There is a long history for the bioorganic and biomedical use of N-methyl-pyrrole-derived polyamides (PAs) that are higher homologs of natural products such as distamycin A and netropsin. This work has been pursued by many groups, with the Dervan and Sugiyama groups responsible for many breakthroughs. We have studied PAs since about 1999, partly in industry and partly in academia. Early in this program, we reported methods to control cellular uptake of polyamides in cancer cell lines and other cells likely to have multidrug resistance efflux pumps induced. We went on to discover antiviral polyamides active against HPV31, where SAR showed that a minimum binding size of about 10 bp of DNA was necessary for activity. Subsequently we discovered polyamides active against two additional high-risk HPVs, HPV16 and 18, a subset of which showed broad spectrum activity against HPV16, 18 and 31. Aspects of our results presented here are incompatible with reported DNA recognition rules. For example, molecules with the same cognate DNA recognition properties varied from active to inactive against HPVs. We have since pursued the mechanism of action of antiviral polyamides, and polyamides in general, with collaborators at NanoVir, the University of Missouri-St. Louis, and Georgia State University. We describe dramatic consequences of β-alanine positioning even in relatively small, 8-ring polyamides; these results contrast sharply with prior reports. This paper was originally presented by JKB as a Keynote Lecture in the 2nd International Conference on Medicinal Chemistry and Computer Aided Drug Design Conference in Las Vegas, NV, October 2013.

中文翻译：

---

DNA 结合聚酰胺和 DNA 识别在其用作基因特异性和抗病毒剂方面的重要性。

N-甲基吡咯衍生的聚酰胺 (PA) 是天然产物（如去他霉素 A 和 netropsin）的高级同源物，其生物有机和生物医学用途有着悠久的历史。许多团队都在从事这项工作，Dervan 和 Sugiyama 团队负责许多突破。我们从 1999 年左右开始研究 PA，部分是在工业界，部分是在学术界。在该计划的早期，我们报告了控制癌细胞系和其他可能诱导多药耐药性外排泵的细胞中聚酰胺的细胞摄取的方法。我们继续发现对 HPV31 有活性的抗病毒聚酰胺，其中 SAR 显示，活性需要最小约 10 bp 的 DNA 结合大小。随后，我们发现聚酰胺对另外两种高危 HPV HPV16 和 18 具有活性，其中一个子集显示出针对 HPV16、18 和 31 的广谱活性。我们在此提供的结果的各个方面与报告的 DNA 识别规则不符。例如，具有相同同源 DNA 识别特性的分子对 HPV 的作用从有活性到无活性不等。从那以后，我们与密苏里大学圣路易斯分校 NanoVir 的合作者一起研究了抗病毒聚酰胺和一般聚酰胺的作用机制。路易斯和佐治亚州立大学。我们描述了即使在相对较小的 8 环聚酰胺中 β-丙氨酸定位的戏剧性后果；这些结果与先前的报告形成鲜明对比。本文最初由 JKB 作为主旨演讲在 2013 年 10 月在内华达州拉斯维加斯举行的第二届国际药物化学和计算机辅助药物设计会议上发表。18 和 31。我们在此提供的结果的各个方面与报告的 DNA 识别规则不符。例如，具有相同同源 DNA 识别特性的分子对 HPV 的作用从有活性到无活性不等。从那以后，我们与密苏里大学圣路易斯分校 NanoVir 的合作者一起研究了抗病毒聚酰胺和一般聚酰胺的作用机制。路易斯和佐治亚州立大学。我们描述了即使在相对较小的 8 环聚酰胺中 β-丙氨酸定位的戏剧性后果；这些结果与先前的报告形成鲜明对比。本文最初由 JKB 作为主旨演讲在 2013 年 10 月在内华达州拉斯维加斯举行的第二届国际药物化学和计算机辅助药物设计会议上发表。18 和 31。我们在此提供的结果的各个方面与报告的 DNA 识别规则不符。例如，具有相同同源 DNA 识别特性的分子对 HPV 的作用从有活性到无活性不等。从那以后，我们与密苏里大学圣路易斯分校 NanoVir 的合作者一起研究了抗病毒聚酰胺和一般聚酰胺的作用机制。路易斯和佐治亚州立大学。我们描述了即使在相对较小的 8 环聚酰胺中 β-丙氨酸定位的戏剧性后果；这些结果与先前的报告形成鲜明对比。本文最初由 JKB 作为主旨演讲在 2013 年 10 月在内华达州拉斯维加斯举行的第二届国际药物化学和计算机辅助药物设计会议上发表。我们这里介绍的结果的各个方面与报告的 DNA 识别规则不符。例如，具有相同同源 DNA 识别特性的分子对 HPV 的作用从有活性到无活性不等。从那以后，我们与密苏里大学圣路易斯分校 NanoVir 的合作者一起研究了抗病毒聚酰胺和一般聚酰胺的作用机制。路易斯和佐治亚州立大学。我们描述了即使在相对较小的 8 环聚酰胺中 β-丙氨酸定位的戏剧性后果；这些结果与先前的报告形成鲜明对比。本文最初由 JKB 作为主旨演讲在 2013 年 10 月在内华达州拉斯维加斯举行的第二届国际药物化学和计算机辅助药物设计会议上发表。我们这里介绍的结果的各个方面与报告的 DNA 识别规则不符。例如，具有相同同源 DNA 识别特性的分子对 HPV 的作用从有活性到无活性不等。从那以后，我们与密苏里大学圣路易斯分校 NanoVir 的合作者一起研究了抗病毒聚酰胺和一般聚酰胺的作用机制。路易斯和佐治亚州立大学。我们描述了即使在相对较小的 8 环聚酰胺中 β-丙氨酸定位的戏剧性后果；这些结果与先前的报告形成鲜明对比。本文最初由 JKB 作为主旨演讲在 2013 年 10 月在内华达州拉斯维加斯举行的第二届国际药物化学和计算机辅助药物设计会议上发表。具有相同同源 DNA 识别特性的分子对 HPV 从有活性到无活性不等。从那以后，我们与密苏里大学圣路易斯分校 NanoVir 的合作者一起研究了抗病毒聚酰胺和一般聚酰胺的作用机制。路易斯和佐治亚州立大学。我们描述了即使在相对较小的 8 环聚酰胺中 β-丙氨酸定位的戏剧性后果；这些结果与先前的报告形成鲜明对比。本文最初由 JKB 作为主旨演讲在 2013 年 10 月在内华达州拉斯维加斯举行的第二届国际药物化学和计算机辅助药物设计会议上发表。具有相同同源 DNA 识别特性的分子对 HPV 从有活性到无活性不等。从那以后，我们与密苏里大学圣路易斯分校 NanoVir 的合作者一起研究了抗病毒聚酰胺和一般聚酰胺的作用机制。路易斯和佐治亚州立大学。我们描述了即使在相对较小的 8 环聚酰胺中 β-丙氨酸定位的戏剧性后果；这些结果与先前的报告形成鲜明对比。本文最初由 JKB 作为主旨演讲在 2013 年 10 月在内华达州拉斯维加斯举行的第二届国际药物化学和计算机辅助药物设计会议上发表。和佐治亚州立大学。我们描述了即使在相对较小的 8 环聚酰胺中 β-丙氨酸定位的戏剧性后果；这些结果与先前的报告形成鲜明对比。本文最初由 JKB 作为主旨演讲在 2013 年 10 月在内华达州拉斯维加斯举行的第二届国际药物化学和计算机辅助药物设计会议上发表。和佐治亚州立大学。我们描述了即使在相对较小的 8 环聚酰胺中 β-丙氨酸定位的戏剧性后果；这些结果与先前的报告形成鲜明对比。本文最初由 JKB 作为主旨演讲在 2013 年 10 月在内华达州拉斯维加斯举行的第二届国际药物化学和计算机辅助药物设计会议上发表。