The Journal of Medicinal Chemistry发表分子结构与生物活性或作用方式之间的关系的研究。具体领域包括：
药理工具的新型生物活性化合物、诊断剂或标记配体的设计、合成和生物学评估
分子修饰以增进对构效关系（SAR）的认知。
没有创新性的化学或生物学方法或没有对SAR进行深入分析的常规工作通常将不予出版
有关配体和靶标的结构生物学研究（X射线，NMR等），以探究生物活性化合物作用下的分子识别过程
大分子靶标的分子生物学研究（例如定点诱变）以增进对分子识别的理解
具有最新见解的化合物SAR计算研究，这些化合物当前具有普遍价值，或者可用于分析其他有用数据，从而进一步提高对药物化学的认知
新颖的计算化学方法，对于生物活性分子的鉴定、优化或标靶相互作用分析具有证明价值
分子结构对生物活性化合物的分布、药代动力学和代谢转化的影响。这可能包括新型药物前体的设计、合成和评估
可广泛应用于药物化学的新方法，且该方法已在相关分子上进行测试

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