徐锡明 - 中国海洋大学

个人简介

山东省泰山学者青年专家，主要从事基于结构的海洋药物药物发现和设计，以及结构药理学研究，通过智能设计、生化分析，细胞模型等多尺度交叉学科进行海洋药物发现，从分子构象、相互作用、水分子复杂网络环境等进行结构分析，研究精准的分子对接方法，开发watvina分子对接工具。近些年来在PNAS，JMC等杂志上发表论文20余篇，主持国家自然科学基金、省部级等项目。教育背景 2010.09~2014.09 法国巴黎第七大学生物化学博士 2007.09~2010.06 兰州大学生命科学学院生物物理硕士 2003.09~2007.06 兰州大学生命科学学院生物技术学士工作经历 2024.01.01~ 至今中国海洋大学医药学院、青岛海洋生物医药研究院正高级工程师 2018.10~ 2023.12.31 中国海洋大学医药学院、青岛海洋生物医药研究院副研究员，高级工程师 2016.10~2018.09 江苏理工学院生物信息与医药工程研究所副研究员 2015.11~2016.09 法国巴黎巴斯德研究所博士后 2014.09~2015.11 法国巴黎心血管研究中心博士后授权专利 1.一种具有尿酸盐转运蛋白1抑制活性的漆黄素及其制备方法与应用（202210387272.6），位次1； 2.一种具有URAT1抑制活性的芫花素及其制备方法和应用（202210387271.1），位次1； 3. 异噻(硒)唑酮类衍生物及其在抗冠状病毒药物中的应用（202110470383.9），位次1；项目课题 1. 国家自然科学基金面上项目，蛋白质口袋中的水分子复杂网络研究（82373794），主持； 2. 国家自然科学基金青年项目，空间保守位点对芳香胺N-乙酰转移酶催化机制的作用（31900910），主持； 3. 山东省自然科学基金面上项目，新型分子对接技术watvina的开发（ZR2023MB058），主持； 4. 山东省重点研发计划，海洋创新药物系统临床前研究与药物开发（2020CXGC010503），子课题负责人； 5. 江苏省自然科学基金青年项目，具处理芳香胺污染应用前景的NAT机制研究（BK20170312），主持； 6. 青岛市科技计划产业培育引领专项，基于AI技术海生物医药开发应用科技示范工程，技术负责人； 7. 青岛市科技惠民示范引导专项, 新型冠状病毒肺炎防治的海洋药物筛选与疫情应对策略研究（20-4-1-4-nsh）, 主持；

研究领域

1. 基于结构的海洋药物发现和设计 2. 海洋结构药理学 3. 分子对接方法研究

近期论文

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[1] Zhang Y, Yang Y, Liang H, Liang Y, Xiong G, Lu F, Yang K, Zou Q, Zhang X, Du G, Xu X*, Hao J*. Nobiletin, as a Novel PDE4B Inhibitor, Alleviates Asthma Symptoms by Activating the cAMP-PKA-CREB Signaling Pathway. Int J Mol Sci. 2024 Sep 27;25(19):10406. [2] Liu X#, Wang Y#, Sun L, Xiao G, Hou N, Chen J, Wang W, Xu X*, Gu Y*. Screening and optimization of shark nanobodies against SARS-CoV-2 spike RBD. Antiviral Res. 2024 Jun;226:105898. [3]Li H, Sun Y, Yin H, Zhang Y, Yu J, Hou N, Wang P, Liang H, Xie A, Wang X, Dong J*, Xu X*. Virtual screening of natural products targeting ubiquitin-specific protease 7. J Biomol Struct Dyn. 2024 Feb 15:1-8. doi: [4]Ma D, Hu M, Yang X, Liu Q, Ye F, Cai W, Wang Y, Xu X, Chang S, Wang R, Yang W, Ye S, Su N, Fan M, Xu H, Guo J. Structural basis for sugar perception by Drosophila gustatory receptors[J]. Science. 2024:eadj2609. [5]Liu W, Wang J, Wang S, Yue K, Hu Y, Liu X, Wang L, Wan S*, Xu X*. Discovery of new non-covalent and covalent inhibitors targeting SARS-CoV-2 papain-like protease and main protease[J]. Bioorg Chem. 2023;140:106830. [6]Yang Y, Hu Y, Yao F, Yang J, Ge L, Wang P*, Xu X*. Virtual screening and activity evaluation of human uric acid transporter 1 (hURAT1) inhibitors[J]. RSC Adv. 2023;13(6):3474-3486. [7]Zhang S, Sun Y, Yao F, Li H, Yang Y, Li X, Bai Z, Hu Y, Wang P*, Xu X*. Ginkgo biflavones cause p53 wild-Type dependent cell death in a transcription-independent manner of p53[J]. J Nat Prod. 2023;86(2):346-356. [8]Bai D, Sun Y, Li Q, Li H, Liang Y, Xu X*, Hao J*. Leonurine attenuates OVA-induced asthma via p38 MAPK/NF-κB signaling pathway[J]. Int Immunopharmacol. 2023;114:109483. [9]Yang C#, Li D#, Wang S, Xu M, Wang D, Li X, Xu X*, Li C*. Inhibitory activities of alginate phosphate and sulfate derivatives against SARS-CoV-2 in vitro[J]. Int J Biol Macromol. 2023;227:316-328. [10]Luo D#, Liu X#, Jiang L, Guo Z, Lv Y, Tian X, Wang X, Cui S, Wan S, Xu X*, Li X*, Qu X*. Rational Design, Synthesis, and Biological Evaluation of Novel S1PR2 Antagonists for Reversing 5-FU-Resistance in Colorectal Cancer[J]. J Med Chem. 2022,65(21):14553-14577. [11]Zhang S, Wang Y, Sun Y, Zhao G, Wang J, Liu L, Liu F, Wang P*, Xu X*. 4′,7-Di-O-methylnaringenin (DMNG), a naringenin derivative, activates p53 signal pathway through down-regulating MDM2[J]. Journal of Functional Foods, 2022, 89: 104962. [12]Zhao C, Xie Y, Xu L, Ye F, Xu X, Yang W, Yang F, Guo J. Structures of a mammalian TRPM8 in closed state. Nat Commun. 2022;13(1):3113. [13]Zhang Y, Wang Y, Zhao Z, Peng W, Wang P, Xu X*, Zhao C*. Glutaminyl cyclases, the potential targets of cancer and neurodegenerative diseases[J]. European Journal of Pharmacology, 2022,931:175178. [14]Zhao G#, Liu X#, Wang S#, Bai Z, Zhang S, Wang Y, Yu H*, Xu X*, Hydrogen bonding penalty used for virtual screening to discover potent inhibitors for Papain-Like cysteine proteases of SARS-CoV-2[J].Chemical Biology & Drug Design. 2022,100(4):502-514. [15]Zhang S, Wang Y, Sun Y, Zhao G, Wang J, Liu L, Liu F, Wang P, Yang J*, Xu X*. Hinokiflavone, as a MDM2 inhibitor, activates p53 signaling pathway to induce apoptosis in human colon cancer HCT116 cells[J]. Biochemical and Biophysical Research Communications, 2022, 594: 93–100. [16]Zhang S#, Wang Y#, Liu L, Zhao G, Sun Y, Wang J, Liu F, Wang P*, Xu X*. Virtual Screening Inhibitors of Ubiquitin-specific Protease 7 combining Pharmacophore Modeling and Molecular Docking[J]. Molecular Informatics, 2022,e2100273. [17]Wang J, Yu X, Ding ZJ, Zhang X, Luo Y, Xu X, Xie Y, Li X, Yuan T, Zheng SJ, Yang W, Guo J. Structural basis of ALMT1-mediated aluminum resistance in Arabidopsis[J]. Cell Res. 2022;32(1):89-98. [18]Wang Y, Zhang S, Zhang Y, Yao F, Zhao G, Wang J, Liu L, Yang Y, Li X, Sun Y, Hu Y, Bai Z, Wang P*, Li R*, Xu X*. American Chemical Society, 2021. Screening and Evaluation of Flavonoids as Xanthine Oxidase Inhibitors for Reducing Uric Acid through Combined Cell Biology and Molecular Simulation[J]. ACS Food Science & Technology, 2021, 1(11): 2182–2191. [19]Liu X, Liu Y, Zhao G, Zhang Y, Liu L, Wang J, Wang Y, Zhang S, Li X, Guo D, Wang P*, Xu X*. Biochemical characterization of arylamine N-acetyltransferases from Vibrio vulnificus[J]. Frontiers in Microbiology, 2021, 11. [20]Li Z, Li X, Huang YY, Wu Y, Liu R, Zhou L, Lin Y, Wu D, Zhang L, Liu H, Xu X, Yu K, Zhang Y, Cui J, Zhan CG, Wang X, Luo HB. Identify potent SARS-CoV-2 main protease inhibitors via accelerated free energy perturbation-based virtual screening of existing drugs[J]. Proc Natl Acad Sci U S A. 2020;117(44):27381-27387.