PURPOSE Clinical exome and gene panel testing can provide molecular diagnoses for patients with rare Mendelian disorders, but for many patients these tests are nonexplanatory. We investigated whether interrogation of alternative transcripts in known disease genes could provide answers for additional patients. METHODS We integrated alternative transcripts for known neonatal epilepsy genes with RNA-Seq data to identify brain-expressed coding regions that are not evaluated by popular neonatal epilepsy clinical gene panel and exome tests. RESULTS We found brain-expressed alternative coding regions in 89 (30%) of 292 neonatal epilepsy genes. The 147 regions encompass 15,713 bases that are noncoding in the primary transcripts analyzed by the clinical tests. Alternative coding regions from at least 5 genes carry reported pathogenic variants. Three candidate variants in these regions were identified in public exome data from 337 epilepsy patients. Incorporating alternative transcripts into the analysis of neonatal epilepsy genes in 44 patient genomes identified the pathogenic variant for the epilepsy case and 2 variants of uncertain significance (VUS) among the 43 control cases. CONCLUSION Assessment of alternative transcripts in exon-based clinical genetic tests, including gene panel, exome, and genome sequencing, may provide diagnoses for patients for whom standard testing is unrevealing, without introducing many VUS.

中文翻译：

---

临床外显子组和基因组测试的陷阱：替代转录本。

目的 临床外显子组和基因组检测可为患有罕见孟德尔疾病的患者提供分子诊断，但对许多患者而言，这些检测无法解释。我们调查了询问已知疾病基因中的替代转录本是否可以为其他患者提供答案。方法 我们将已知新生儿癫痫基因的替代转录本与 RNA-Seq 数据相结合，以识别流行的新生儿癫痫临床基因组和外显子组测试未评估的脑表达编码区。结果 我们在 292 个新生儿癫痫基因中的 89 个（30%）中发现了脑表达的替代编码区。这 147 个区域包含 15,713 个碱基，这些碱基在临床测试分析的初级转录本中是非编码的。来自至少 5 个基因的替代编码区携带报告的致病变异。在来自 337 名癫痫患者的公共外显子组数据中确定了这些区域中的三个候选变体。将替代转录本纳入 44 名患者基因组中的新生儿癫痫基因分析中，确定了癫痫病例的致病变异和 43 例对照病例中的 2 种意义不确定 (VUS) 的变异。结论 在基于外显子的临床基因测试中评估替代转录本，包括基因组、外显子组和基因组测序，可以为标准测试未揭示的患者提供诊断，而无需引入许多 VUS。将替代转录本纳入 44 名患者基因组中的新生儿癫痫基因分析中，确定了癫痫病例的致病变异和 43 例对照病例中的 2 种意义不确定 (VUS) 的变异。结论 在基于外显子的临床基因测试中评估替代转录本，包括基因组、外显子组和基因组测序，可以为标准测试未揭示的患者提供诊断，而无需引入许多 VUS。将替代转录本纳入 44 名患者基因组中的新生儿癫痫基因分析中，确定了癫痫病例的致病变异和 43 例对照病例中的 2 种意义不确定 (VUS) 的变异。结论 在基于外显子的临床基因测试中评估替代转录本，包括基因组、外显子组和基因组测序，可以为标准测试未揭示的患者提供诊断，而无需引入许多 VUS。