Protein-peptide interactions play a crucial role in many cellular and biological functions, which justify the increasing interest in the development of peptide-based drugs. However, predicting experimental binding modes and affinities in protein-peptide docking remains a great challenge for most docking programs due to some particularities of this class of ligands, such as the high degree of flexibility. In this paper, we present the performance of the DockThor program on the LEADS-PEP data set, a benchmarking set composed of 53 diverse protein-peptide complexes with peptides ranging from 3 to 12 residues and with up to 51 rotatable bonds. The DockThor performance for pose prediction on redocking studies was compared with some state-of-the-art docking programs that were also evaluated on the LEADS-PEP data set, AutoDock, AutoDock Vina, Surflex, GOLD, Glide, rDock, and DINC, as well as with the task-specific docking protocol HPepDock. Our results indicate that DockThor could dock 40% of the cases with an overall backbone RMSD below 2.5 Å when the top-scored docking pose was considered, exhibiting similar results to Glide and outperforming other protein-ligand docking programs, whereas rDock and HPepDock achieved superior results. Assessing the docking poses closest to the crystal structure (i.e., best-RMSD pose), DockThor achieved a success rate of 60% in pose prediction. Due to the great overall performance of handling peptidic compounds, the DockThor program can be considered as suitable for docking highly flexible and challenging ligands, with up to 40 rotatable bonds. DockThor is freely available as a virtual screening Web server at https://www.dockthor.lncc.br/ .

中文翻译：

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高度灵活的配体对接：在LEADS-PEP蛋白-肽数据集上进行DockThor程序的基准测试。

蛋白质-肽相互作用在许多细胞和生物学功能中起着至关重要的作用，这证明了人们对基于肽的药物的开发越来越感兴趣。然而，由于这类配体的某些特殊性，例如高度的灵活性，预测蛋白质-肽对接中的实验结合模式和亲和力仍然是大多数对接程序面临的巨大挑战。在本文中，我们介绍了DockThor程序在LEADS-PEP数据集上的性能，该数据集是由53种不同的蛋白质-肽复合物（具有3至12个残基，最多51个可旋转键的肽）组成的基准测试集。将DockThor在重做研究中的姿势预测性能与某些最新的对接程序进行了比较，这些程序也已在LEADS-PEP数据集，AutoDock，AutoDock Vina，Surflex，GOLD，Glide，rDock和DINC以及特定于任务的对接协议HPepDock。我们的结果表明，当考虑到最重要的对接姿势时，DockThor可以对接40％的总体主干RMSD低于2.5Å的情况，与Glide相似，并且表现优于其他蛋白-配体对接程序，而rDock和HPepDock表现出优异的表现。结果。评估最接近晶体结构的对接姿势（即，最佳RMSD姿势），DockThor的姿势预测成功率达到60％。由于处理肽类化合物的出色整体性能，DockThor程序可被认为适用于对接具有多达40个可旋转键的高度灵活和具有挑战性的配体。DockThor可作为虚拟筛选Web服务器免费提供，网址为https://www.dockthor.lncc.br/。和DINC，以及特定于任务的对接协议HPepDock。我们的结果表明，当考虑到最重要的对接姿势时，DockThor可以对接40％的总体主干RMSD低于2.5Å的情况，与Glide相似，并且表现优于其他蛋白-配体对接程序，而rDock和HPepDock表现出优异的表现。结果。评估最接近晶体结构的对接姿势（即，最佳RMSD姿势），DockThor的姿势预测成功率达到60％。由于处理肽类化合物的出色整体性能，DockThor程序可被认为适用于对接具有多达40个可旋转键的高度灵活和具有挑战性的配体。DockThor可作为虚拟筛选Web服务器免费提供，网址为https://www.dockthor.lncc.br/。和DINC，以及特定于任务的对接协议HPepDock。我们的结果表明，当考虑到最重要的对接姿势时，DockThor可以对接40％的总体主干RMSD低于2.5Å的情况，与Glide相似，并且表现优于其他蛋白-配体对接程序，而rDock和HPepDock表现出优异的表现。结果。评估最接近晶体结构的对接姿势（即，最佳RMSD姿势），DockThor的姿势预测成功率达到60％。由于处理肽类化合物的出色整体性能，DockThor程序可被认为适用于对接具有多达40个可旋转键的高度灵活和具有挑战性的配体。DockThor可作为虚拟筛选Web服务器免费提供，网址为https://www.dockthor.lncc.br/。以及特定于任务的对接协议HPepDock。我们的结果表明，当考虑到最重要的对接姿势时，DockThor可以对接40％的总体主干RMSD低于2.5Å的情况，与Glide相似，并且表现优于其他蛋白-配体对接程序，而rDock和HPepDock表现出优异的表现。结果。评估最接近晶体结构的对接姿势（即，最佳RMSD姿势），DockThor的姿势预测成功率达到60％。由于处理肽类化合物的出色整体性能，DockThor程序可被认为适用于对接具有多达40个可旋转键的高度灵活和具有挑战性的配体。DockThor可作为虚拟筛选Web服务器免费提供，网址为https://www.dockthor.lncc.br/。以及特定于任务的对接协议HPepDock。我们的结果表明，当考虑到最重要的对接姿势时，DockThor可以对接40％的总体主干RMSD低于2.5Å的情况，与Glide相似，并且表现优于其他蛋白-配体对接程序，而rDock和HPepDock表现出优异的表现。结果。评估最接近晶体结构的对接姿势（即，最佳RMSD姿势），DockThor的姿势预测成功率达到60％。由于处理肽类化合物的出色整体性能，DockThor程序可被认为适用于对接具有多达40个可旋转键的高度灵活和具有挑战性的配体。DockThor可作为虚拟筛选Web服务器免费提供，网址为https://www.dockthor.lncc.br/。我们的结果表明，当考虑到最重要的对接姿势时，DockThor可以对接40％的总体主干RMSD低于2.5Å的情况，与Glide相似，并且表现优于其他蛋白-配体对接程序，而rDock和HPepDock表现出优异的表现。结果。评估最接近晶体结构的对接姿势（即，最佳RMSD姿势），DockThor的姿势预测成功率达到60％。由于处理肽类化合物的出色整体性能，DockThor程序可被认为适用于对接具有多达40个可旋转键的高度灵活和具有挑战性的配体。DockThor可作为虚拟筛选Web服务器免费提供，网址为https://www.dockthor.lncc.br/。我们的结果表明，当考虑到最重要的对接姿势时，DockThor可以对接40％的总体主干RMSD低于2.5Å的情况，与Glide相似，并且表现优于其他蛋白-配体对接程序，而rDock和HPepDock表现出优异的表现。结果。评估最接近晶体结构的对接姿势（即，最佳RMSD姿势），DockThor的姿势预测成功率达到60％。由于处理肽类化合物的出色整体性能，DockThor程序可被认为适用于对接具有多达40个可旋转键的高度灵活和具有挑战性的配体。DockThor可作为虚拟筛选Web服务器免费提供，网址为https://www.dockthor.lncc.br/。当考虑得分最高的对接姿势时为5Å，表现出与Glide类似的结果，并且胜过其他蛋白质-配体对接程序，而rDock和HPepDock则取得了优异的结果。评估最接近晶体结构的对接姿势（即，最佳RMSD姿势），DockThor的姿势预测成功率达到60％。由于处理肽类化合物的出色整体性能，DockThor程序可被认为适用于对接具有多达40个可旋转键的高度灵活和具有挑战性的配体。DockThor可作为虚拟筛选Web服务器免费提供，网址为https://www.dockthor.lncc.br/。当考虑得分最高的对接姿势时为5Å，表现出与Glide类似的结果，并且胜过其他蛋白质-配体对接程序，而rDock和HPepDock则取得了优异的结果。评估最接近晶体结构的对接姿势（即，最佳RMSD姿势），DockThor的姿势预测成功率达到60％。由于处理肽类化合物的出色整体性能，DockThor程序可被认为适用于对接具有多达40个可旋转键的高度灵活和具有挑战性的配体。DockThor可作为虚拟筛选Web服务器免费提供，网址为https://www.dockthor.lncc.br/。评估最接近晶体结构的对接姿势（即，最佳RMSD姿势），DockThor的姿势预测成功率达到60％。由于处理肽类化合物的出色整体性能，DockThor程序可被认为适用于对接具有多达40个可旋转键的高度灵活和具有挑战性的配体。DockThor可作为虚拟筛选Web服务器免费提供，网址为https://www.dockthor.lncc.br/。评估最接近晶体结构的对接姿势（即，最佳RMSD姿势），DockThor的姿势预测成功率达到60％。由于处理肽类化合物的出色整体性能，DockThor程序可被认为适用于对接具有多达40个可旋转键的高度灵活和具有挑战性的配体。DockThor可作为虚拟筛选Web服务器免费提供，网址为https://www.dockthor.lncc.br/。