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Profiling Cytidine Acetylation with Specific Affinity and Reactivity
ACS Chemical Biology ( IF 3.5 ) Pub Date : 2017-10-17 00:00:00 , DOI: 10.1021/acschembio.7b00734 Wilson R Sinclair 1 , Daniel Arango 2 , Jonathan H Shrimp 1 , Thomas T Zengeya 1 , Justin M Thomas 1 , David C Montgomery 1 , Stephen D Fox 3 , Thorkell Andresson 3 , Shalini Oberdoerffer 2 , Jordan L Meier 1
ACS Chemical Biology ( IF 3.5 ) Pub Date : 2017-10-17 00:00:00 , DOI: 10.1021/acschembio.7b00734 Wilson R Sinclair 1 , Daniel Arango 2 , Jonathan H Shrimp 1 , Thomas T Zengeya 1 , Justin M Thomas 1 , David C Montgomery 1 , Stephen D Fox 3 , Thorkell Andresson 3 , Shalini Oberdoerffer 2 , Jordan L Meier 1
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The human acetyltransferase NAT10 has recently been shown to catalyze formation of N4-acetylcytidine (ac4C), a minor nucleobase known to alter RNA structure and function. In order to better understand the role of RNA acetyltransferases in biology and disease, here we report the development and application of chemical methods to study ac4C. First, we demonstrate that ac4C can be conjugated to carrier proteins using optimized protocols. Next, we describe methods to access ac4C-containing RNAs, enabling the screening of anti-ac4C antibodies. Finally, we validate the specificity of an optimized ac4C affinity reagent in the context of cellular RNA by demonstrating its ability to accurately report on chemical deacetylation of ac4C. Overall, these studies provide a powerful new tool for studying ac4C in biological contexts, as well as new insights into the stability and half-life of this highly conserved RNA modification. More broadly, they demonstrate how chemical reactivity may be exploited to aid the development and validation of nucleobase-targeting affinity reagents designed to target the emerging epitranscriptome.
中文翻译：
分析具有特定亲和力和反应性的胞苷乙酰化
最近显示，人乙酰转移酶 NAT10 可以催化 N4-乙酰胞苷 (ac4C) 的形成，N4-乙酰胞苷是一种已知可以改变 RNA 结构和功能的小核碱基。为了更好地了解RNA乙酰转移酶在生物学和疾病中的作用，在这里我们报告化学方法研究ac4C的发展和应用。首先，我们证明 ac4C 可以使用优化的方案与载体蛋白缀合。接下来，我们描述了获取含有 ac4C 的 RNA 的方法，从而能够筛选抗 ac4C 抗体。最后，我们通过证明优化的 ac4C 亲和试剂准确报告 ac4C 化学脱乙酰化的能力，验证了其在细胞 RNA 中的特异性。总的来说，这些研究为在生物学背景下研究 ac4C 提供了一个强大的新工具，也为这种高度保守的 RNA 修饰的稳定性和半衰期提供了新的见解。更广泛地说，他们展示了如何利用化学反应性来帮助开发和验证旨在针对新兴表观转录组的核碱基靶向亲和试剂。
更新日期：2017-10-17
中文翻译：
分析具有特定亲和力和反应性的胞苷乙酰化
最近显示，人乙酰转移酶 NAT10 可以催化 N4-乙酰胞苷 (ac4C) 的形成，N4-乙酰胞苷是一种已知可以改变 RNA 结构和功能的小核碱基。为了更好地了解RNA乙酰转移酶在生物学和疾病中的作用，在这里我们报告化学方法研究ac4C的发展和应用。首先，我们证明 ac4C 可以使用优化的方案与载体蛋白缀合。接下来，我们描述了获取含有 ac4C 的 RNA 的方法，从而能够筛选抗 ac4C 抗体。最后，我们通过证明优化的 ac4C 亲和试剂准确报告 ac4C 化学脱乙酰化的能力，验证了其在细胞 RNA 中的特异性。总的来说，这些研究为在生物学背景下研究 ac4C 提供了一个强大的新工具，也为这种高度保守的 RNA 修饰的稳定性和半衰期提供了新的见解。更广泛地说，他们展示了如何利用化学反应性来帮助开发和验证旨在针对新兴表观转录组的核碱基靶向亲和试剂。
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