Hybrid methods that combine quantum mechanics (QM) and molecular mechanics (MM) can be applied to studies of reaction mechanisms in locations ranging from active sites of small enzymes to multiple sites in large bioenergetic complexes. By combining the widely used molecular dynamics and visualization programs NAMD and VMD with the quantum chemistry packages ORCA and MOPAC, we created an integrated, comprehensive, customizable, and easy-to-use suite (http://www.ks.uiuc.edu/Research/qmmm). Through the QwikMD interface, setup, execution, visualization, and analysis are streamlined for all levels of expertise.

中文翻译：

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NAMD走向量子：用于混合仿真的集成套件

结合了量子力学（QM）和分子力学（MM）的混合方法可用于研究反应机理，其位置范围从小酶的活性位点到大型生物能络合物的多个位点。通过将广泛使用的分子动力学和可视化程序NAMD和VMD与量子化学软件包ORCA和MOPAC相结合，我们创建了一个集成的，全面的，可定制的，易于使用的套件（http://www.ks.uiuc.edu /研究/ qmmm）。通过QwikMD界面，可以简化针对所有专业知识水平的设置，执行，可视化和分析。