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Characterization update of HIV-1 M subtypes diversity and proposal for subtypes A and D sub-subtypes reclassification
Retrovirology ( IF 3.3 ) Pub Date : 2018-12-01 , DOI: 10.1186/s12977-018-0461-y
Nathalie Désiré , Lorenzo Cerutti , Quentin Le Hingrat , Marine Perrier , Stefan Emler , Vincent Calvez , Diane Descamps , Anne-Geneviève Marcelin , Stéphane Hué , Benoit Visseaux

BackgroundThe large and constantly evolving HIV-1 pandemic has led to an increasingly complex diversity. Because of some taxonomic difficulties among the most diverse HIV-1 subtypes, and taking advantage of the large amount of sequence data generated in the recent years, we investigated novel lineage patterns among the main HIV-1 subtypes.ResultsAll HIV full-length genomes available in public databases were analysed (n = 2017). Maximum likelihood phylogenies and pairwise genetic distance were obtained. Clustering patterns and mean distributions of genetic distances were compared within and across the current groups, subtypes and sub-subtypes of HIV-1 to detect and analyse any divergent lineages within previously defined HIV lineages. The level of genetic similarity observed between most HIV clades was deeply consistent with the current classification. However, both subtypes A and D showed evidence of further intra-subtype diversification not fully described by the nomenclature system at the time and could be divided into several distinct sub-subtypes.ConclusionsWith this work, we propose an updated nomenclature of sub-types A and D better reflecting their current genetic diversity and evolutionary patterns. Allowing a more accurate nomenclature and classification system is a necessary step for easier subtyping of HIV strains and a better detection or follow-up of viral epidemiology shifts.

中文翻译:

HIV-1 M 亚型多样性的特征更新和亚型 A 和 D 亚型重新分类的建议

背景 大规模且不断演变的 HIV-1 大流行导致了日益复杂的多样性。由于在最多样化的 HIV-1 亚型之间存在一些分类学上的困难,并且利用近年来产生的大量序列数据,我们研究了主要 HIV-1 亚型之间的新谱系模式。 结果所有 HIV 全长基因组可用在公共数据库中进行了分析(n = 2017)。获得了最大似然系统发育和成对遗传距离。在当前组、亚型和亚型 HIV-1 内部和之间比较聚类模式和遗传距离的平均分布,以检测和分析先前定义的 HIV 谱系中的任何不同谱系。在大多数 HIV 进化枝之间观察到的遗传相似性水平与当前的分类非常一致。然而,亚型 A 和 D 都显示出当时命名系统未完全描述的进一步亚型内多样化的证据,可以分为几个不同的亚型。结论通过这项工作,我们提出了亚型 A 的更新命名法和 D 更好地反映了他们当前的遗传多样性和进化模式。允许更准确的命名和分类系统是更容易对 HIV 毒株进行亚型分型以及更好地检测或跟踪病毒流行病学变化的必要步骤。亚型 A 和 D 都显示了当时命名系统未完全描述的进一步亚型内多样化的证据,可以分为几个不同的亚型。结论通过这项工作,我们提出了亚型 A 和 D 的更新命名法更好地反映他们当前的遗传多样性和进化模式。允许更准确的命名和分类系统是更容易对 HIV 毒株进行亚型分型以及更好地检测或跟踪病毒流行病学变化的必要步骤。亚型 A 和 D 都显示了当时命名系统未完全描述的进一步亚型内多样化的证据,可以分为几个不同的亚型。结论通过这项工作,我们提出了亚型 A 和 D 的更新命名法更好地反映他们当前的遗传多样性和进化模式。允许更准确的命名和分类系统是更容易对 HIV 毒株进行亚型分型以及更好地检测或跟踪病毒流行病学变化的必要步骤。
更新日期:2018-12-01
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