Our official English website, www.x-mol.net, welcomes your
feedback! (Note: you will need to create a separate account there.)
Simultaneous Profiling of DNA Mutation and Methylation by Melting Analysis Using Magnetoresistive Biosensor Array
ACS Nano ( IF 15.8 ) Pub Date : 2017-09-13 00:00:00 , DOI: 10.1021/acsnano.7b03053 Giovanni Rizzi 1 , Jung-Rok Lee 2, 3 , Christina Dahl 4 , Per Guldberg 4 , Martin Dufva 1 , Shan X. Wang 3, 5 , Mikkel F. Hansen 1
ACS Nano ( IF 15.8 ) Pub Date : 2017-09-13 00:00:00 , DOI: 10.1021/acsnano.7b03053 Giovanni Rizzi 1 , Jung-Rok Lee 2, 3 , Christina Dahl 4 , Per Guldberg 4 , Martin Dufva 1 , Shan X. Wang 3, 5 , Mikkel F. Hansen 1
Affiliation
|
Epigenetic modifications, in particular DNA methylation, are gaining increasing interest as complementary information to DNA mutations for cancer diagnostics and prognostics. We introduce a method to simultaneously profile DNA mutation and methylation events for an array of sites with single site specificity. Genomic (mutation) or bisulphite-treated (methylation) DNA is amplified using nondiscriminatory primers, and the amplicons are then hybridized to a giant magnetoresistive (GMR) biosensor array followed by melting curve measurements. The GMR biosensor platform offers scalable multiplexed detection of DNA hybridization, which is insensitive to temperature variation. The melting curve approach further enhances the assay specificity and tolerance to variations in probe length. We demonstrate the utility of this method by simultaneously profiling five mutation and four methylation sites in human melanoma cell lines. The method correctly identified all mutation and methylation events and further provided quantitative assessment of methylation density validated by bisulphite pyrosequencing.
中文翻译：
利用磁阻生物传感器阵列通过熔解分析同时分析DNA突变和甲基化
表观遗传修饰，特别是DNA甲基化，作为对DNA突变的补充信息以用于癌症诊断和预后，越来越引起人们的关注。我们介绍了一种方法，可以同时针对具有单个位点特异性的多个位点阵列分析DNA突变和甲基化事件。使用非歧视性引物扩增基因组（突变）或亚硫酸氢盐处理（甲基化）的DNA，然后将扩增子与巨型磁阻（GMR）生物传感器阵列杂交，然后进行熔解曲线测量。GMR生物传感器平台可对DNA杂交提供可扩展的多重检测，该检测对温度变化不敏感。熔解曲线方法进一步提高了测定的特异性和对探针长度变化的耐受性。我们通过同时分析人类黑素瘤细胞系中的五个突变和四个甲基化位点来证明该方法的实用性。该方法正确鉴定了所有突变和甲基化事件，并进一步提供了通过亚硫酸氢盐焦磷酸测序验证的甲基化密度的定量评估。
更新日期：2017-09-13
中文翻译：
利用磁阻生物传感器阵列通过熔解分析同时分析DNA突变和甲基化
表观遗传修饰，特别是DNA甲基化，作为对DNA突变的补充信息以用于癌症诊断和预后，越来越引起人们的关注。我们介绍了一种方法，可以同时针对具有单个位点特异性的多个位点阵列分析DNA突变和甲基化事件。使用非歧视性引物扩增基因组（突变）或亚硫酸氢盐处理（甲基化）的DNA，然后将扩增子与巨型磁阻（GMR）生物传感器阵列杂交，然后进行熔解曲线测量。GMR生物传感器平台可对DNA杂交提供可扩展的多重检测，该检测对温度变化不敏感。熔解曲线方法进一步提高了测定的特异性和对探针长度变化的耐受性。我们通过同时分析人类黑素瘤细胞系中的五个突变和四个甲基化位点来证明该方法的实用性。该方法正确鉴定了所有突变和甲基化事件，并进一步提供了通过亚硫酸氢盐焦磷酸测序验证的甲基化密度的定量评估。
京公网安备 11010802027423号