Mammals are one of the better known groups of animals, and in the Neotropics bats typically comprise about half of the mammalian species diversity. But, well resolved species-level phylogenies are still lacking for most taxa of bats. One broadly distributed genus is the mastiff bats, Molossus. Species within this genus are morphologically very similar, which results in a confusing and unstable taxonomy. In addition, low levels of genetic divergence among some clades make resolution of phylogenetic relationships difficult. Most authors recognize Molossus as being monophyletic, however, phylogenetic relationships within the genus remain poorly understood based on traditional Sanger sequencing of individual genes. We propose a more comprehensive framework based on large-scale genomic data derived from Next Generation Sequencing techniques to better understand evolutionary relationships within a group of closely related species with a rich taxonomic history. In this study, we utilized the NGS method of Genotype by Sequencing (GBS) to test the monophyly of the genus, understand evolutionary relationships within Molossus and investigate the genetic integrity of currently recognized species. Given that both de novo and reference genome pipelines are often used in the assembly of Single Nucleotide Polymorphism data from GBS, and that several tree inference methodologies have been proposed for SNP data, we test whether different alignments and phylogenetic approaches produce similar results. We also examined how the process of SNP identification and mapping can affect the consistency of the analyses. Our data provide the first high resolution phylogeny for the genus Molossus, bringing new insights into recognition of species boundaries and relationships among taxa. This study clarifies the taxonomy of Molossus and elevates the number of species in the genus from 11 to 14. We suggest the revalidation of the names M. nigricans, and M. fluminensis, which were synonymized under the name M. rufus; and M. bondae, previously synonymized under the name M. currentium. Different alignments and phylogenetic inferences produce consistent results, supporting use of SNP approach in addressing evolutionary questions on a macroevolutionary scale where the genetic distance among clades is low.

中文翻译：

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单核苷酸多态性（SNP）为unprecedented蝠（Molossus）提供了前所未有的物种边界，系统发育关系和遗传多样性的解析。

哺乳动物是最知名的动物群之一，在新热带地区，蝙蝠通常约占哺乳动物物种多样性的一半。但是，对于大多数蝙蝠类群而言，仍然缺乏良好解析的物种水平的系统发育系统。一种广泛分布的属是the蝙蝠，莫洛苏斯（Molossus）。该属中的物种在形态上非常相似，导致分类混乱和不稳定。此外，某些进化枝之间的遗传差异水平低，很难解决系统发育关系。大多数作者都认识到Molossus是单系的，但是，基于单个基因的传统Sanger测序，该属内的系统发生关系仍然知之甚少。我们基于下一代测序技术衍生的大规模基因组数据，提出了一个更全面的框架，以更好地理解一组具有丰富分类学历史的密切相关物种之间的进化关系。在这项研究中，我们利用测序的NGS NGS方法（GBS）来测试该属的单亲性，了解Molossus内的进化关系并调查当前公认物种的遗传完整性。考虑到从GBS的单核苷酸多态性数据的组装中经常使用从头和参考基因组管道，并且已经针对SNP数据提出了几种树推断方法，我们测试了不同的比对和系统发育方法是否产生相似的结果。我们还研究了SNP识别和作图的过程如何影响分析的一致性。我们的数据为Molossus属提供了第一个高分辨率的系统发育学信息，为识别物种边界和类群之间的关系带来了新的见解。这项研究阐明了Molossus的分类学，并将该属的种类从11种增加到14种。和M. bondae，以前以M. currentium的名义同义词。不同的比对和系统发育推论产生一致的结果，支持使用SNP方法解决进化进化组之间遗传距离较低的宏观进化规模的进化问题。我们的数据为Molossus属提供了第一个高分辨率的系统发育学信息，为识别物种边界和类群之间的关系带来了新的见解。这项研究阐明了Molossus的分类学，并将该属的种类从11种增加到14种。和M. bondae，以前以M. currentium的名义同义词。不同的比对和系统发育推论产生一致的结果，支持使用SNP方法解决进化进化组之间遗传距离较低的宏观进化规模的进化问题。我们的数据为Molossus属提供了第一个高分辨率的系统发育学信息，为识别物种边界和类群之间的关系带来了新的见解。这项研究阐明了Molossus的分类学，并将该属的种类从11种增加到14种。和M. bondae，以前以M. currentium的名义同义词。不同的比对和系统发育推论产生一致的结果，支持使用SNP方法解决进化进化组之间遗传距离较低的宏观进化规模的进化问题。这项研究阐明了Molossus的分类学，并将该属的种类从11种增加到14种。和M. bondae，以前以M. currentium的名义同义词。不同的比对和系统发生推论得出一致的结果，支持使用SNP方法解决进化进化组之间遗传距离较低的宏观进化尺度的进化问题。这项研究阐明了Molossus的分类学，并将该属的种类从11种增加到14种。和M. bondae，以前以M. currentium的名义同义词。不同的比对和系统发育推论产生一致的结果，支持使用SNP方法解决进化进化组之间遗传距离较低的宏观进化规模的进化问题。