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pySBOL: A Python Package for Genetic Design Automation and Standardization.
ACS Synthetic Biology ( IF 3.7 ) Pub Date : 2018-12-06 , DOI: 10.1021/acssynbio.8b00336 Bryan A Bartley 1 , Kiri Choi 2 , Meher Samineni 3 , Zach Zundel 3 , Tramy Nguyen 3 , Chris J Myers 3 , Herbert M Sauro 2
ACS Synthetic Biology ( IF 3.7 ) Pub Date : 2018-12-06 , DOI: 10.1021/acssynbio.8b00336 Bryan A Bartley 1 , Kiri Choi 2 , Meher Samineni 3 , Zach Zundel 3 , Tramy Nguyen 3 , Chris J Myers 3 , Herbert M Sauro 2
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This paper presents pySBOL, a software library for computer-aided design of synthetic biological systems in the Python scripting language. This library provides an easy-to-use, object-oriented, application programming interface (API) with low barrier of entry for synthetic biology application developers. The pySBOL library enables reuse of genetic parts and designs through standardized data exchange with biological parts repositories and software tools that communicate using the Synthetic Biology Open Language (SBOL). In addition, pySBOL supports data management of design-build-test-learn workflows for individual laboratories as well as large, distributed teams of synthetic biologists. PySBOL also lets users add custom data to SBOL files to support the specific data requirements of their research. This extensibility helps users integrate software tool chains and develop workflows for new applications. These features and others make the pySBOL library a valuable tool for supporting engineering practices in synthetic biology. Documentation and installation instructions can be found at pysbol2.readthedocs.io .
中文翻译：
pySBOL：用于基因设计自动化和标准化的Python软件包。
本文介绍了pySBOL，这是一个用于使用Python脚本语言对合成生物系统进行计算机辅助设计的软件库。该库为合成生物学应用程序开发人员提供了易于使用的，面向对象的应用程序编程接口（API），且入门门槛低。pySBOL库通过与生物零件存储库和使用合成生物学开放语言（SBOL）进行通信的软件工具的标准化数据交换，实现了基因零件和设计的重用。此外，pySBOL还支持单个实验室以及大型分布式合成生物学家团队的设计-构建-测试-学习-学习流程的数据管理。PySBOL还允许用户将自定义数据添加到SBOL文件中，以支持其研究的特定数据要求。这种可扩展性有助于用户集成软件工具链并开发新应用程序的工作流程。这些功能和其他功能使pySBOL库成为支持合成生物学中的工程实践的有价值的工具。文档和安装说明可在pysbol2.readthedocs.io上找到。
更新日期：2018-11-13
中文翻译：
pySBOL：用于基因设计自动化和标准化的Python软件包。
本文介绍了pySBOL，这是一个用于使用Python脚本语言对合成生物系统进行计算机辅助设计的软件库。该库为合成生物学应用程序开发人员提供了易于使用的，面向对象的应用程序编程接口（API），且入门门槛低。pySBOL库通过与生物零件存储库和使用合成生物学开放语言（SBOL）进行通信的软件工具的标准化数据交换，实现了基因零件和设计的重用。此外，pySBOL还支持单个实验室以及大型分布式合成生物学家团队的设计-构建-测试-学习-学习流程的数据管理。PySBOL还允许用户将自定义数据添加到SBOL文件中，以支持其研究的特定数据要求。这种可扩展性有助于用户集成软件工具链并开发新应用程序的工作流程。这些功能和其他功能使pySBOL库成为支持合成生物学中的工程实践的有价值的工具。文档和安装说明可在pysbol2.readthedocs.io上找到。
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