张俊鹏 - 大理大学

个人简介

1.基本信息：张俊鹏，男，1987年4月，副教授，工学硕士，硕导，大理大学第九批中青年学术带头人， 2.教育经历： 2005.09-2009.07:昆明理工大学生物医学工程专业，获工学学士学位 2009.09-2012.07:昆明理工大学控制理论与控制工程，获工学硕士学位 3.工作经历： 2012.08-至今:大理大学专任教师 4.主持科研项目：国家自然科学基金青年项目，61702069，癌症miRNA海绵因果网络与模块识别及其功能特性研究，2018/1-2020/12，25万元，在研，主持。云南省应用基础研究计划面上项目，2017FB099，复杂疾病关联的miRNA海绵及其互作网络识别的生物信息学融合方法研究，2017/6-2020/5，10万元，在研，主持。云南省应用基础研究计划青年项目，2013FD038，基于异构数据的microRNA和TF因果调控网络识别，2013/10-2016/9，6万元，已结题，主持。大理大学青年教师科研基金项目，KYQN201203，基于LDA主题模型的功能性miRNA-mRNA调控模块识别，2013/1-2014/12，0.5万元，已结题，主持。昆明理工大学开放课题，201600001，《云南省面向东南亚、南亚国家农业农村适用技术转移服务平台建设》项目开放子课题：数据采集与分析，2015/12-2016/11，2万元，已结题，主持。云南省教育厅科学研究基金项目，2011J079，基于概率话题模型的功能性TF-miRNA-mRNA调控模块挖掘，2011/10-2013/9，0.5万元，已结题，主持。2018年度获大理大学优秀共产党员和大理大学教师教学质量二等奖 2017年度获大理大学学生工作先进个人和履职考核优秀 2016年度获DiseaseModuleIdentificationDREAMChallenge（https://www.synapse.org/#!Synapse:syn6156761/wiki/407453）二等奖 2015年度获大理大学优秀班主任和履职考核优秀 2014年度获云南省优秀硕士学位论文 2013年度获大理大学第一届教学反思征文比赛一等奖

研究领域

主要研究方向：生物信息学，数据挖掘。

近期论文

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VuVietHoangPham*,JunpengZhang*,LinLiu,BuuTruong,TaoshengXu,TrungTinNguyen,JiuyongLi,ThucDuyLe.IdentifyingmiRNA-mRNAregulatoryrelationshipsinbreastcancerwithinvariantcausalprediction.BMCBioinformatics,2019,20:143. JunpengZhang,ThucDuyLe,LinLiu,JiuyongLi.Inferringandanalyzingmodule-specificlncRNA-mRNAcausalregulatorynetworksinhumancancer.BriefingsinBioinformatics,2018,DOI:10.1093/bib/bby008. JunpengZhang,LinLiu,JiuyongLi,ThucDuyLe.LncmiRSRN:identificationandanalysisoflongnon-codingRNArelatedmiRNAspongeregulatorynetworkinhumancancer.Bioinformatics,2018,34(24):4232-4240. JunpengZhang,LinLiu,TaoshengXu,YongXie,ChunwenZhao,JiuyongLi,ThucDuyLe.miRspongeR:anR/BioconductorpackagefortheidentificationandanalysisofmiRNAspongeinteractionnetworksandmodules.bioRxiv,2019,DOI:10.1101/507749. TaoshengXu,NingSu,LinLiu,JunpengZhang,HongqiangWang,WeijiaZhang,JieGui,KuiYu,JiuyongLi,ThucDuyLe.miRBaseConverter:AnR/BioconductorPackageforConvertingandRetrievingmiRNAName,Accession,SequenceandFamilyInformationinDifferentVersionsofmiRBase.BMCBioinformatics,2018,19(Suppl19):514. SarvenazChoobdar,MehmetE.Ahsen,JakeCrawford,MattiaTomasoni,DavidLamparter,JunyuanLin,BenjaminHescott,XiaozheHu,JohnathanMercer,TedNatoli,RajivNarayan,TheDREAMModuleIdentificationChallengeConsortium(Oneofco-authors),AravindSubramanian,GustavoStolovitzky,ZoltánKutalik,KasperLage,DonnaK.Slonim,JulioSaez-Rodriguez,LenoreJ.Cowen,SvenBergmann,DanielMarbach.OpenCommunityChallengeRevealsMolecularNetworkModuleswithKeyRolesinDiseases.bioRxiv，2018，DOI:10.1101/265553. ThucDuyLe*,JunpengZhang*,LinLiu,BuuMinhThanhTruong,ShuHu,TaoshengXu,JiuyongLi.IdentifyingmicroRNAtargetsinepithelial-mesenchymaltransitionusingjoint-interventioncausalinference.InProceedingsofthe8thInternationalConferenceonComputationalSystems-BiologyandBioinformatics(CSBio'17).ACM,NewYork,NY,USA,2017,34-41.DOI:10.1145/3156346.3156353. JunpengZhang,ThucDuyLe,LinLiu,JiuyongLi.InferringmiRNAspongeco-regulationofprotein-proteininteractionsinhumanbreastcancer.BMCBioinformatics,2017,18:243. JunpengZhang,ThucDuyLe,LinLiu,JiuyongLi.IdentifyingmiRNAspongemodulesusingbiclusteringandregulatoryscores.BMCBioinformatics,2017,18(Suppl3):44. ThucDuyLe*,JunpengZhang*,LinLiu,JiuyongLi.ComputationalmethodsforidentifyingmiRNAspongeinteractions.BriefingsinBioinformatics,2017,18(4):577-90. JunpengZhang,ThucDuyLe,LinLiu,JianfengHe,JiuyongLi.Anovelframeworkforinferringcondition-specificTFandmiRNAco-regulationofprotein-proteininteractions.Gene,2016,577(1):55-64. JunpengZhang,ThucDuyLe,LinLiu,JianfengHe,JiuyongLi.IdentifyingmiRNAsynergisticregulatorynetworkinheterogeneoushumandatavianetworkmotifs.MolecularBiosystems,2016,12(2):454-63. ThucDuyLe,LinLiu,JunpengZhang,BingLiu,JiuyongLi.FrommiRNAregulationtomiRNA-TFco-regulation:computationalapproachesandchallenges.BriefingsinBioinformatics,2015,16(3):475-96. ThucDuyLe,JunpengZhang,LinLiu,BingLiu,JiuyongLi.miRLAB:anRbaseddrylabforexploringmiRNA-mRNAregulatoryrelationships.PLoSONE,2015,10(12):e0145386. ThucDuyLe,JunpengZhang,LinLiu,JiuyongLi.EnsemblemethodsformiRNAtargetpredictionfromexpressiondata.PLoSONE,2015,10(6):e0131627. JunpengZhang,ThucDuyLe,LinLiu,BingLiu,JianfengHe,GregoryJGoodall,JiuyongLi.Inferringcondition-specificmiRNAactivityfrommatchedmiRNAandmRNAexpressiondata.Bioinformatics,2014,30(21):3070-7. JunpengZhang,ThucDuyLe,LinLiu,BingLiu,JianfengHe,GregoryJGoodall,JiuyongLi.IdentifyingdirectmiRNA-mRNAcausalregulatoryrelationshipsinheterogeneousdata.JournalofBiomedicalInformatics,2014,52:438-47. JunpengZhang,BingLiu,JianfengHe,LeiMaandJiuyongLi.InferringfunctionalmiRNA-mRNAregulatorymodulesinepithelial–mesenchymaltransitionwithaprobabilistictopicmodel.ComputersinBiologyandMedicine,2012,42(4):428-37. JunpengZhang,JianfengHe,LeiMaandJiuyongLi.ORPSW:anewclassifierforgeneexpressiondatabasedonoptimalriskandpreventivepatterns.JournalofComputers,2011,6(6):1198-1205. JunpengZhang,JianfengHe.IdentifyingfunctionalTF-miRNA-mRNAregulatorymoduleswithlatentdirichletallocation.InJamesChou(eds.).8thInternationalConferenceonBioinformaticsandBiomedicalEngineeringiCBBE,DEStechPublications,2014,ISBN:9781605951942. JunpengZhang,JianfengHe,JiuyongLi,LeiMa.Constrainingandsummarizingoptimalriskandpreventivepatternsinmedicaldata.InThe4thInternationalConferenceonBioinformaticsandBiomedicalEngineering(iCBBE2010),Chengdu,China,2010. ZhenhuaChen,WeiliJiang,LeiMa,JunpengZhang,JinshanHu,YanXiang,DangguoShao.MEM:anewmixedewnsemblemodelforidentifyingfrauds.InternationalJournalofInformationandCommunicationTechnology,2018,inpress. 孙少平,李元峻,张俊,张俊鹏.医疗设备全生命周期管理信息系统的设计与实现.大理大学学报,2018,3(12):63-70. 张俊鹏,张武.基于NetMatchStar的miRNA-mRNA调控网络研究.大理大学学报,2017,2(12):44-48. 张俊鹏,贺建峰.基于LDA主题模型的功能性miRNA-mRNA调控模块识别.数据采集与处理,2015,30(1):155-163. 谢坐祥，陈霞，张俊鹏#.基于HBV序列的系统进化分析和特征提取研究.大理大学学报,2015,14(12):43-46. 浦恩禄，张梦娇，张俊鹏#.基于CyClus3D聚类算法的PPI网络模体研究.大理大学学报,2015,14(12):39-42. 马磊,唐仲杰,张俊鹏.一种小型太阳能—生物质能源半自动禽蛋孵化器:中国，专利:201220491790.4,2013-04-03.

学术兼职

担任Bioinformatics，BriefingsinBioinformatics,PLOSComputationalBiology,JournalofBiomedicalInformatics，IEEE/ACMTransactionsonComputationalBiologyandBioinformatics等期刊杂志审稿人 ISIS系统评议专家云南省科技厅科技人才专家库专家云南省医学会医学工程学分会第七届委员会委员大理大学第九批中青年学术带头人