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Visual Detection of Amplified DNA by PCR using a Genetic Alpha-bet Expansion System
Journal of the American Chemical Society ( IF 14.4 ) Pub Date : 2018-10-15 , DOI: 10.1021/jacs.8b08121 Rie Yamashige 1 , Michiko Kimoto 1, 2 , Ryo Okumura 3 , Ichiro Hirao 1, 2
Journal of the American Chemical Society ( IF 14.4 ) Pub Date : 2018-10-15 , DOI: 10.1021/jacs.8b08121 Rie Yamashige 1 , Michiko Kimoto 1, 2 , Ryo Okumura 3 , Ichiro Hirao 1, 2
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Visual DNA amplification using a simple polymerase chain reaction (PCR) device is useful for field tests to detect target DNA and RNA. We hereby describe a detection system involving PCR amplification visualized with the naked eye, by genetic alphabet expansion. The system employs fluorescence resonance energy transfer (FRET) between unnatural base combinations: self-quenched dinucleotides of 2-amino-6-(2-thienyl)purine (s) as a donor and Cy3-conjugated 2-nitro-4-propynylpyrrole (Cy3-hx-Px) as an acceptor. During PCR, the triphosphate substrate of Cy3-hx-Px (Cy3-hx-dPxTP) is incorporated into DNA opposite its pairing partner, 7-(2-thienyl)-imidazo[4,5- b]pyridine (Ds), in the primer, which also contains the dinucleotides of s. Thus, the amplified DNA can be visualized by the Cy3 fluorescence resulting from the FRET between the s-dinucleotides and the incorporated Cy3-hx-Px upon 365 nm irradiation. Using this system, we demonstrated the visual single nucleotide polymorphism detection of a series of quinolone-resistant bacteria genes.
中文翻译：
使用遗传字母扩展系统通过 PCR 目视检测扩增的 DNA
使用简单的聚合酶链反应 (PCR) 设备进行可视化 DNA 扩增对于检测目标 DNA 和 RNA 的现场测试非常有用。我们在此描述了一种涉及 PCR 扩增的检测系统，通过遗传字母扩展，可以用肉眼观察。该系统在非天然碱基组合之间采用荧光共振能量转移 (FRET)：2-amino-6-(2-thienyl)purine (s) 的自淬灭二核苷酸作为供体和 Cy3 共轭的 2-nitro-4-propynylpyrrole（ Cy3-hx-Px) 作为受体。在 PCR 过程中，Cy3-hx-Px (Cy3-hx-dPxTP) 的三磷酸底物被整合到 DNA 中与其配对伙伴 7-(2-噻吩基)-咪唑并[4,5-b] 吡啶 (Ds) 相对，在引物，其中还包含 s 的二核苷酸。因此，扩增的 DNA 可以通过 s-二核苷酸和掺入的 Cy3-hx-Px 之间的 FRET 在 365 nm 照射下产生的 Cy3 荧光进行可视化。使用该系统，我们展示了一系列喹诺酮类耐药细菌基因的可视化单核苷酸多态性检测。
更新日期：2018-10-15
中文翻译：
使用遗传字母扩展系统通过 PCR 目视检测扩增的 DNA
使用简单的聚合酶链反应 (PCR) 设备进行可视化 DNA 扩增对于检测目标 DNA 和 RNA 的现场测试非常有用。我们在此描述了一种涉及 PCR 扩增的检测系统，通过遗传字母扩展，可以用肉眼观察。该系统在非天然碱基组合之间采用荧光共振能量转移 (FRET)：2-amino-6-(2-thienyl)purine (s) 的自淬灭二核苷酸作为供体和 Cy3 共轭的 2-nitro-4-propynylpyrrole（ Cy3-hx-Px) 作为受体。在 PCR 过程中，Cy3-hx-Px (Cy3-hx-dPxTP) 的三磷酸底物被整合到 DNA 中与其配对伙伴 7-(2-噻吩基)-咪唑并[4,5-b] 吡啶 (Ds) 相对，在引物，其中还包含 s 的二核苷酸。因此，扩增的 DNA 可以通过 s-二核苷酸和掺入的 Cy3-hx-Px 之间的 FRET 在 365 nm 照射下产生的 Cy3 荧光进行可视化。使用该系统，我们展示了一系列喹诺酮类耐药细菌基因的可视化单核苷酸多态性检测。
京公网安备 11010802027423号