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Predictive Power of Different Types of Experimental Restraints in Small Molecule Docking: A Review
Journal of Chemical Information and Modeling ( IF 5.6 ) Pub Date : 2018-01-18 00:00:00 , DOI: 10.1021/acs.jcim.7b00418 Darwin Y. Fu 1 , Jens Meiler 1
Journal of Chemical Information and Modeling ( IF 5.6 ) Pub Date : 2018-01-18 00:00:00 , DOI: 10.1021/acs.jcim.7b00418 Darwin Y. Fu 1 , Jens Meiler 1
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Incorporating experimental restraints is a powerful method of increasing accuracy in computational protein small molecule docking simulations. Different algorithms integrate distinct forms of biochemical data during the docking and/or scoring stages. These so-called hybrid methods make use of receptor-based information such as nuclear magnetic resonance (NMR) restraints or small molecule-based information such as structure–activity relationships (SARs). A third class of methods directly interrogates contacts between the protein receptor and the small molecule. This work reviews the current state of using such restraints in docking simulations, evaluates their feasibility across broad systems, and identifies potential areas of algorithm development.
中文翻译：
小分子对接中不同类型实验约束的预测能力：综述
合并实验约束是一种在计算蛋白质小分子对接模拟中提高准确性的有效方法。在对接和/或评分阶段，不同的算法整合了不同形式的生化数据。这些所谓的混合方法利用诸如核磁共振（NMR）约束之类的基于受体的信息，或诸如结构-活性关系（SAR）之类的基于小分子的信息。第三类方法直接询问蛋白质受体和小分子之间的接触。这项工作回顾了在对接仿真中使用这种约束的当前状态，评估了它们在广泛系统中的可行性，并确定了算法开发的潜在领域。
更新日期：2018-01-18
中文翻译：
小分子对接中不同类型实验约束的预测能力：综述
合并实验约束是一种在计算蛋白质小分子对接模拟中提高准确性的有效方法。在对接和/或评分阶段，不同的算法整合了不同形式的生化数据。这些所谓的混合方法利用诸如核磁共振（NMR）约束之类的基于受体的信息，或诸如结构-活性关系（SAR）之类的基于小分子的信息。第三类方法直接询问蛋白质受体和小分子之间的接触。这项工作回顾了在对接仿真中使用这种约束的当前状态，评估了它们在广泛系统中的可行性，并确定了算法开发的潜在领域。
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