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Entropic trap purification of long DNA†
Lab on a Chip ( IF 6.1 ) Pub Date : 2018-02-16 00:00:00 , DOI: 10.1039/c7lc01355h Pranav Agrawal 1 , Zsófia Bognár , Kevin D Dorfman
Lab on a Chip ( IF 6.1 ) Pub Date : 2018-02-16 00:00:00 , DOI: 10.1039/c7lc01355h Pranav Agrawal 1 , Zsófia Bognár , Kevin D Dorfman
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Long-read genomic applications, such as genome mapping in nanochannels, require long DNA that is free of small-DNA impurities. We have developed a chip-based system based on entropic trapping that can simultaneously concentrate and purify a long DNA sample under the alternating application of an applied pressure (for sample injection) and an electric field (for filtration and concentration). In contrast, short DNA tends to pass through the filter owing to its comparatively weak entropic penalty for entering the nanoslit. The single-stage prototype developed here, which operates in a continuous pulsatile manner, achieves selectivities of up to 3.5 for λ-phage DNA (48.5 kilobase pairs) compared to a 2 kilobase pair standard based on experimental data for the fraction filtered using pure samples of each species. The device is fabricated in fused silica using standard clean-room methods, making it compatible for integration with long-read genomics technologies.
中文翻译：
长 DNA 的熵陷阱纯化†
长读长基因组应用，例如纳米通道中的基因组作图，需要不含小 DNA 杂质的长 DNA。我们开发了一种基于熵捕获的芯片系统，可以在交替施加压力（用于样品注射）和电场（用于过滤和浓缩）的情况下同时浓缩和纯化长 DNA 样品。相比之下，短 DNA 往往会通过过滤器，因为其进入纳米狭缝的熵损失相对较弱。这里开发的单级原型以连续脉冲方式运行，与基于使用纯样品过滤的级分的实验数据的 2 千碱基对标准品相比，对 λ 噬菌体 DNA（48.5 千碱基对）的选择性高达 3.5每个物种的。该设备采用标准洁净室方法在熔融石英中制造，使其能够与长读长基因组技术集成。
更新日期：2018-02-16
中文翻译：
长 DNA 的熵陷阱纯化†
长读长基因组应用，例如纳米通道中的基因组作图，需要不含小 DNA 杂质的长 DNA。我们开发了一种基于熵捕获的芯片系统，可以在交替施加压力（用于样品注射）和电场（用于过滤和浓缩）的情况下同时浓缩和纯化长 DNA 样品。相比之下，短 DNA 往往会通过过滤器，因为其进入纳米狭缝的熵损失相对较弱。这里开发的单级原型以连续脉冲方式运行，与基于使用纯样品过滤的级分的实验数据的 2 千碱基对标准品相比，对 λ 噬菌体 DNA（48.5 千碱基对）的选择性高达 3.5每个物种的。该设备采用标准洁净室方法在熔融石英中制造，使其能够与长读长基因组技术集成。
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