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Global Identification of Post-Translationally Spliced Peptides with Neo-Fusion.
Journal of Proteome Research ( IF 3.8 ) Pub Date : 2018-10-31 , DOI: 10.1021/acs.jproteome.8b00651 Zach Rolfs 1 , Stefan K Solntsev 1 , Michael R Shortreed 1 , Brian L Frey 1 , Lloyd M Smith 1
Journal of Proteome Research ( IF 3.8 ) Pub Date : 2018-10-31 , DOI: 10.1021/acs.jproteome.8b00651 Zach Rolfs 1 , Stefan K Solntsev 1 , Michael R Shortreed 1 , Brian L Frey 1 , Lloyd M Smith 1
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Post-translationally spliced peptides have recently garnered significant interest as potential targets for cancer immunotherapy and as contributors to autoimmune diseases such as type 1 diabetes, yet feasible identification methods for spliced peptides have yet to be developed. Here we present Neo-Fusion, a search program for discovering spliced peptides in tandem mass spectrometry data. Neo-Fusion utilizes two separated ion database searches to identify the two halves of each spliced peptide, and then it infers the full spliced sequence. This strategy allows for the identification of spliced peptides without peptide length constraints, providing a broadly applicable tool suitable for identification of spliced peptides in a variety of systems, such as the HLA-I and HLA-II immunopeptidomes and in vitro digested protein samples obtained from organelles, cells, or tissues of interest. Using simulated spliced peptides to benchmark Neo-Fusion, 25% of all simulated spliced peptides were identified at a measured false-discovery rate of 5% for HLA-I. Neo-Fusion provides the research community with a powerful new tool to aid in the study of the prevalence and biological significance of post-translationally spliced peptides.
中文翻译：
具有新融合的翻译后剪接肽的全球鉴定。
最近，翻译后剪接的肽作为癌症免疫疗法的潜在靶标和自身免疫疾病例如1型糖尿病的贡献者，引起了人们的极大兴趣，但是尚未开发出可行的剪接肽的鉴定方法。在这里，我们介绍了Neo-Fusion，这是一种用于在串联质谱数据中发现拼接肽的搜索程序。Neo-Fusion利用两个分离的离子数据库搜索来识别每个剪接肽段的两半，然后推断出完整的剪接序列。这种策略可以在没有肽段长度限制的情况下鉴定剪接的肽段，从而提供了广泛适用的工具，适用于在各种系统中鉴定剪接的肽段，例如HLA-I和HLA-II免疫肽基以及从目的细胞器，细胞或组织获得的体外消化的蛋白质样品。使用模拟的剪接肽来对Neo-Fusion进行基准测试，在HLA-1的检测到的错误发现率为5％的情况下，鉴定了所有模拟剪接的肽中的25％。Neo-Fusion为研究社区提供了一个强大的新工具，可帮助研究翻译后剪接肽的普遍性和生物学意义。
更新日期：2018-11-02
中文翻译：
具有新融合的翻译后剪接肽的全球鉴定。
最近，翻译后剪接的肽作为癌症免疫疗法的潜在靶标和自身免疫疾病例如1型糖尿病的贡献者，引起了人们的极大兴趣，但是尚未开发出可行的剪接肽的鉴定方法。在这里，我们介绍了Neo-Fusion，这是一种用于在串联质谱数据中发现拼接肽的搜索程序。Neo-Fusion利用两个分离的离子数据库搜索来识别每个剪接肽段的两半，然后推断出完整的剪接序列。这种策略可以在没有肽段长度限制的情况下鉴定剪接的肽段，从而提供了广泛适用的工具，适用于在各种系统中鉴定剪接的肽段，例如HLA-I和HLA-II免疫肽基以及从目的细胞器，细胞或组织获得的体外消化的蛋白质样品。使用模拟的剪接肽来对Neo-Fusion进行基准测试，在HLA-1的检测到的错误发现率为5％的情况下，鉴定了所有模拟剪接的肽中的25％。Neo-Fusion为研究社区提供了一个强大的新工具，可帮助研究翻译后剪接肽的普遍性和生物学意义。
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