美国范德堡大学博士后(化学系/数据科学中心) 范德堡大学杨中悦课题组
  • 35-65万/年
  • 美国
  • 博士
  • 不限
  • 更新于2020-08-12
  • 招聘人数:
    1-2
  • 职位分类:
    博士后
  • 工作类型:
    全职
  • 职位详情:
    工作地点:美国

    本课题组开放招收多名博士后、博士生与硕士生,欢迎感兴趣申请的同学发简历至zhongyue.yang@vanderbilt.edu或zhongyueyang20@gmail.com,讨论科研兴趣,课题方向,与职业规划。

     

    我们感兴趣的研究问题:

    (1) 如何有效的设计出酶的超级突变体?

    项目描述:酶是生命的基石,也是近代合成生物学的研究重点。他们加速化学反应,还能使反应具有高选择性。虽然酶工程和计算生物学手段提出了许多策略来设计酶骨架,但是有效的设计和改变氨基酸来得到具有高催化效率和选择性的超级酶突变体依然是领域内最大的挑战之一。我们的研究旨在建立下一代酶突变体的计算设计平台,结合第一性原理,多尺度分子模拟技术,与人工智能算法来加速酶突变体的筛选与开发。我们希望这项研究可以在生源合成,化工催化,环境降解,医药与能源等领域带来新的改变。

     

    (2) 如何理解热力学在抗体进化中的角色? 

    项目描述:疫苗能诱导免疫系统产生抗体来对抗病毒的入侵,是人类面对大流行病的终极武器。虽然科学家们发展出多种疫苗开发的技术,但如何能够有效的诱导出广谱中和抗体,从而对多种病毒突变株都具有活性,依然是现代疫苗开发的巨大难题之一。我们的研究旨在发展新的模拟工具来从分子层面上揭示热力学在抗体进化中的驱动角色,进而理解免疫系统中广谱中和抗体演化的逻辑。这些研究,将辅助回答免疫反应中的基本问题,并为设计长效疫苗提供新的思路。

     

    (3) 如何设计基于“套锁型”多肽的分子机器? 

    项目描述:“套锁型”多肽是一类具有锁链型拓扑结构的多肽分子,由细菌合成,在1991年被首次报道。这类分子具有极好的热稳定性,并且能受热调控,在多个构型下转化,形成分子机器。这类分子机器对于药物转运,相变材料,重金属废水处理等领域具有广阔的应用前景,但如何设计和调控以“套锁型”多肽为基础的高效分子机器是我们面对的重大难题。我们的研究旨在以“套锁型”多肽作为模版分子,结合大尺度量子力学计算与蒙特卡洛模拟来发展新的计算平台,实现自动化构建并筛选高效的多肽分子机器。这些研究,将对“套锁型”多肽以及其他限制型多肽分子(如环肽)的开发与设计,提供新的启发。

     

    (4) 如何控制化学反应的分叉选择性?

    项目描述:化学反应中存在一类特殊的“分叉”行为,即分子经历同一个过渡态却达到了不同的产物。近几年,分叉行为逐渐在更多的反应中被表征,特别是复杂天然产物的生物合成。分叉行为的出现,为理解化学选择性带来了新的挑战,因为这类反应的选择性不受能量控制,而是受分子的实际运动过程左右,构成分子反应的动态“记忆”。与此同时,酶和溶剂分子环境都被发现对分叉选择性有直接的干扰。虽然分子反应动态学模拟可以对分叉选择性给出直接的预测,但却无法给出直觉性的化学知识来辅助我们控制和改变分叉选择性。我们的研究旨在建立新的反应轨线分析方法,利用信息学的算法和理论来从分子反应轨线中获取局域化学信息,从而理解如何通过调整底物官能团,溶剂环境,与酶氨基酸来对分叉选择性产生直接的控制。该研究可以进一步拓展我们对化学反应基本过程的认识,并建立新的思路和算法来控制分子的动态行为。

     

    博士后招聘条件,职业发展与薪酬待遇:

    (1) 获博士学位,具有扎实的理论基础及创新意识,能独立开展工作,富有责任感,具备优秀的团队合作精神和较高的英语读写水平。

    (2) 任何计算学科背景均欢迎联系,尤其是:计算化学,计算生物学,或信息科学等,特别尤其欢迎有从事经典力学模拟、量子力学模拟、生物信息学、或机器学习等相关研究背景的人员。

    (3) 学术界职业道路:全力帮助有做教职打算的同学在博后期间做好准备,保证学术方向与科研兴趣相符,保证论文质量与数量,每年至少一次国际或区域性会议。

    产业界职业道路:以上所有项目都有产业化的计划,欢迎有创业理想与激情的同学加入,全力支持利用实验室项目进行创业或与公司合作实现产业化。

    (4) 薪酬待遇:年薪税前35-46万($50,000到$65,000),特别优秀的年薪面议。享受Vanderbilt所有博士后福利(医疗保险,退休储蓄等)。

     

    应聘方式

    (1) 提供个人简历和课程成绩单(不一定需要官方成绩单,截图即可);

    (2) 提供200字的自荐信,简述博后期间的科研工作预期与职业发展规划(英文);

    (3) 提供2名推荐人的联系方式(姓名、关系、职位、邮箱与电话,一般推荐人人选包括导师与合作者),并告之推荐人会被联系询问应聘者的相关情况;

    (4) 应聘者请将材料电子版发送到邮箱:zhongyue.yang@vanderbilt.edu或zhongyueyang20@gmail.com,邮件主题命名为:“姓名+应聘博士后”,并注明可到岗时间。


    课题组负责人介绍

    Zhongyue (John) Yang was born in Tianjin, China. In 2013, he received his B.S. in Chemistry (Po-Ling class) at Nankai Universty, and joined the program of theoretical and computational chemistry at UCLA. Under the supervision of Prof. K. N. Houk, he developed computational tools for quasi-classical reaction dynamics simulations in condensed media in collaboration with Charles Doubleday at Columbia University. From 2018 to 2020, he worked as a postdoc with Prof. Heather Kulik at MIT and developed electronic structure analysis methodsfor large-scale quantum mechanics simulations of enzymes and peptides. He will be starting as an assistant professor of chemistry at Vanderbilt University in August, 2020. He will also be affiliated to Vanderbilt Data Science Institute.

  • 公司简介

    My research group is broadly interested in developing and applying computational platforms via integration of first-principles simulations and data-driven models to quantify, understand, and design biomolecules that are critical to human health and bioengineering. Biomolecules serve as the building blocks of all life processes. The insights into their interactions and chemical transformations are essential for developing new drugs, biocatalysts, and therapeutic strategies. Enabled by the rapid evolution of computing power and data science algorithms, simulating the structure, dynamics, and chemical functions of biomolecules are now faster and more accurate than ever before. This grants us a special opportunity to innovate the high-throughput computational protocols to facilitate and guide bimolecular design and discovery for catalytic and medicinal uses.

    范德堡大学杨中悦课题组
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