Cephalochordates are the basal invertebrate chordates within the phylum Chordata. They are widely used as a model system for research in evolutionary developmental biology (EvoDevo) to understand the basic patterning mechanisms for the chordate body plan and the origin of vertebrates. Recently, the genome of the cephalochordate Branchiostoma floridae was sequenced, which further brings this organism to the front for comparative genomic studies. In this paper, we report the generation of large-scale 5'- and 3'-expressed sequence tags (ESTs) from B. floridae and the complementary deoxyribonucleic acid (cDNA) resource for this species. Both 5'- and 3'-ESTs were sequenced for approximately 140,000 cDNA clones derived from five developmental stages, and the cDNA clones were subsequently grouped into independent clusters using 3'-EST sequences. We identified 21,229 cDNA clusters, and each corresponds to a unique transcript species from B. floridae. We then chose 24,020 cDNA clones representing all of these 21,229 clusters to generate the "Branchiostoma floridae Gene Collection Release 1." We also constructed a database with a searchable interface for this EST dataset and the related information on "Branchiostoma floridae Gene Collection Release 1." This set of cDNA clones along with our cDNA database will serve as an important resource for future research in this basal chordate. This Gene Collection and the original 140,000 individual cDNA clones are available to the research community upon request.

中文翻译：

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头脊索动物 amphioxus Branchiostoma floridae 的 cDNA 资源。

头脊索动物是脊索动物门内的基础无脊椎动物脊索动物。它们被广泛用作进化发育生物学 (EvoDevo) 研究的模型系统，以了解脊索动物身体计划和脊椎动物起源的基本模式机制。最近，对头脊索动物佛罗里达分支口虫的基因组进行了测序，这进一步将这种生物带到了比较基因组研究的前沿。在本文中，我们报告了从 B. floridae 和该物种的互补脱氧核糖核酸 (cDNA) 资源中生成大规模 5' 和 3' 表达的序列标签 (EST)。对来自五个发育阶段的大约 140,000 个 cDNA 克隆的 5'-和 3'-EST 进行测序，随后使用 3' -EST 序列。我们鉴定了 21,229 个 cDNA 簇，每个簇对应于来自 B. floridae 的独特转录物种类。然后，我们选择了代表所有这 21,229 个簇的 24,020 个 cDNA 克隆，以生成“佛罗里达分支口虫基因收集第 1 版”。我们还为这个 EST 数据集和“Branchiostoma floridae Gene Collection Release 1”的相关信息构建了一个带有可搜索界面的数据库。这组 cDNA 克隆以及我们的 cDNA 数据库将作为该基底脊索动物未来研究的重要资源。该基因集和最初的 140,000 个单独的 cDNA 克隆可应要求提供给研究界。代表所有这 21,229 个簇的 020 个 cDNA 克隆，以生成“佛罗里达分支口虫基因收集第 1 版”。我们还为这个 EST 数据集和“Branchiostoma floridae Gene Collection Release 1”的相关信息构建了一个带有可搜索界面的数据库。这组 cDNA 克隆以及我们的 cDNA 数据库将作为该基底脊索动物未来研究的重要资源。该基因集和最初的 140,000 个单独的 cDNA 克隆可应要求提供给研究界。代表所有这 21,229 个簇的 020 个 cDNA 克隆，以生成“佛罗里达分支口虫基因收集第 1 版”。我们还为这个 EST 数据集和“Branchiostoma floridae Gene Collection Release 1”的相关信息构建了一个带有可搜索界面的数据库。这组 cDNA 克隆以及我们的 cDNA 数据库将作为该基底脊索动物未来研究的重要资源。该基因集和最初的 140,000 个单独的 cDNA 克隆可应要求提供给研究界。这组 cDNA 克隆以及我们的 cDNA 数据库将作为该基底脊索动物未来研究的重要资源。该基因集和最初的 140,000 个单独的 cDNA 克隆可应要求提供给研究界。这组 cDNA 克隆以及我们的 cDNA 数据库将作为该基底脊索动物未来研究的重要资源。该基因集和最初的 140,000 个单独的 cDNA 克隆可应要求提供给研究界。