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Exploring Structural Relationships between Bioactive and Commercial Chemical Space and Developing Target Hypotheses for Compound Acquisition
ACS Omega ( IF 3.7 ) Pub Date : 2017-11-09 00:00:00 , DOI: 10.1021/acsomega.7b01338 Carmen Cerchia 1, 2 , Dilyana Dimova 1 , Antonio Lavecchia 2 , Jürgen Bajorath 1
ACS Omega ( IF 3.7 ) Pub Date : 2017-11-09 00:00:00 , DOI: 10.1021/acsomega.7b01338 Carmen Cerchia 1, 2 , Dilyana Dimova 1 , Antonio Lavecchia 2 , Jürgen Bajorath 1
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Analog series were systematically extracted from more than 650 000 bioactive compounds originating from medicinal chemistry and screening sources and more than 3.6 million commercial compounds that were not biologically annotated. Then, analog series-based (ASB) scaffolds were generated. For each scaffold from a bioactive series, a target profile was derived and ASB scaffolds shared by bioactive and commercial compounds were determined. On the basis of our analysis, large segments of commercial chemical space were not yet explored biologically. Shared ASB scaffolds established structural relationships between bioactive and commercial chemical space, and the target profiles of these scaffolds were transferred to commercially available analogs of active compounds. This made it possible to derive target hypotheses for more than 37 000 compounds without biological annotations covering more than 1000 different targets. For many molecules, alternative target assignments were available. Target hypotheses for these compounds should be of interest, for example, for hit expansion, acquisition of compounds to design or further extend focused libraries for drug discovery, or testing of expanded analog series on different targets. They can also be used to search for analogs and complement compound series during target-directed optimization. Therefore, all of the commercial molecules with new target hypotheses as well as key scaffolds identified in our analysis and their target profiles are made freely available.
中文翻译：
探索生物活性和商业化学空间之间的结构关系，并开发用于化合物获取的目标假设
从药用化学和筛选来源中提取的65万多种生物活性化合物以及未进行生物学注释的360万种商业化合物中，系统提取了类似物系列。然后，生成基于模拟序列的（ASB）支架。对于来自生物活性系列的每个支架，推导了目标概况，并确定了由生物活性化合物和市售化合物共享的ASB支架。根据我们的分析，尚未对生物化学领域的大部分商业化学空间进行探索。共享的ASB支架建立了生物活性和商业化学空间之间的结构关系，并且这些支架的目标图谱转移到了活性化合物的商业可得类似物中。这使得有可能推论出超过37 000种化合物的目标假设，而没有涵盖超过1000种不同目标的生物学注释。对于许多分子，可以使用其他目标分配。这些化合物的目标假设应该是令人感兴趣的，例如，用于命中扩展，化合物的获取以设计或进一步扩展用于药物发现的聚焦库，或在不同目标上测试扩展的类似物系列。它们还可用于在目标导向的优化过程中搜索类似物并补充化合物系列。因此，所有带有新目标假设的商业分子以及我们分析中确定的关键支架及其目标概况均可免费获得。可供选择的目标分配。这些化合物的目标假设应该是令人感兴趣的，例如，用于命中扩展，化合物的获取以设计或进一步扩展用于药物发现的聚焦库，或在不同目标上测试扩展的类似物系列。它们还可用于在目标导向的优化过程中搜索类似物并补充化合物系列。因此，所有带有新目标假设的商业分子以及我们分析中确定的关键支架及其目标概况均可免费获得。可供选择的目标分配。这些化合物的目标假设应该是令人感兴趣的，例如，用于命中扩展，化合物的获取以设计或进一步扩展用于药物发现的聚焦库，或在不同目标上测试扩展的类似物系列。它们还可用于在目标导向的优化过程中搜索类似物并补充化合物系列。因此，所有带有新目标假设的商业分子以及我们分析中确定的关键支架及其目标概况均可免费获得。它们还可用于在目标导向的优化过程中搜索类似物并补充化合物系列。因此，所有带有新目标假设的商业分子以及我们分析中确定的关键支架及其目标概况均可免费获得。它们还可用于在目标导向的优化过程中搜索类似物并补充化合物系列。因此，所有带有新目标假设的商业分子以及我们分析中确定的关键支架及其目标概况均可免费获得。
更新日期：2017-11-09
中文翻译：
探索生物活性和商业化学空间之间的结构关系，并开发用于化合物获取的目标假设
从药用化学和筛选来源中提取的65万多种生物活性化合物以及未进行生物学注释的360万种商业化合物中，系统提取了类似物系列。然后，生成基于模拟序列的（ASB）支架。对于来自生物活性系列的每个支架，推导了目标概况，并确定了由生物活性化合物和市售化合物共享的ASB支架。根据我们的分析，尚未对生物化学领域的大部分商业化学空间进行探索。共享的ASB支架建立了生物活性和商业化学空间之间的结构关系，并且这些支架的目标图谱转移到了活性化合物的商业可得类似物中。这使得有可能推论出超过37 000种化合物的目标假设，而没有涵盖超过1000种不同目标的生物学注释。对于许多分子，可以使用其他目标分配。这些化合物的目标假设应该是令人感兴趣的，例如，用于命中扩展，化合物的获取以设计或进一步扩展用于药物发现的聚焦库，或在不同目标上测试扩展的类似物系列。它们还可用于在目标导向的优化过程中搜索类似物并补充化合物系列。因此，所有带有新目标假设的商业分子以及我们分析中确定的关键支架及其目标概况均可免费获得。可供选择的目标分配。这些化合物的目标假设应该是令人感兴趣的，例如，用于命中扩展，化合物的获取以设计或进一步扩展用于药物发现的聚焦库，或在不同目标上测试扩展的类似物系列。它们还可用于在目标导向的优化过程中搜索类似物并补充化合物系列。因此，所有带有新目标假设的商业分子以及我们分析中确定的关键支架及其目标概况均可免费获得。可供选择的目标分配。这些化合物的目标假设应该是令人感兴趣的，例如，用于命中扩展，化合物的获取以设计或进一步扩展用于药物发现的聚焦库，或在不同目标上测试扩展的类似物系列。它们还可用于在目标导向的优化过程中搜索类似物并补充化合物系列。因此，所有带有新目标假设的商业分子以及我们分析中确定的关键支架及其目标概况均可免费获得。它们还可用于在目标导向的优化过程中搜索类似物并补充化合物系列。因此，所有带有新目标假设的商业分子以及我们分析中确定的关键支架及其目标概况均可免费获得。它们还可用于在目标导向的优化过程中搜索类似物并补充化合物系列。因此，所有带有新目标假设的商业分子以及我们分析中确定的关键支架及其目标概况均可免费获得。
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