(例如本地实验室信息系统)和国际档案资源(例如PDB或NCBI)联合的中心。在MPSI内完成PIMS集成的艰巨任务期间,我们发现了成功进行PIMS集成的许多先决条件。在本文中,我们分享我们的经验,并提供有关LIMS适应过程的宝贵见解。对于正在考虑将LIMS作为数据中心进行合作的合作伙伴,此信息应该是感兴趣的。实验,协议,样品位置及其详细历史记录:因此在MPSI数据交换中起着关键作用。它也是可互操作信息资源(例如本地实验室信息系统)和国际档案资源(例如PDB或NCBI)联合的中心。在MPSI内完成PIMS集成的艰巨任务期间,我们发现了成功进行PIMS集成的许多先决条件。在本文中,我们分享我们的经验,并提供有关LIMS适应过程的宝贵见解。对于正在考虑将LIMS作为数据中心进行合作的合作伙伴,此信息应该是感兴趣的。它也是可互操作信息资源(例如本地实验室信息系统)和国际档案资源(例如PDB或NCBI)联合的中心。在MPSI内完成PIMS集成的艰巨任务期间,我们发现了成功进行PIMS集成的许多先决条件。在本文中,我们分享我们的经验,并提供有关LIMS适应过程的宝贵见解。对于正在考虑将LIMS作为数据中心进行合作的合作伙伴,此信息应该是感兴趣的。它也是可互操作信息资源(例如本地实验室信息系统)和国际档案资源(例如PDB或NCBI)联合的中心。在MPSI内完成PIMS集成的艰巨任务期间,我们发现了成功进行PIMS集成的许多先决条件。在本文中,我们分享我们的经验,并提供有关LIMS适应过程的宝贵见解。对于正在考虑将LIMS作为数据中心进行合作的合作伙伴,此信息应该是感兴趣的。在本文中,我们分享我们的经验,并提供有关LIMS适应过程的宝贵见解。对于正在考虑将LIMS作为数据中心进行合作的合作伙伴,此信息应该是感兴趣的。在本文中,我们分享我们的经验,并提供有关LIMS适应过程的宝贵见解。对于正在考虑将LIMS作为数据中心进行合作的合作伙伴,此信息应该是感兴趣的。
更新日期:2019-11-01
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