We investigated the role of copy number alterations to refine risk stratification in adult Philadelphia chromosome positive (Ph)+ acute lymphoblastic leukemia (ALL) treated with tyrosine kinase inhibitors (TKIs) and allogeneic stem cell transplantation (aSCT). Ninety-seven Ph+ ALL patients (median age 41 years; range 18-64 years) within the prospective multicenter German Multicenter ALL Study Group studies 06/99 (n = 8) and 07/2003 (n = 89) were analyzed. All patients received TKI and aSCT in first complete remission (CR1). Copy number analysis was performed with single nucleotide polymorphism arrays and validated by multiplex ligation-dependent probe amplification. The frequencies of recurrently deleted genes were: IKZF1, 76%; CDKN2A/2B, 45%; PAX5, 43%; BTG1, 18%; EBF1, 13%; ETV6, 5%; RB, 14%. In univariate analyses, the presence of CDKN2A/2B deletions had a negative impact on all endpoints: overall survival (P = .023), disease-free survival (P = .012), and remission duration (P = .036). The negative predictive value of CDKN2A/2B deletions was retained in multivariable analysis along with other factors such as timing of TKI therapy, intensity of conditioning, achieving remission after induction phase 1 and BTG1 deletions. We therefore conclude that acquired genomic CDKN2A/2B deletions identify a subgroup of Ph+ ALL patients, who have an inferior prognosis despite aSCT in CR1. Their poor outcome was attributable primarily to a high relapse rate after aSCT.

中文翻译：

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尽管进行了同种异体干细胞移植，但成人 Ph+ ALL 中的基因组 CDKN2A/2B 缺失是不利的

我们研究了拷贝数改变在用酪氨酸激酶抑制剂 (TKI) 和同种异体干细胞移植 (aSCT) 治疗的成人费城染色体阳性 (Ph) + 急性淋巴细胞白血病 (ALL) 中完善风险分层的作用。对前瞻性多中心德国多中心 ALL 研究组研究 06/99（n = 8）和 07/2003（n = 89）中的 97 名 Ph+ ALL 患者（中位年龄 41 岁；范围 18-64 岁）进行了分析。所有患者均在首次完全缓解（CR1）时接受了 TKI 和 aSCT。使用单核苷酸多态性阵列进行拷贝数分析，并通过多重连接依赖性探针扩增进行验证。反复缺失基因的频率为：IKZF1，76%；CDKN2A/2B，45%；PAX5，43%；BTG1，18%；EBF1，13%；ETV6，5%；RB，14%。在单变量分析中，CDKN2A/2B 缺失的存在对所有终点都有负面影响：总生存期 (P = .023)、无病生存期 (P = .012) 和缓解持续时间 (P = .036)。CDKN2A/2B 缺失的阴性预测值与其他因素一起保留在多变量分析中，如 TKI 治疗时间、调理强度、诱导期 1 后达到缓解和 BTG1 缺失。因此，我们得出结论，获得性基因组 CDKN2A/2B 缺失鉴定了一个 Ph+ ALL 患者亚组，尽管在 CR1 中进行了 aSCT，但他们的预后较差。他们的不良结局主要归因于 aSCT 后的高复发率。CDKN2A/2B 缺失的阴性预测值与其他因素一起保留在多变量分析中，如 TKI 治疗时间、调理强度、诱导期 1 后达到缓解和 BTG1 缺失。因此，我们得出结论，获得性基因组 CDKN2A/2B 缺失鉴定了一个 Ph+ ALL 患者亚组，尽管在 CR1 中进行了 aSCT，但其预后较差。他们的不良结局主要归因于 aSCT 后的高复发率。CDKN2A/2B 缺失的阴性预测值与其他因素一起保留在多变量分析中，如 TKI 治疗时间、调理强度、诱导期 1 后达到缓解和 BTG1 缺失。因此，我们得出结论，获得性基因组 CDKN2A/2B 缺失确定了 Ph+ ALL 患者的一个亚组，尽管在 CR1 中进行了 aSCT，但他们的预后较差。他们的不良结局主要归因于 aSCT 后的高复发率。