High expression of the transcription factor ZFX is correlated with proliferation, tumorigenesis, and patient survival in multiple types of human cancers. However, the mechanism by which ZFX influences transcriptional regulation has not been determined. We performed ChIP-seq in four cancer cell lines (representing kidney, colon, prostate, and breast cancers) to identify ZFX binding sites throughout the human genome. We identified roughly 9000 ZFX binding sites and found that most of the sites are in CpG island promoters. Moreover, genes with promoters bound by ZFX are expressed at higher levels than genes with promoters not bound by ZFX. To determine if ZFX contributes to regulation of the promoters to which it is bound, we performed RNA-seq analysis after knockdown of ZFX by siRNA in prostate and breast cancer cells. Many genes with promoters bound by ZFX were down-regulated upon ZFX knockdown, supporting the hypothesis that ZFX acts as a transcriptional activator. Surprisingly, ZFX binds at +240 bp downstream from the TSS of the responsive promoters. Using Nucleosome Occupancy and Methylome Sequencing (NOMe-seq), we show that ZFX binds between the open chromatin region at the TSS and the first downstream nucleosome, suggesting that ZFX may play a critical role in promoter architecture. We have also shown that a closely related zinc finger protein ZNF711 has a similar binding pattern at CpG island promoters, but ZNF711 may play a subordinate role to ZFX. This functional characterization of ZFX provides important new insights into transcription, chromatin structure, and the regulation of the cancer transcriptome.

转录因子ZFX的高表达与多种类型的人类癌症中的增殖，肿瘤发生和患者存活率相关。但是，尚未确定ZFX影响转录调控的机制。我们在四种癌细胞系（代表肾癌，结肠癌，前列腺癌和乳腺癌）中进行了ChIP-seq鉴定，以鉴定整个人类基因组中的ZFX结合位点。我们鉴定了大约9000个ZFX结合位点，发现大多数位点位于CpG岛启动子中。此外，具有被ZFX结合的启动子的基因以比未被ZFX结合的启动子的基因更高的水平表达。为了确定ZFX是否有助于调节与其结合的启动子，我们在siRNA敲除ZFX后在前列腺癌细胞和乳腺癌细胞中进行了RNA-seq分析。ZFX敲低后，许多带有ZFX结合的启动子的基因被下调，支持ZFX充当转录激活因子的假说。出人意料的是，ZFX在响应性启动子的TSS下游+240 bp处结合。使用核小体占据和甲基化测序（NOMe-seq），我们显示ZFX结合在TSS的开放染色质区域和第一个下游核小体之间，这表明ZFX可能在启动子结构中起关键作用。我们还显示，密切相关的锌指蛋白ZNF711在CpG岛启动子上具有相似的结合模式，但ZNF711可能对ZFX起从属作用。ZFX的这一功能特性为转录，染色质结构和癌症转录组的调控提供了重要的新见解。支持ZFX充当转录激活因子的假设。出人意料的是，ZFX在响应性启动子的TSS下游+240 bp处结合。使用核小体占据和甲基化测序（NOMe-seq），我们显示ZFX结合在TSS的开放染色质区域和第一个下游核小体之间，这表明ZFX可能在启动子结构中起关键作用。我们还显示，密切相关的锌指蛋白ZNF711在CpG岛启动子上具有相似的结合模式，但ZNF711可能对ZFX起从属作用。ZFX的这一功能特性为转录，染色质结构和癌症转录组的调控提供了重要的新见解。支持ZFX充当转录激活因子的假设。出人意料的是，ZFX在响应性启动子的TSS下游+240 bp处结合。使用核小体占据和甲基化测序（NOMe-seq），我们显示ZFX结合在TSS的开放染色质区域和第一个下游核小体之间，这表明ZFX可能在启动子结构中起关键作用。我们还显示，密切相关的锌指蛋白ZNF711在CpG岛启动子上具有相似的结合模式，但ZNF711可能对ZFX起从属作用。ZFX的这一功能特性为转录，染色质结构和癌症转录组的调控提供了重要的新见解。ZFX在响应启动子的TSS下游+240 bp处结合。使用核小体占据和甲基化测序（NOMe-seq），我们显示ZFX结合在TSS的开放染色质区域和第一个下游核小体之间，这表明ZFX可能在启动子结构中起关键作用。我们还显示，密切相关的锌指蛋白ZNF711在CpG岛启动子上具有相似的结合模式，但ZNF711可能对ZFX起从属作用。ZFX的这一功能特性为转录，染色质结构和癌症转录组的调控提供了重要的新见解。ZFX在响应启动子的TSS下游+240 bp处结合。使用核小体占据和甲基化测序（NOMe-seq），我们显示ZFX结合在TSS的开放染色质区域和第一个下游核小体之间，这表明ZFX可能在启动子结构中起关键作用。我们还显示，密切相关的锌指蛋白ZNF711在CpG岛启动子上具有相似的结合模式，但ZNF711可能对ZFX起从属作用。ZFX的这一功能特性为转录，染色质结构和癌症转录组的调控提供了重要的新见解。这表明ZFX可能在启动子体系结构中起关键作用。我们还显示，密切相关的锌指蛋白ZNF711在CpG岛启动子上具有相似的结合模式，但ZNF711可能对ZFX起从属作用。ZFX的这一功能特性为转录，染色质结构和癌症转录组的调控提供了重要的新见解。这表明ZFX可能在启动子体系结构中起关键作用。我们还显示，密切相关的锌指蛋白ZNF711在CpG岛启动子上具有相似的结合模式，但ZNF711可能对ZFX起从属作用。ZFX的这种功能特性为转录，染色质结构和癌症转录组的调控提供了重要的新见解。