Mutator-like transposase is the most represented transposon transcript in the sugarcane transcriptome. Phylogenetic reconstructions derived from sequenced transcripts provided evidence that at least four distinct classes exist (I–IV) and that diversification among these classes occurred early in Angiosperms, prior to the divergence of Monocots/Eudicots. The four previously described classes served as probes to select and further sequence six BAC clones from a genomic library of cultivar R570. A total of 579,352 sugarcane base pairs were produced from these “Mutator system” BAC containing regions for further characterization. The analyzed genomic regions confirmed that the predicted structure and organization of the Mutator system in sugarcane is composed of two true transposon lineages, each containing a specific terminal inverted repeat and two transposase lineages considered to be domesticated. Each Mutator transposase class displayed a particular molecular structure supporting lineage specific evolution. MUSTANG, previously described domesticated genes, are located in syntenic regions across Sacharineae and, as expected for a host functional gene, posses the same gene structure as in other Poaceae. Two sequenced BACs correspond to hom(eo)logous locus with specific retrotransposon insertions that discriminate sugarcane haplotypes. The comparative studies presented, add information to the Mutator systems previously identified in the maize and rice genomes by describing lineage specific molecular structure and genomic distribution pattern in the sugarcane genome.

中文翻译：

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从甘蔗基因组序列中分离的增变系统衍生物。

Mutator 样转座酶是甘蔗转录组中最具代表性的转座子转录本。源自测序转录本的系统发育重建提供了证据，表明至少存在四个不同的类别（I-IV），并且这些类别之间的多样化发生在被子植物早期，在单子叶植物/双子叶植物分化之前。前面描述的四个类别用作探针，从栽培品种 R570 的基因组文库中选择和进一步测序六个 BAC 克隆。总共 579,352 个甘蔗碱基对从这些含有“突变体系统”BAC 的区域产生，用于进一步表征。分析的基因组区域证实，甘蔗中 Mutator 系统的预测结构和组织由两个真正的转座子谱系组成，每个都包含一个特定的末端反向重复序列和两个被认为是驯化的转座酶谱系。每个 Mutator 转座酶类都显示出支持谱系特定进化的特定分子结构。MUSTANG，先前描述的驯化基因，位于糖精科的同线区域，并且正如宿主功能基因所预期的那样，具有与其他禾本科植物相同的基因结构。两个测序的 BAC 对应于同源 (eo) 同源基因座，具有区分甘蔗单倍型的特定逆转录转座子插入。通过描述甘蔗基因组中谱系特定的分子结构和基因组分布模式，比较研究为先前在玉米和水稻基因组中鉴定的 Mutator 系统添加了信息。每个 Mutator 转座酶类都显示出支持谱系特定进化的特定分子结构。MUSTANG，先前描述的驯化基因，位于糖精科的同线区域，并且正如宿主功能基因所预期的那样，具有与其他禾本科植物相同的基因结构。两个测序的 BAC 对应于同源 (eo) 同源基因座，具有区分甘蔗单倍型的特定逆转录转座子插入。通过描述甘蔗基因组中谱系特定的分子结构和基因组分布模式，比较研究为先前在玉米和水稻基因组中鉴定的 Mutator 系统添加了信息。每个 Mutator 转座酶类都显示出支持谱系特定进化的特定分子结构。MUSTANG，先前描述的驯化基因，位于糖精科的同线区域，并且正如宿主功能基因所预期的那样，具有与其他禾本科植物相同的基因结构。两个测序的 BAC 对应于同源 (eo) 同源基因座，具有区分甘蔗单倍型的特定逆转录转座子插入。通过描述甘蔗基因组中谱系特定的分子结构和基因组分布模式，比较研究为先前在玉米和水稻基因组中鉴定的 Mutator 系统添加了信息。位于糖精科的同线区域，正如对宿主功能基因所预期的那样，具有与其他禾本科植物相同的基因结构。两个测序的 BAC 对应于同源 (eo) 同源基因座，具有区分甘蔗单倍型的特定逆转录转座子插入。通过描述甘蔗基因组中谱系特定的分子结构和基因组分布模式，比较研究为先前在玉米和水稻基因组中鉴定的 Mutator 系统添加了信息。位于糖精科的同线区域，正如对宿主功能基因所预期的那样，具有与其他禾本科植物相同的基因结构。两个测序的 BAC 对应于同源 (eo) 同源基因座，具有区分甘蔗单倍型的特定逆转录转座子插入。通过描述甘蔗基因组中谱系特定的分子结构和基因组分布模式，比较研究为先前在玉米和水稻基因组中鉴定的 Mutator 系统添加了信息。