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Proteomics Standards Initiative: Fifteen Years of Progress and Future Work
Journal of Proteome Research ( IF 3.8 ) Pub Date : 2017-09-15 00:00:00 , DOI: 10.1021/acs.jproteome.7b00370 Eric W. Deutsch 1 , Sandra Orchard 2 , Pierre-Alain Binz 3 , Wout Bittremieux 4 , Martin Eisenacher 5 , Henning Hermjakob 2, 6 , Shin Kawano 7 , Henry Lam 8, 9 , Gerhard Mayer 5 , Gerben Menschaert 10 , Yasset Perez-Riverol 2 , Reza M. Salek 2 , David L. Tabb 11 , Stefan Tenzer 12 , Juan Antonio Vizcaíno 2 , Mathias Walzer 2 , Andrew R. Jones 13
Journal of Proteome Research ( IF 3.8 ) Pub Date : 2017-09-15 00:00:00 , DOI: 10.1021/acs.jproteome.7b00370 Eric W. Deutsch 1 , Sandra Orchard 2 , Pierre-Alain Binz 3 , Wout Bittremieux 4 , Martin Eisenacher 5 , Henning Hermjakob 2, 6 , Shin Kawano 7 , Henry Lam 8, 9 , Gerhard Mayer 5 , Gerben Menschaert 10 , Yasset Perez-Riverol 2 , Reza M. Salek 2 , David L. Tabb 11 , Stefan Tenzer 12 , Juan Antonio Vizcaíno 2 , Mathias Walzer 2 , Andrew R. Jones 13
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The Proteomics Standards Initiative (PSI) of the Human Proteome Organization (HUPO) has now been developing and promoting open community standards and software tools in the field of proteomics for 15 years. Under the guidance of the chair, cochairs, and other leadership positions, the PSI working groups are tasked with the development and maintenance of community standards via special workshops and ongoing work. Among the existing ratified standards, the PSI working groups continue to update PSI-MI XML, MITAB, mzML, mzIdentML, mzQuantML, mzTab, and the MIAPE (Minimum Information About a Proteomics Experiment) guidelines with the advance of new technologies and techniques. Furthermore, new standards are currently either in the final stages of completion (proBed and proBAM for proteogenomics results as well as PEFF) or in early stages of design (a spectral library standard format, a universal spectrum identifier, the qcML quality control format, and the Protein Expression Interface (PROXI) web services Application Programming Interface). In this work we review the current status of all of these aspects of the PSI, describe synergies with other efforts such as the ProteomeXchange Consortium, the Human Proteome Project, and the metabolomics community, and provide a look at future directions of the PSI.
中文翻译：
蛋白质组学标准计划：十五年的发展和未来的工作
蛋白质组学组织（HUPO）的蛋白质组学标准倡议（PSI）现已在蛋白质组学领域开发和推广开放社区标准和软件工具已有15年了。在主席，联合主席和其他领导职位的指导下，PSI工作组的任务是通过专门的研讨会和正在进行的工作来制定和维护社区标准。在现有已批准的标准中，PSI工作组将随着新技术的进步，继续更新PSI-MI XML，MITAB，mzML，mzIdentML，mzQuantML，mzTab和MIAPE（关于蛋白质组学实验的最低信息）指南。此外，新标准目前处于完成的最后阶段（用于蛋白质组学结果的proBed和proBAM以及PEFF），或者处于设计的早期阶段（频谱库标准格式，通用频谱标识符，qcML质量控制格式和蛋白质）表达式接口（PROXI）Web服务应用程序编程接口）。在这项工作中，我们回顾了PSI所有这些方面的现状，描述了与ProteomeXchange联盟，人类蛋白质组计划和代谢组学界等其他努力的协同作用，并展望了PSI的未来发展方向。
更新日期：2017-09-15
中文翻译：
蛋白质组学标准计划：十五年的发展和未来的工作
蛋白质组学组织（HUPO）的蛋白质组学标准倡议（PSI）现已在蛋白质组学领域开发和推广开放社区标准和软件工具已有15年了。在主席，联合主席和其他领导职位的指导下，PSI工作组的任务是通过专门的研讨会和正在进行的工作来制定和维护社区标准。在现有已批准的标准中，PSI工作组将随着新技术的进步，继续更新PSI-MI XML，MITAB，mzML，mzIdentML，mzQuantML，mzTab和MIAPE（关于蛋白质组学实验的最低信息）指南。此外，新标准目前处于完成的最后阶段（用于蛋白质组学结果的proBed和proBAM以及PEFF），或者处于设计的早期阶段（频谱库标准格式，通用频谱标识符，qcML质量控制格式和蛋白质）表达式接口（PROXI）Web服务应用程序编程接口）。在这项工作中，我们回顾了PSI所有这些方面的现状，描述了与ProteomeXchange联盟，人类蛋白质组计划和代谢组学界等其他努力的协同作用，并展望了PSI的未来发展方向。
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