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Name-calling in the hippocampus (and beyond): coming to terms with neuron types and properties.
Brain Informatics Pub Date : 2016-10-18 , DOI: 10.1007/s40708-016-0053-3
D J Hamilton 1 , D W Wheeler 1 , C M White 1 , C L Rees 1 , A O Komendantov 1 , M Bergamino 1, 2 , G A Ascoli 1
Affiliation  

Widely spread naming inconsistencies in neuroscience pose a vexing obstacle to effective communication within and across areas of expertise. This problem is particularly acute when identifying neuron types and their properties. Hippocampome.org is a web-accessible neuroinformatics resource that organizes existing data about essential properties of all known neuron types in the rodent hippocampal formation. Hippocampome.org links evidence supporting the assignment of a property to a type with direct pointers to quotes and figures. Mining this knowledge from peer-reviewed reports reveals the troubling extent of terminological ambiguity and undefined terms. Examples span simple cases of using multiple synonyms and acronyms for the same molecular biomarkers (or other property) to more complex cases of neuronal naming. New publications often use different terms without mapping them to previous terms. As a result, neurons of the same type are assigned disparate names, while neurons of different types are bestowed the same name. Furthermore, non-unique properties are frequently used as names, and several neuron types are not named at all. In order to alleviate this nomenclature confusion regarding hippocampal neuron types and properties, we introduce a new functionality of Hippocampome.org: a fully searchable, curated catalog of human and machine-readable definitions, each linked to the corresponding neuron and property terms. Furthermore, we extend our robust approach to providing each neuron type with an informative name and unique identifier by mapping all encountered synonyms and homonyms.

中文翻译:

海马(及其他)的命名:涉及神经元类型和属性。

神经科学中广泛分布的命名矛盾为在专业领域内和跨专业领域的有效交流构成了极为艰巨的障碍。当确定神经元类型及其特性时,这个问题尤为严重。Hippocampome.org是可通过网络访问的神经信息资源,它组织有关啮齿动物海马形成中所有已知神经元类型的基本属性的现有数据。Hippocampome.org链接的证据支持将属性分配给带有直接引号和数字的指针的类型。从经过同行评审的报告中挖掘这些知识,揭示了术语歧义和未定义术语的令人不安的程度。示例涵盖了对相同的分子生物标记(或其他属性)使用多个同义词和首字母缩写词的简单情况,到神经元命名的更复杂情况。新出版物经常使用不同的术语,而不将它们映射到以前的术语。结果,相同类型的神经元被分配了不同的名称,而不同类型的神经元被赋予了相同的名称。此外,非唯一属性经常被用作名称,而几种神经元类型根本没有被命名。为了减轻这种关于海马神经元类型和属性的命名法上的混淆,我们引入了Hippocampome.org的新功能:完全可搜索的,经过整理的人类和机器可读定义的目录,每个目录都与相应的神经元和属性术语相关联。此外,我们通过映射所有遇到的同义词和同音异义词,扩展了我们强大的方法,为每种神经元类型提供了信息丰富的名称和唯一的标识符。相同类型的神经元被分配了不同的名称,而不同类型的神经元被赋予了相同的名称。此外,非唯一属性经常被用作名称,而几种神经元类型根本没有被命名。为了减轻这种关于海马神经元类型和属性的命名法上的混淆,我们引入了Hippocampome.org的新功能:完全可搜索的,经过整理的人类和机器可读定义的目录,每个目录都与相应的神经元和属性术语相关联。此外,我们通过映射所有遇到的同义词和同音异义词,扩展了我们强大的方法,为每种神经元类型提供了信息丰富的名称和唯一的标识符。相同类型的神经元被分配了不同的名称,而不同类型的神经元被赋予了相同的名称。此外,非唯一属性经常被用作名称,而几种神经元类型根本没有被命名。为了减轻这种关于海马神经元类型和属性的命名法上的混淆,我们引入了Hippocampome.org的新功能:完全可搜索的,经过整理的人类和机器可读定义的目录,每个目录都与相应的神经元和属性术语相关联。此外,我们通过映射所有遇到的同义词和同音异义词,扩展了我们强大的方法,为每种神经元类型提供了信息丰富的名称和唯一的标识符。非唯一属性经常被用作名称,而几种神经元类型根本没有被命名。为了减轻这种关于海马神经元类型和属性的命名法上的混淆,我们引入了Hippocampome.org的新功能:完全可搜索的,经过整理的人类和机器可读定义的目录,每个目录都与相应的神经元和属性术语相关联。此外,我们通过映射所有遇到的同义词和同音异义词,扩展了我们强大的方法,为每种神经元类型提供了信息丰富的名称和唯一的标识符。非唯一属性经常被用作名称,而几种神经元类型根本没有被命名。为了减轻这种关于海马神经元类型和属性的命名法上的混淆,我们引入了Hippocampome.org的新功能:完全可搜索的,经过整理的人类和机器可读定义的目录,每个目录都与相应的神经元和属性术语相关联。此外,我们通过映射所有遇到的同义词和同音异义词,扩展了我们强大的方法,为每种神经元类型提供了信息丰富的名称和唯一的标识符。每个链接到相应的神经元和属性项。此外,我们通过映射所有遇到的同义词和同音异义词,扩展了我们强大的方法,为每种神经元类型提供了信息丰富的名称和唯一的标识符。每个链接到相应的神经元和属性项。此外,我们通过映射所有遇到的同义词和同音异义词,扩展了我们强大的方法,为每种神经元类型提供了信息丰富的名称和唯一的标识符。
更新日期:2019-11-01
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