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PUF partner interactions at a conserved interface shape the RNA-binding landscape and cell fate in Caenorhabditis elegans
Developmental Cell ( IF 10.7 ) Pub Date : 2024-01-29 , DOI: 10.1016/j.devcel.2024.01.005 Brian H Carrick 1 , Sarah L Crittenden 1 , Fan Chen 2 , MaryGrace Linsley 1 , Jennifer Woodworth 1 , Peggy Kroll-Conner 1 , Ahlan S Ferdous 1 , Sündüz Keleş 3 , Marvin Wickens 1 , Judith Kimble 1
Developmental Cell ( IF 10.7 ) Pub Date : 2024-01-29 , DOI: 10.1016/j.devcel.2024.01.005 Brian H Carrick 1 , Sarah L Crittenden 1 , Fan Chen 2 , MaryGrace Linsley 1 , Jennifer Woodworth 1 , Peggy Kroll-Conner 1 , Ahlan S Ferdous 1 , Sündüz Keleş 3 , Marvin Wickens 1 , Judith Kimble 1
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Protein-RNA regulatory networks underpin much of biology. FBF-2, a PUF-RNA-binding protein, binds over 1,000 RNAs to govern stem cells and differentiation. FBF-2 interacts with multiple protein partners via a key tyrosine, Y479. Here, we investigate the significance of partnerships using a Y479A mutant. Occupancy of the Y479A mutant protein increases or decreases at specific sites across the transcriptome, varying with RNAs. Germline development also changes in a specific fashion: Y479A abolishes one FBF-2 function—the sperm-to-oocyte cell fate switch. Y479A’s effects on the regulation of one mRNA, , are critical to this fate change, though other network changes are also important. FBF-2 switches from repression to activation of RNA, likely by distinct FBF-2 partnerships. The role of RNA-binding protein partnerships in governing RNA regulatory networks will likely extend broadly, as such partnerships pervade RNA controls in virtually all metazoan tissues and species.
中文翻译：
PUF伴侣在保守界面上的相互作用塑造了秀丽隐杆线虫的RNA结合景观和细胞命运
蛋白质-RNA 调控网络是大部分生物学的基础。 FBF-2 是一种 PUF-RNA 结合蛋白，可结合 1,000 多种 RNA 来控制干细胞和分化。 FBF-2 通过关键酪氨酸 Y479 与多个蛋白质伙伴相互作用。在这里，我们使用 Y479A 突变体研究伙伴关系的重要性。 Y479A 突变蛋白在转录组特定位点的占据量增加或减少，随 RNA 的不同而变化。种系发育也以一种特定的方式发生变化：Y479A 废除了 FBF-2 的一项功能——精子到卵母细胞的命运转换。 Y479A 对一种 mRNA 调节的影响对于这种命运变化至关重要，尽管其他网络变化也很重要。 FBF-2 可能通过不同的 FBF-2 伙伴关系从抑制 RNA 转变为激活 RNA。 RNA 结合蛋白伙伴关系在控制 RNA 调控网络中的作用可能会广泛扩展，因为这种伙伴关系几乎遍及所有后生动物组织和物种的 RNA 控制。
更新日期：2024-01-29
中文翻译：
PUF伴侣在保守界面上的相互作用塑造了秀丽隐杆线虫的RNA结合景观和细胞命运
蛋白质-RNA 调控网络是大部分生物学的基础。 FBF-2 是一种 PUF-RNA 结合蛋白，可结合 1,000 多种 RNA 来控制干细胞和分化。 FBF-2 通过关键酪氨酸 Y479 与多个蛋白质伙伴相互作用。在这里，我们使用 Y479A 突变体研究伙伴关系的重要性。 Y479A 突变蛋白在转录组特定位点的占据量增加或减少，随 RNA 的不同而变化。种系发育也以一种特定的方式发生变化：Y479A 废除了 FBF-2 的一项功能——精子到卵母细胞的命运转换。 Y479A 对一种 mRNA 调节的影响对于这种命运变化至关重要，尽管其他网络变化也很重要。 FBF-2 可能通过不同的 FBF-2 伙伴关系从抑制 RNA 转变为激活 RNA。 RNA 结合蛋白伙伴关系在控制 RNA 调控网络中的作用可能会广泛扩展，因为这种伙伴关系几乎遍及所有后生动物组织和物种的 RNA 控制。
京公网安备 11010802027423号