Improved scale, multiplexing and resolution are establishing spatial nucleic acid and protein profiling methods as a major pillar for cellular atlas building of complex samples, from tissues to full organisms. Emerging methods yield omics measurements at resolutions covering the nano- to microscale, enabling the charting of cellular heterogeneity, complex tissue architectures and dynamic changes during development and disease. We present an overview of the developing landscape of in situ spatial genome, transcriptome and proteome technologies, exemplify their impact on cell biology and translational research, and discuss current challenges for their community-wide adoption. Among many transformative applications, we envision that spatial methods will map entire organs and enable next-generation pathology.

改进的规模、多路复用和分辨率正在建立空间核酸和蛋白质分析方法，作为从组织到完整生物体的复杂样本的细胞图谱构建的主要支柱。新兴方法在涵盖纳米到微米尺度的分辨率下产生组学测量，从而能够绘制细胞异质性、复杂组织结构以及发育和疾病期间的动态变化的图表。我们概述了原位空间基因组、转录组和蛋白质组技术的发展前景，举例说明了它们对细胞生物学和转化研究的影响，并讨论了当前在社区范围内采用它们所面临的挑战。在许多变革性应用中，我们设想空间方法将绘制整个器官并实现下一代病理学。

改进的规模、多路复用和分辨率正在建立空间核酸和蛋白质分析方法，作为从组织到完整生物体的复杂样本的细胞图谱构建的主要支柱。新兴方法在涵盖纳米到微米尺度的分辨率下产生组学测量，从而能够绘制细胞异质性、复杂组织结构以及发育和疾病期间的动态变化的图表。我们概述了原位空间基因组、转录组和蛋白质组技术的发展前景，举例说明了它们对细胞生物学和转化研究的影响，并讨论了当前在社区范围内采用它们所面临的挑战。在许多变革性应用中，我们设想空间方法将绘制整个器官并实现下一代病理学。